秦始皇三十七年（公元前210年），秦始皇东巡会稽，途中经过楚国昔日置的金陵邑。金陵邑是昔日楚威王击败越国，迫使这个南方强国退守会稽，楚国在昔日被越国吞并的吴国旧地设置了江东郡，其中就有一个地方叫金陵邑，位于滨江临淮之要地石头山。
据一些史书记载，秦始皇到此之后，有会望气的术士就对他说金陵有王气，可能会威胁大秦江山，“五百年后，金陵有都邑之气。”所以，始皇帝“掘断连冈，改名秣陵”。于是乎，金陵就变成了秣陵。
秦始皇
其实，秦始皇改金陵为秣陵未必就是贬义，秦国祖先就是养马的，“秦”这个字本身就是“禾”的意思。日本学者高田中周《古籀篇》中说：“以禾名为古训是。秦为禾名，必当在秦主立国之前，此非为国名而作造之字可识矣。”
孙策
孙策得知后，“亲自迎瑜”，并“授建威中郎将”。孙策“起事江东，权常随从”，此时孙权才15岁。建安五年(公元200年)孙策遇刺身亡。于是乎，弟弟孙权接班。曹操开始还想趁机南下，但被人劝住，“表权为讨虏将军，领会稽太守，屯吴”。
孙权在吴八年期间，“承父兄余资，兼六郡之众，兵精粮多，将士用命，铸山为铜，煮海为盐，境内富饶，人不思乱，泛舟举帆，朝发夕到，士风劲勇，所向无敌”。孙策、孙权在吴总共有十三四年，虽然已吞并六郡，威震江东，但吴的位置太偏南，距江岸较远，离长江中游更远，不利于实现进伐刘表，据有长江，以图天下的战略目标。
孙权
为了实现进一步的称霸目标，孙氏集团必须北上，而且吴地周边没有什么大港口，这也不利于水军发展。所以，赤壁之战后，孙权就把大本营从吴地迁到了京口（今镇江）。京口这个地名还是孙权给的，《元和郡县志·江南道·润州》上记载：“润州‘本春秋吴之朱方邑，始皇改为丹徒。汉初为荆国，刘贾所封。后汉献帝建安十四年，孙权自吴理丹徒，号曰‘京城’，今城是也。”
京口位置虽然不错，但还不是孙权的终极都城。京口相对来说，还是太偏下游，而且靠近当时长江人海的喇叭口，风浪太大，不便航行和停泊船只。后来，孙权接受了张纮的建议，于建安十六年（211年）将将军府从京口移至秣陵，第二年又在秣陵筑石头城，“作濡须坞”，并“改秣陵为建业。从金陵到秣陵，再到建业，这就是南京早期的城市史的演变。
三国鼎立地图
孙权后来还曾经考虑过建都武昌，不过这个武昌不是今天武汉三镇之一的武昌，而是鄂州市。孙权和刘备翻脸，杀了关羽之后，夺回荆州。黄初二年（221年），孙权“自公安都鄂，改名武昌”。是年十一月，孙权接受曹丕给的吴王封号，就以鄂城为王都，改名为武昌，有“以武而昌”之意。
后来刘备死后，孙刘两家关系缓和。黄龙元年（229年）四月，孙权在武昌南郊称帝，六月，与蜀汉订立盟约，九月，即将都城迁回建业，留太子孙登“掌武昌事”，以全力对付曹魏。孙权于是就开始了建业首都的营建，其中孙吴皇宫太初宫极为华丽，西晋左思写过一篇《吴都赋》对之进行咏叹。
南京孙权墓
为扩大建业与各地的联系，加强对各地的统治，孙权曾组织大批劳工开凿与其他城市的水运通道。赤乌三年(公元240年)孙权“遣左台侍御史郗俭凿运渎”，使建业城西南水道通秦淮河，北抵仓城。次年凿青溪和潮沟，泄玄武湖水，南接秦淮河，西通运渎，北达长江。
赤乌八年（245年）凿破岗渎，“引破岗读由方山埭接于秦淮，以避大江之险。又自秦淮而东，北达于苑仓”。自此建业水道经句容、云阳直通吴、会地区。
秦淮河是南京重要水道
秣陵成为建业，又成为孙吴帝国的首都，这是南京城市史上的大发展时期。西晋这个历史上得国最不正的王朝，在南下灭吴之后，又将建业改为秣陵，这是要矮化建业的王者地位。
太康三年（282年），西晋朝廷又将秣陵北部分离出来，改名为建邺。晋愍帝名字叫司马邺，所以他登基之后，又把建邺改名为建康。
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