乌龟生活的水体要清新，水的透明度要在30厘米左右。龟是变温动物，水温变化会直接影响龟体温度的变化，因此，水深要随季节而增减。春季温度较低，水要浅；夏季温度高，水要深，秋季水温逐渐下降，水又要浅；冬季水位要稳定，因为龟的体温随气温、水温的升降而变化，如果气温剧烈下降，水位时高时低，龟只能用自身积累的营养物质来调节体温，当体内营养物质消耗尽时，就会死亡。
一般饲养水龟多用自来水，基本上属于中性水，其硬度、酸碱度都符合饲养水龟的要求，所以在这方面不必过多担心（除一些例外品种，如钻文，玛塔，日本石龟，钉颈等），但是，自来水用来饲养水龟时，必须除掉其中的氯气。主要方法是晾晒法、化学法。晾晒法即在烈日下晒二天，或者在缺光处晾4一6天才可使用。化学法即用硫代硫酸钠除氯，其比例为每10公斤水加1克硫代硫酸钠，搅拌溶解后，即可使用。
在说龟壳上的水碱前，先说说水碱的形成。我们使用的自来水多数为硬水，其中含大量钙、镁离子，当硬水被加热或蒸发时，水中溶解的钙离子和镁离子与某些酸根离子形成了不溶于水的化合物或混合物，其主要成分是碳酸钙。不能溶解的碳酸钙等物质从水中析出而形成沉淀，这就是人们常说的水碱。水碱覆盖在龟壳上，不但是影响了美观，更重要的是阻碍了龟壳的正常呼吸，影响壳的健康生长，所以龟壳上的水碱要及时清除。清除水碱的酸性物质有很多种，但给龟壳清除水碱，要选用安全的酸性物质，如可乐、雪碧、食用醋等。
用食用醋清除龟壳上的水碱。操作方法：用牙刷沾上适量的食用醋，然后在有水碱的部位，顺时针或逆时针反复刷洗，最后用清水冲净龟体上的污汁。待龟壳干透后检查，如水碱还有，可反复用上述方法刷洗几次，直到水碱完全去除。牙刷用新的（旧牙刷的毛倒了，刷洗效果差），如是小苗，选用较软的牙刷，最好是有毛尖尖的软毛牙刷。
用可乐、雪碧清除龟壳水碱的操作方法同上。较重的水碱，选用食用醋清除，特别严重的水碱，先用手术刀等工具打磨，然后再用上述方法进一步清除。
有的龟友害怕水碱，提出用纯净水饲养龟，行不行呢？纯净水，就是所谓的纯水了，不含有杂质，也就是说纯净水里缺少动物体所需的矿物质。所以，用纯净水养龟，就等于让龟长期饮用纯水，对龟来说应该是弊大于益。
