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案情简介：1、2012年6月11日，国电公司向南通三建制发案涉工程的《中标通知书》，南通三建中标国电公司发包的“年产9000台P**线路保护测控装置项目生产厂房一、二（共2栋）”工程。
2、2012年7月4日，国电公司（甲方）与南通三建（乙方）签订工程施工合同，双方约定，南通三建承包国电公司生产厂房一、二栋楼的土建、水电安装、钢结构、设备安装、消防，合同采用固定单价计价。
3、2012年9月1日，国电公司（甲方）与南通三建（乙方）签订补充协议，约定对甲乙双方签订的施工合同做如下补充，乙方同意在回购老厂房的基础上新建生产厂房一、生产厂房二，在原中标价基础上增加190万元，甲方一周内支付给乙方。钢结构原材料进场后，经甲方审核后将原材料款900万元一次性支付给乙方，此项款在主题工程封顶前的形象进度款中根据材料使用比例逐步扣除。
4、合同签订后，南通三建进场施工。2014年4月15日，案涉工程经竣工验收合格。工程竣工后，南通三建提交决算资料，送审造价为114140102.19元，国电公司委托江苏德道天诚公司进行了审计，该公司出具造价咨询报告书，审定价为84701021.42元，该报告扣除了补充协议约定的900万元、150万元。
5、另查明，国电公司已支付南通三建工程款合计75444356.53元。
双方观点争执：原告南通三建主张《补充协议》对厂房一、二的建造方式进行了改变，由“生产厂房一迁建、生产厂房二新建”变更为“生产厂房一、二全部新建”，属于对原合同内容的实质性变更，且案涉工程属国有资产投资，应当进行重新招投标，但国电公司未重新招投标，违反法律的强制性规定，故《建设工程施工合同》、《补充协议》应属无效，应按照国家规定定额计费标准计取工程款，且《补充协议》约定的回购款不应在工程款中扣除，190万元也不再补贴。
被告国电公司主张双方之间的《建设工程施工合同》、《补充协议》系双方真实意思表示，不违反法律规定，合法有效，应按照合同约定结算工程款。
南京法院观点：案涉工程系国电公司投资建设，属于使用国有资金的项目，必须进行招标。强制招投标的建设工程，经过招投标的，当事人在招投标之后另行签订的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，备案的中标合同有效，另行签订的合同无效，应以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。
本案中，双方通过公开招投标订立《建设工程施工合同》并备案，后另订立《补充协议》，由南通三建公司建设两幢新厂房，改变了原迁建厂房一、新建厂房二的履行方式，属于对原合同约定内容的实质性改变，直接导致双方的权利义务发生了改变，因此《建设工程施工合同》有效，《补充协议》无效,，应以《建设工程施工合同》作为结算工程价款的依据。
律师总结：根据最高院建设工程司法解释的规定，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人可以请求按照中标合同确定权利义务。可见在中标合同之后签订的类似于补充协议的文件，只要其内容含有改变主合同实质性内容的，一方当事人可以确认该补充协议无效的后果，法院不得援引。
然而，现实中，中标合同签订后，事后双方再签订补充协议并不少见。为了减少潜在的法律风险，对于有可能改变中标合同实质性内容的，比如工期、建造方式、计价原则等，应当履行必要的招投标手续，这样可以避免后续权利方维权，避免不必要的不利因子。
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