唐朝灭东突厥汗国和薛延陀汗国之后，在漠北和漠南先后设置了五大都护府，分别是单于都护府、云中都护府、燕然都护府、瀚海都护府和安北都护府。这五大都护府并非同时出现，而是成对的出现，并且有相互的继承关系，其中的关系非常复杂，本文就简单来梳理一下。
一，安置东突厥的羁縻州630年，东突厥汗国在唐朝和薛延陀汗国的联合进攻下最终灭亡，其漠南之地也就属于唐朝了，如何安置这些突厥部落成为了唐朝头疼的问题。唐太宗李世民为此专门召开了一次廷议，让皇亲国戚们来讨论。大家争议的主要有三个要点：（1）是否强制突厥放弃游牧而从事农耕；（2）是否拆散突厥的原有部落；（3）是否将突厥安置在中原。
唐太宗在综合了群臣的意见后，制定管理突厥的三大政策：（1）主张继续让其从事游牧，不改变其生活习俗；（2）就地安置，但如果中原有空地，也会选择部分内迁；（3）保全其部落，但是更换其首领。唐太宗之所以如此安排，是因为突厥残余实力尚在，如此“怀柔”能够吸引更多突厥来降；同时，漠北的薛延陀汗国强盛，保留突厥一定的实力，可以为唐保塞。
以上的三大政策具体的执行，也就是推行羁縻制度。唐朝在630年之后在漠南设置了十州都督府，其中定襄、云中二都督府是汉人建制，并非羁縻州；北宁、北安、北抚、北开位于黄河以南，称为“河南四州”；顺、化、丰、长位于黄河以北，称为“河北四州”。以上八都督府的都督都是突厥人，实现了“全其部落”。
到649年，唐朝灭薛延陀汗国，于是漠北的铁勒十一部纷纷臣服于唐朝，称呼唐太宗为“天可汗”，请求在漠北设置管辖机构。当时的铁勒各部还在大漠开出一条大道作为朝贡贸易的线路，被称为“参天可汗道”。在这样的情况下，唐朝有必要设置一个更高级别的军事机构来控制大漠南北的各个部落，这个机构就是燕然都护府。
漠北部落分布
燕然都护府的驻地并非在漠北，而是在漠南的受降城，第一任都护为扬州司马李素立。唐朝又将漠北铁勒各部册封以都督府和州的称号，大部落封为都督府，小部落封为州，一共六都督、七州，总归属于燕然都护府节制。当时的回纥部就是册封为瀚海都督府。
649年，唐朝联合铁勒各部开始向盘踞在阿尔泰山一带的东突厥的残余势力——乙注车鼻可汗发动了进攻。到650年，乙注车鼻可汗被消灭，由此大漠南北彻底纳入了唐朝的势力范围之内。此时唐朝又要控制更多的部落，以前的燕然都护府已经不再适应情况的发展。唐朝的大漠羁縻府州开始调整。
两大都护府的设置情况
首先，在漠南设置瀚海都护府以管辖原东突厥和薛延陀各部。原来的突厥各羁縻州已经被撤销，现在重新设置了更多的羁縻州来安置突厥和薛延陀各部。同时，由于薛延陀灭亡，原本属于薛延陀势力范围内的契丹、奚等部落都纳入了唐朝的势力范围内，唐朝册封其为松漠都督府和奉诚都督府，都归于瀚海都督府节制。663年，又改名为云中都护府。664年改名为单于都护府。
此时的燕然都护府就主管漠北军事，除了管理过去的“六府七州”之外，还增加了2府9州，册封的主要部落有骨利干部、俱勃罗部、白霫（xí）别部、阿特部、葛逻禄左厢部、葛逻禄右厢部、羯漫陀部、结骨部等。
但是燕然都护府的基地在漠南，而名义上管辖的部落却位于漠北，这就让燕然都护府有点鞭长莫及的感觉。于是，在663年，燕然都护府就迁徙到了漠北，并且改名为了瀚海都护府（可以理解为将瀚海都督府提升为都护府），由回纥可汗世袭都护一职。这就相当于扶持回纥作为漠北的领袖，而回纥的首领也是对唐朝称都护，对漠北称可汗，瀚海都护府名存实亡。669年，又改瀚海都护府为安北都护府。
后突厥汗国强大起来后，大漠南北又被突厥占据，唐朝的各大都督府又被迫撤销。698年，单于都护府废除，不久安北都护府也被迫南迁到塞内。一直到后突厥灭亡后，两大都护府才重新恢复。此后，回鹘汗国大汗继续被册封为安北都护一职，而单于都护府也继续管辖漠南。
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