“凡祭文庙，必先崇圣祠。”明世宗嘉靖之后的释奠礼，祭祀启圣祠遂为定制。崇圣祠乃清代之设，其本名启圣祠，始于明嘉靖九年。其原本是以奉祀孔子之父叔梁纥为主，以四配之父配享，及周敦颐、二程、张载、朱熹之父等人为从祀的祭祀场所，属于孔庭的追祀系统。宋真宗大中祥符元年（1008）东封泰山至阙里，曾“幸叔梁纥堂，命官分奠。……追封叔梁纥为齐国公，颜氏齐国夫人，伯鱼母亓官氏郓国夫人。”（《文庙祀典考·卷三》）“元仁宗延祐元年（1314）封孟子父为邾国公，文宗至顺元年（1330），封孔子之父为启圣王。明世宗嘉靖九年（1530）钦定祀典，诏两京国子监并天下儒学并建启圣祠祀叔梁纥，改称启圣公，以颜氏无繇、曾氏点、孔氏鲤、孟孙氏激配，称先贤；程氏珦、朱氏松、蔡氏元定从祀，称先儒。”（《文庙礼乐考·礼部》）清世宗雍正元年（1723），清帝又重封叔梁纥为启圣王，并追封孔子上五代为王爵，启圣祠遂改名崇圣祠。崇圣祠正位所供奉的五个神主，正中为孔子五世祖、孔父嘉之子、肇圣王木金父，左右依次是孔子的高祖裕圣王祈父、曾祖饴圣王防叔、祖父昌圣王伯夏、父启圣王叔梁纥。因此，民间亦有称之为“五王祠”或“五王庙”者。
曲阜孔庙崇圣祠
唐开元二十七年（739），玄宗命以孔子弟子从祀，颜路颜回父子与曾点曾参父子均以孔门弟子身份从祀孔庭。但颜回以配享身份坐像于堂上，曾参以孝名亦塑像于十哲之次，而其父颜路、曾点也都是孔子弟子，却因为事迹不突出而仅画像于两庑壁上。如此一来，就造成了一种“子在父上、父在子下”的失序状态，这种现象其实从宋代起就饱受指责和批评。尽管作为儿子的颜回和曾参其成就高已称圣，但在宗法和祭祀之礼上，如同在家用餐一样，是不能超越其父而先获得尊奉的。南宋洪迈《容斋随笔》即引《左传·文公二年》“子虽齐圣，不先父食”之说而质疑之：
自唐以来，相传以孔门高弟颜渊至子夏为十哲，故坐祀于庙堂上。其后升颜子配享，则进曾子于堂，居子夏之次以补其阙。然颜子之父路、曾子之父点，乃在庑下从祀之列，子处父上，神灵有知，何以自安?所谓子虽齐圣，不先父食，正谓是也。又，孟子配食与颜子并，而其师子思、子思之师曾子亦在下。此两者于礼、于义，实为未然，特相承既久，莫之敢议耳。（《容斋随笔·容斋四笔卷第一》）洪迈所说的核心，其实一是父子的倒置，另一个则是师徒的错序，此皆为人伦之大者，这是不符合伦理的。原因就在于，一方面颜路、曾点都是孔子的学生，子思的父亲孔鲤又是孔子的儿子，现在却是这些父亲们在两庑，而儿子们却高居殿上；另一方面，孟子是子思的学生，子思又是曾子的学生，同样，现在是学生位次高于老师。这两者于礼于义皆为不合，只不过沿讹袭谬，没人敢提出异议而已。在洪迈指出这个问题的关键之后，南宋度宗咸淳三年的四配底定，师徒错序的问题得以解决，但第一个现象却依然存在。这个问题在元明两代经过了诸儒广泛而激烈的争辩，其核心就是孔庙祀典到底是重在伦理还是重在学术？伦理与学术又究竟是孰先孰后？
北京孔庙崇圣祠
元代大儒熊禾对此提出了猛烈的抨击并首创改进建议：“学莫大于明人伦，人伦莫先于父子，子坐堂上，父立庑下，非人道一日所可安也。”况“子虽齐圣，不先父食”之礼，由来已久，故议“必仍今之制，则宜别祀一室”。元代另一位著名的大儒许衡的弟子姚燧也说：“夫为是学官将以明人伦于天下，而倒施错置于数筵之地，奚以为训？”（《大学衍义补·卷六六》）熊、姚二氏之说，大致可归为“明伦”一派。但许衡的另一位高足许约则提出了相反的观点：“盖庙学乃国家通祀，犹朝廷之礼也。父为庶僚，子为宰职，各以其德与勋也。如遇朝会、殿廷班列，则父虽尊安能超于子之上哉？盖抑私亲而昭公道、尊道统以崇正学，乃所以明人伦也。”（《五礼通考·卷第一百十九》）许约之说，则又可谓之以“明道”一派。自此，元明两代诸儒如王祎、曹端、宋濂、胡居仁、祝枝山、丘濬等人均步其后而发皇，并相继提出了诸多解决方案。“洪武初，学士宋濂上议，颜回、曾参坐堂上，其父列食两庑间，非不先父食之义。弘治初年，学士程敏政上议，颜无繇等庑食嫌于父，宜别立启圣祠，主祀叔梁纥，以无繇与孟子父配，程珦、朱松、蔡元定皆宜从祀。格于礼官议，不报。”（《文庙礼乐考·礼部》）明英宗正统三年，当时的曲阜孔颜孟三氏学教授裴侃又建言：“天下文庙惟论传道，以列位次。阙里家庙宜正父子，以叙彝伦。颜子、曾子、子思，子也，配享殿廷；无繇、子皙、伯鱼，父也，从祀廊庑。非惟名分不正，抑恐神不自安。况叔梁纥元已追封启圣王，创殿于大成殿西崇祀，而颜孟之父俱封公，惟伯鱼、子皙仍侯。乞追封公爵，偕颜孟父俱配启圣王殿。”帝命礼部行之，仍议加伯鱼、子皙封号。秦蕙田《五礼通考》案曰：“此止行之家庙，未及国学及府州县也”（《五礼通考·卷一百二十》）再至明孝宗弘治十四年，当时的礼部右侍郎兼国子监祭酒谢铎再次上疏直陈曰：“窃惟人伦，风教所先，人伦不可以不明也。……学校之设，皆所以明人伦也。人伦莫先于父子，子虽齐圣，不先父食。奈何承讹袭故，以颜、曾、思三子配享于上，而其父则别列祀庑下？冠履倒置，有是理哉？莫若于阙里立庙，祀叔梁纥而配以颜路、曾皙、孔鲤诸贤，如先儒熊去非之论，庶几各全其尊而神灵安矣。”（《钦定国子监志·卷七十》）孔子之父叔梁纥在元代既已追赠“启圣王”，阙里孔庙别创启圣王殿以祀之，而以四配之父配享，这一点，可谓兼顾了儒臣们所纠结的“人伦”和“传道”之矛盾，更为明世宗的厘定祀典提供了一个绝佳范式，并藉此而推广天下。易言之，在当时的诸多方案中，还是当以熊禾、程敏政、谢铎所议为是，更为后来全国学庙启圣祠之设而肇其端：
熊禾谓，宜别设一室，以齐国公叔梁纥居中南面，颜路、曾点、孔鲤、孟孙氏侑食西嚮。春秋二祀当先圣酌献之时，以齿德之尊者为分献官，行礼于齐国公之前，其配位亦如之。如此，则亦可以示有尊而教民孝矣。（《大学衍义补·卷六六》）综考人类东西方文明之要义，莫不是以伦理为首要之务，熊禾、程敏政、谢铎等人的这个以明人伦为基准的重大建议，到明世宗厘定孔庙祀典时得到落实。孔子庙从此遂有了“启圣祠”之设，以祀孔子及著名孔门贤儒们的父辈。明世宗嘉靖九年（1530）更定祀典，大学士张璁步熊、程、谢等人之后而上言曰：
“先师祀典有当更正者：叔梁纥乃孔子之父，颜路、曾皙、孔鲤乃颜、曾、子思之父，三子配享庙庭，纥及诸父从祀两庑，原圣贤之心岂安？请于大成殿后，别立室祀叔梁纥，而以颜路、曾皙、孔鲤配之。”帝以为然。（《五礼通考·卷第一百二十》）经过廷议，最终决定“凡学，别立一祠，中叔梁纥，题启圣公孔氏神位，以颜无繇、曾点、孔鲤、孟孙氏配，俱称先贤某氏”（《五礼通考·卷第一百二十》）。自此，诏颁天下，启圣祠之设遂为制度，天下文庙，亦无复有地域之别。后来至明神宗万历二十三年（1595），又以周敦颐之父周辅成从祀启圣祠；清世宗雍正二年（1724），再以张载之父张迪从祀。
台北孔庙崇圣祠
清雍正元年（1723），新即位的清世宗胤禛以自古师道无过于孔子，诚为首出之圣，为表达尊崇先师之厚意，特追赠孔子上五代王爵，谕内阁及礼部曰：“至圣先师孔子道贯古今，德参天地，树百代之模范，立万世之宗师，其为功于天下者至矣。而水源木本，积厚流光，有开必先，克昌厥后，则圣人之祖考宜膺崇厚之褒封，所以追溯前徽不忘所自也。粤稽旧制，孔子之父叔梁公，宋真宗时追封启圣公。自宋以后，历代遵循，而叔梁公以上则向来未加封号，亦未奉祀祠庭。朕仰体皇考崇儒重道之盛心，敬修崇德报功之典礼，意欲追封五代并享烝尝，用伸景仰之诚，庶慰羮墙之慕。”（《钦定国子监志·卷首一》）清世宗追封孔子上五代祖先王爵，命将启圣祠改称崇圣祠以奉祀之。阙里孔庙因有家庙性质，启圣祠故有寝殿之设，于是将孔庙东路家庙改作崇圣祠，奉祀孔子五代先祖，并将原启圣祠配祀先贤先儒移入崇圣祠内。如此一来，阙里孔庭则崇圣祠、启圣祠并存，故孔子第六十九代孙孔继汾《阙里文献考》论曰：“崇圣祠既建，而启圣祠旧像具瞻，有其举之虽不可废，亦当别诹吉日以远烦渎，或如书院改用次丁，皆可。今至圣、述圣既祀于大成殿，启圣、伯鱼既祀于崇圣祠，而启圣祠及家庙复同日并举，有重祭之嫌。”（《阙里文献考·卷十九》）大体来说，后世崇圣祠的祀位正中供奉孔子五代先祖，均南向。东面面西者供奉颜无繇、孔鲤，西面面东者供奉曾点、孟孙激；东面再外者供奉周辅成、程珦、蔡元定，西面再外者供奉张迪、朱松。清文宗咸丰七年（1857），又增圣兄孟皮配享，位在四配之上。
而关于崇圣祠的祭期，是“岁仲春秋上丁日子夜致祭，取不先父食义也。其献官，国子监遣满祭酒行礼，府、附省以府正官行礼，外府以佐贰官或教授行礼，州县以学正教谕行礼。国子监助教等官分献，府州县并训导分献。其祭仪与正祀同，无饮福，不用乐。”（《文庙礼乐考·礼部》）阙里祀典，则以孔氏世袭六品官摄献之。
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