甄嬛被禁足在碎玉轩伤心欲绝，此时的碎玉轩与冷宫无二。碎玉轩上下备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，遭到侍卫的阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫惊慌中不得已向皇上禀报了实情。
皇上听闻大怒，斥责侍卫失职，命太医温实初速救甄嬛和流朱；流朱却因伤势过重死去。
甄嬛醒来后知道了自己怀有身孕，为保胎儿平安，指明由皇后照顾自己这一胎直到生产，如有不测承担一切后果。太后告诫皇后不能一错再错，更不能拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。甄嬛许久不见流朱，才知道流朱为救自己而死，伤心欲绝。
甄嬛知道安陵容恶毒是因为温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量麝香，这才是真正导致她当年小产的根本缘由，自此甄嬛与安陵容彻底决裂。
祺贵人的父亲在皇上面前不断地谗言、诋毁甄远道，皇上对其心生戒备，终是将甄远道革职收监，家眷圈禁府中，甄氏一族败落。
那边，太后担心甄嬛身怀皇子若是知晓家族之事对身体不好，命身边的孙姑姑传信安抚甄嬛。可是，这边安陵容受皇后指使，派新来的太监小贵子故意将甄父被革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。
成事之后，安陵容暗地里派人把小贵子灭了口已绝后患。又派人在狱中给甄远道投毒，致使甄父生命垂危。
甄父下狱，甄氏一族受到牵连。甄嬛带孕不得不去求见皇上，而皇上的态度冷淡；一句“菀菀类卿”让甄嬛真正意识到原来皇上此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，这一事实让她痛心无比，受到刺激早产……
甄嬛痛苦中早产，生下一女，皇上取名胧月，欲封甄嬛为妃。甄嬛内心对皇上已经绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛请旨由敬妃收养女儿胧月。甄嬛绝然离宫，沈眉庄、温实初为她送行。
甄嬛来甘露寺修行，法号莫愁，入寺后备受他人欺凌；皇后趁机在宫中大肆扩张势力，已是一人独大的局势。沈眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因御医的特殊身份，获准往来甘露寺探望，暗中保护甄嬛……
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