南明并未像南宋一样成为独立王朝，而是始终处于风雨飘摇中，自福王南京登基到永历帝殉国。荀延残喘了十八年的南明小朝廷宣告灭亡。
忠将就义，帝王出逃 清顺治二年（南明弘光元年，1645)，清军陈兵淮河。摄政王多尔衮派使者给镇守扬州的南明兵部尚书史可法捎去书信，以崇祯帝的遗体尚未安葬为由，指责弘光帝即位不合礼法。史可法回以 “鞠躬致命”四字，表明自己为国家鞠躬尽瘁、死而后已的态度。
当年四月，清兵渡过淮河，突袭扬州城。见清兵来势汹汹，苦守扬州城多日的史可法写下血书向南京求助，却没有结果。多铎以书信招降史可法，史可法不为所动。扬州城城破时，史可法英勇就义。
多铎人南京图
年代：清尺寸：纵142.1 厘米，横112 厘米材质：绢本，设色收藏地：中国国家博物馆
清军渡淮河前，曾发布《清豫王晓谕》，承诺只要归顺清朝，文武百官都官升一级，如果不从，则格杀勿论。多铎入扬州城后下令屠城，一方面是惩戒扬州军民不遵《清豫王晓谕，另一方面意在威慑据守南京的南明朝廷以及其他抗清势力。
南京献城，多铎纳降 清军渡长江时，将百姓居所中的桌椅、扫帚洗劫一空，夜晚时分把桌椅的物放入江中焚烧。远远望去，江上似有千军万马。于是，镇江、丹阳、常州等地的百姓纷纷出逃避难。军情如此危急之时，弘光帝却暗地里瞒着文武百官，带着太后、妃子一行人悄悄逃走。
弘光帝出逃的消息摘得朝野间人心惶惶，虽有大臣建议奋力一搏，但拗不过力主议和投降的多数派，最终决定献城出降。清顺治二年 (1645)五月十四日，南明太子大保赵之龙打开南京城门，迎多铎进城。
起之龙谁备开城门之前，南京百姓纷纷俯伏在地，请求不要轻易投降。赵之龙劝慰他们：“扬州已经被屠城，与其守不住城池白白让清军屠杀，还不如竖起降旗，保住城中百姓的性命。”万般无奈之下，百姓们只好接受。南明军民百姓站在倾盆大雨中迎接多锋率领的军队。
与明代进民描述亡国时的悲壮场景不同，清人所绘的《多铎入南京图》却尽显喜气，画面上部远山隐隐，寺、塔俨然，尽显大好河山；在南京郊外的官路上，清军阵列整齐，旌旗飘扬，多铎骑在马上，神情淡然地注视前方。在多铎马前，跪着南明降臣赵之龙、徐州爵、齐赞元三人，赵之龙衣衫褴褛，手捧降书。
弘光被俘，南明灭亡 就在多铎占领南京之时，出逃的弘光帝却惶惶如丧家之犬，他先是逃至太平府(今安徽当涂县附近），投奔当年支持他即位的刘孔炤，但被刘孔炤拒绝。
在这种情况下，弘光帝又连忙逃往坂子矶(今安徽荻港镇），守将黄得功接纳了弘光帝，他指出弘光帝出逃的举动太过草率，而自己兵力弱小，恐怕保不住他。不久，清军将领刘良佐奉多铎命令来擒拿弘光帝，黄得功力战身死，弘光帝被俘。
南京陷落，弘光帝被俘，但不甘臣服的南明臣子仍苦苦抵抗，拥护鲁王朱以海监国。此后，南明残部且战且退，依次拥立了隆武帝朱聿键、绍武帝朱聿鐭以及永历帝朱由榔。可南明颓势已定，军队节节败退。
清顺治十八年（1661)，永历帝逃入缅甸境内。缅甸王害怕清军的进攻，将永历帝君臣献给了清廷。永历帝被投降清朝的吴三桂用弓弦勒死，南明至此灭亡。
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