蓝藻本身在不占优势时，对水产养殖危害并不大，甚至有益，但至少也存在隐患了（有蓝藻种，随时可能爆发），蓝藻一旦发生水华，将给水产养殖造成不可逆转的伤害，在蓝藻暴发时，常因方法不当使之无法得到根本的控制。 蓝藻是一种分布广、适应性很强的藻类，随着水产养殖集约化程度的不断提高，随着养殖密度的增大，投料量越来越大，特别是高温季节和养殖后期，蓝藻对鱼虾养殖的影响也日见显现。
1、用生物的方法处理蓝藻（是最彻底最安全的方法） 使用全方位的生态防控方法，不仅是最彻底的处理方法（极少反弹），也是没有任何副作用，而且对鱼虾有促进抗病力，提高采食量和成活率，增强体质，改善肉质风味的效果； 应用生物防控和处理的方法主要机制有：
⑴ 本质上要极速提高水体碳氮比，降低PH值；（高碳氮比的“发酵碳肥”用量要足要狠） 蓝藻泛滥之时，实质上也是池塘水体碳氮比严重失衡之时，其他的池塘生物物种被显著抑制，极大幅度地提高碳氮比，可以破坏蓝藻一家独大的生态局面，促进其他生态链中的生物如菌相和优质藻相的繁殖和占比，做到这一点，一定要力道做足，要下狠碳源；且要使用“发酵碳肥”，“发酵碳肥”的用量要足要狠； “发酵碳肥”必须用碳氮比最高的“发酵玉米液”，木薯红薯多的地方也可以采用“发酵木薯液”或“发酵红薯液”，总之是要发酵淀粉含量高，蛋白含量低的原料为准，这些原料的碳氮比都非常高，大都在60比1以上的碳氮比；
⑵ 接种强势菌相，且量要大；（最好能充气扩培活化处理） 首先大量的“发酵碳肥”中本身也含有大量的乳酸菌、低耗氧芽孢杆菌、酵母菌等；然后要用到相对强势的菌株，如繁殖极快的粪肠球菌、低耗氧低营养的芽孢杆菌等，分解有机碎屑强的芽孢杆菌等，例如强微生物蓝藻净；
⑶ 采用必要的辅助手段 上面两条是从本质或根本上处理蓝藻所处水域环境，是最主要的技术手段，但也不能忽视一些简单的辅助手段； ① 让水流动起来，蓝藻喜欢静水，而其他特别是优质的菌相和藻相则喜欢流动水，所以，开动增氧机或打水车，让水流动起来，是必要的措施； ② 适当的遮光处理，蓝藻喜欢强光，采用腐植酸钠（黑土精）进行遮阳处理，可以抑制蓝藻的繁殖，促进其他益藻的繁殖；同时也有力地促进了水体中被蓝藻破坏的微量元素和矿物质的营养平衡；
2、精养池塘除蓝藻的操作技术
⑴ 方案一：精养池塘蓝藻处理经典方案
⑵ 方案二：精养池塘蓝藻处理天天撒方案
