GC-MS联用技术只适用于分析可以汽化的样品，难用于极性、热不稳定、难挥发的生物大分子（如蛋白质、核酸、聚糖等）及极性小分子。液相色谱的应用不受沸点的限制，并能对热稳定性差的试样进行分离分析，然而其定性能力弱，与灵敏度高、定性能力强的有机质谱联用，其意义是显而易见的。LC-MS联用需要解决问题主要有两个方面：一是液相色谱流动相对质谱工作条件的影响以及质谱离子源的温度对液相色谱分析试样的影响。二是液相色谱的分析对象主要是难挥发和热不稳定物质，这与质谱仪常用的离子源要求试样汽化是不相适应的。为了适应这些成分的分析及生命科学基础研究的需要，质谱技术研究的热点集中于两个方面：一是发展新的软电离技术，以分析高极性、热不稳定小分子或难挥发的生物大分子；二是发展液相色谱与质谱联用的接口，以分析生物复杂体系中的痕量组分。
LC-MS接口装置
大气压电离质谱（API-MS） 样品在大气压条件下电离，然后将离子引入质量分析器进行质谱分析。由于离子化是在室温下进行，因此不存在试样的热解现象。
LC-MS中的串联质谱法
串联质谱含有两个质量分析器。前级质量分析器主要用于分离，在样品电离后，它只允许被分析的目标化合物的母离子或特征离子碎片通过。经过碰撞后，由二级质量分析器分析裂解后产生的子离子碎片，从而获得通过前级质量分析器的组分的质谱图。串联质谱法可以分为两类：空间串联和时间串联。空间串联是两个以上的质量分析器联合使用，两个分析器间有一个碰撞活化室，目的是将前级质谱仪选定的离子打碎，由后一级质谱仪分析。
