肛瘘基本病因，是肛门直肠周围感染形成不能愈合的慢性迁延性瘘道或窦道，它的大体感染来源分为：
肛瘘的腺源性肛瘘
一.腺源性肛瘘：肛管齿线位肛隐窝内的肛腺感染，沿着肛管直肠肌肉以及软组织间隙蔓延扩散，形成了开口瘘道或者不开口的窦道，向下形成了低位肛瘘，向上超过肛直环(或瘘管在肛直环里面)形成高位肛瘘。腹泻、便秘、疲劳、抵抗力下降是几个常见的诱因，90%肛瘘由此发生，治疗较为容易，手术大多数能一次性治愈。
肛瘘的囊源性肛瘘
二.囊源性肛瘘：由肛门直肠的周围间隙内(或盆底)囊性肿物生长体积增大及排便肠蠕动挤压，囊壁移行至肛管直肠交界薄弱处(肛隐窝)，在抵抗力下降时诱发感染，形成囊性窦道或瘘道，顶端位置往往较高，有光滑、宽旷、分隔状囊性内壁，常见于皮样囊肿、表皮样囊肿、畸胎瘤等，占高位肛瘘30%左右，因内壁有上皮组织不易完全祛除及囊壁较硬不易关闭愈合，难于一次性手术治愈，临床上称为“复发性复杂性肛瘘”。
肛瘘的裂源性肛瘘
三.裂源性肛瘘：由于肛裂继发感染蔓延形成瘘管，因肛裂位置较低，多形成皮下瘘，是陈旧性肛裂常见并发症，多见于肛门前后正中位，前方发生复杂性肛瘘的较多，女性常见。
四.痔源性肛瘘：因血栓痔感染形成瘘管，多为皮下瘘，或向上形成粘膜下瘘，混合痔血栓形成感染形成的肛瘘内口多在齿线位痔体两侧，右前方母痔区发生较多，且易行成较为复杂的肛瘘。
肛瘘的肠源性肛瘘
五.肠源性肛瘘：由于慢性炎性肠病，如溃疡性直肠炎、克隆氏病，溃疡感染波及直肠壁向下形成瘘道至肛周，一般以原发病表现为主，肛瘘治愈较为困难。
肛瘘的医源性肛瘘
六.医源性肛瘘：因肛门直肠检查、手术治疗引起感染蔓延扩散形成肛瘘。主要是齿线位肛隐窝肛腺受损伤、分泌不畅引起感染继发，常见不正确结扎痔核或缝线于齿线位引起。随着手术方式的改进，此类肛瘘发生逐渐少见;更少见于盆腔其它手术如直肠、子宫、膀胱、骶尾椎手术感染形成瘘道。
肛瘘的伤源性肛瘘
七.伤源性肛瘘：因误吞鱼骨、鸡骨，排便时刺入肛管周围组织或外来锐器直接刺穿肛管直肠周围组织，引起感染扩散蔓延形成肛瘘，不易愈合多由异物存留组织间隙造成。
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