在生猪饲养过程中，猪的机体器官对生长发育、健康长大至关重要，在这众多的器官中，肠道不但作用了猪的消化能力，还作用于免疫能力，肠道健康可以对营养物质进行正常的消化和吸收，也决定了猪只70%-80%的免疫力，所以当猪的肠道健康出现了问题，则影响较大，例如母猪便秘可导致生病率增加，采食量下降，难产等，仔猪腹泻可导致成为僵猪，甚至死亡；而在猪的肠道中存在多种病原性微生物，有大肠杆菌、沙氏门菌、魏氏梭菌等等，当这些病原体一旦受外界因素失去平衡时，就会引发肠道疾病，那么在猪场，都有哪些因素可导致肠道健康呢？
猪从出生后，肠道内受母猪和环境的影响微生物迅速定植，尤其是大肠杆菌菌群在微生物区处于优势地位，在相同饲养环境和营养条件下，肠道内存在微生物群也不同，猪的肠道微生物群落差异与猪品种不同密切相关。
国内的荣昌猪肠道中定植的微生物明显比国外瘦肉型猪长白、杜洛克都高，拟杆菌门、厚壁菌门是荣昌猪的优势菌群，所以荣昌猪的体型多是肥胖型。国外的瘦肉型猪约克夏、长白、杜洛克、皮特兰等之间也有一定的相似性，不过国外猪种肠道内微生物的丰富度明显低于国内猪，螺旋体门和变形菌门是约克夏的优势菌群，长白和杜洛克在刚出生时肠道内大肠杆菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌、梭状杆菌无明显差异。
哺乳时期仔猪的肠道微生物受母猪影响较大，不同的品种仔猪，肠道优势菌也有很大的差异；在日后，随着日龄的增长，环境以及饲粮的不同，肠道的微生物群会发生变化，肠道内定植微生物越多的品种，则在以后会提升免疫系统，对消化、代谢、合成维生素等将发挥重要的作用。
碳水化合物、蛋白质和脂肪这三大类物质是猪只肠黏膜的主要供能物质。
碳水化合物可直接影响肠道内的消化环境，碳水化合物在消化道内被微生物发酵后，产生脂肪酸，从而降低肠道pH值，能够促进有益菌的增殖，当碳水化合物比值降低时，将会提高仔猪盲肠、结肠pH值，降低肠道内VFA容量，使得乳酸杆菌、双歧杆菌数量下降，碳水化合物对肠道微生物菌群及代谢具有较大影响。
蛋白质是肠道微生物的发酵底物，当肠道内蛋白质降低时，猪体内的厚壁菌门、魏斯氏菌属比例开始下降,有害菌蓝藻细菌则比例上升，同时降低导致发酵底物氮源，肠道内细菌种属增加。
脂肪是由甘油和脂肪酸组成，主要参与所有细胞的代谢功能，同时影响肠道微生物的数量及组成，能有效的减少猪只因采食和消化所产生的热量，从而减少热应激，还能产生卵磷脂、二十五碳五烯酸等能够提高仔猪免疫力、改善肠道健康的物质，在饲粮中加入植物油可以有效降低肠道中大肠杆菌的数量，脂肪酸还可以增加肠道对维生素的吸收和利用。
猪场饲养环境对猪肠道健康的影响主要表现在两个方面，一是猪只摄入性因素，二是外界环境因素；摄入性因素包含了猪舍中的土壤与水源被各种重金属如铝、氟、钼及砷等污染后，使植物与土壤中的重金属含量超标，当猪只进食或拱土后，经饮水或饲食进入消化道而引发猪只中毒；另外空气中的有害气体如二氧化硫、氢化物、氮氧化物等超标严重，猪只吸入这些有害气体后对呼吸道造成严重危害，同样也会损伤猪肠道的健康。
外界环境因素包含了气温突变，忽冷忽热相互交替刺激，阴雨、潮湿，通风不良等等，这些因素均可造成猪只出现应激，从而改变肠道的消化机能，并诱发各种疾病的发生。
调控手段尚不成熟通过改善饲料来调控猪只肠道健康是很有成效的一种方式，从选择原料的新鲜度到贮藏、加工等许多环节中都有被污染的可能，因此要做好筛选工作，饲料的加工工艺同样影响肠道的吸收和消化，饲料的熟化程度，形状颗粒状、粉状、固态、液态等都有不同的影响，在教槽时可选择液态类，在开食阶段选择固态类，在断奶阶段选择颗粒料，根据日龄来进行选择。
另外也要选择适合的饲料，选用低抗原的豆类原料，在仔猪阶段常常会由细菌引起仔猪腹泻，多个饲料厂家在饲料中添加抗生素来抵抗细菌的产生，但是大量使用抗生素会使猪产生耐药性，而且，农业部也发文规定从今年起饲料中不准再添加抗生素，真正意义上进入无抗时代，因此采取别的方式，将是养殖业要面临的问题。
肠道微生物除了辅助消化、肠道驱动以及早期形成肠道黏膜免疫系统外，还对早期共生菌的定植有直接的影响，猪场的管理、饲喂的日粮等都对肠道产生重要的影响，因此，维护猪只的肠道健康要对机体、环境和营养三方面进行调节。
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