重元寺始建于梁武帝天监二年（公元503年），与寒山寺、灵岩寺同时代。
阴差阳错为“重玄”
梁武帝萧衍以佛化治国，一时上行下效，全国崇佛。某日傍晚，他的一个官员陆僧瓒，见官宅上空祥云重叠，便立即奏请梁武帝，主动舍弃自家官宅，在原地改建一座寺庙，并取名“重云”。梁武帝欣然同意，并赐匾表示嘉许，匾额题为“大梁广德重玄寺”。“重云”被误为“重玄”，是奏章转抄上递过程中的差错。
灭佛“惨遭毒手”
重元寺还有一座圣姑庙，所谓圣姑，就是梁武帝时舍宅建寺的陆僧瓒的女儿，现在民间还流传着圣姑旱岁应祷降雨，吴越忠懿王出吴江遇巨风而得救，以及祈求生子而得应验等传说。
历经沧桑永不倒
重元寺在宋朝改名为承天寺，又因朝廷禁止寺观桥梁以“天、圣、皇、王”等字命名，后又改名“能仁寺”，后又恢复重玄寺，清时因避康熙帝玄烨之讳，易“玄”为“元”，重元寺名就一直延用至今；元代至顺年间，重元寺曾毁于火，元至正年间，再次恢复一新；文化大革命期间，重元寺被毁，石幢被砸碎；2003年11月，经江苏省人民政府批准恢复重建。
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