不受藤本（波妞的父亲）管制的波妞在偷偷地逃离海底世界的过程中遇到了打捞海底垃圾的船只，因此被套入了玻璃瓶子中。随着玻璃瓶子漂流到岸边的波妞意外地被小男孩宗介救下，在宗介的照顾下，波妞恢复了活力，并和宗介成为了好朋友。‘波妞喜欢宗介’，为了留在宗介身边，长出了手和脚的波妞不顾藤本的劝阻打开了魔法之井逃离了海底世界，并因此引发了一场暴风雨，暴风雨的到来无疑地给人类世界带来了一场灾难：海上堆积成山的船只、陆地变成海洋的人类世界以及不断下坠的人造卫星和月球…在灾难面前，波妞和宗介没有退缩，凭借着自身的善良勇敢以及对彼此纯粹的‘爱’战胜了考验，最终幸福地在人类世界生存了下去。作为宫崎骏导演作画量最多的作品，《崖上的波妞》（《悬崖上的金鱼姬》）不仅用纯情而温暖的故事向我们展示了童话世界中简单而纯粹的‘爱’，更向我们传递了宫崎骏导演对世界的美好幻想和期待。
爱与责任
成为了人类并逃离了海底世界的波妞乘风破浪，最终和宗介重逢，那种为了‘爱’不顾一切的样子傻气又可爱。而对波妞这个新的朋友，宗介也无微不至地照顾着。他们一起喝茶，一起吃饭，一起从温暖的阳光中醒来，一起探险，手拉着手前进…他们彼此互为玩伴，相互守护。
当波妞有魔法的时候，宗介对波妞热情招待，并教她适应人类社会；当波妞失去魔法而睡着的时候，宗介用自己的力量守护着波妞；当波妞变回人面鱼的时候，宗介不离不弃，陪伴在波妞身边。对宗介来说，波妞不仅仅是朋友，更是责任。宗介兑现了守护波妞的承诺，用自己小小的肩膀承担起了守护波妞的责任。‘爱’从来都不是一件复杂的事情，只是人心把它复杂化了。波妞和宗介之间的‘爱’纯粹而温暖，勇敢而坚定，不掺杂任何杂质，不计较得失，不纠结不犹豫不动摇，格外珍贵。
保护环境
如同宫崎骏导演的其他作品一样，《崖上的波妞》再次向我们提出了保护环境的宗旨。不管是波妞出场时遇到的打捞海洋垃圾的大船，还是藤本寻找波妞时被人类垃圾所阻碍都在警示着人类对自然的破坏。
人类为了发展从自然中无休止地掠夺生态资源，加剧了环境恶化和物种灭绝，也打破了生态平衡。其实人类对自然的破坏，就是对自己的破坏。面对这样伤痕累累的大自然，我们应该清醒的意识到：保护环境，刻不容缓。人类对大自然的征服，本质应该是人类在顺应自然规律，尊重自然的前提下与大自然和平共处。
电影中的波妞正是自然的化身，宗介则是美好的人类的代表，波妞和宗介幸福地生存下去，不仅表达了宫崎骏导演对人与自然和谐共处的美好愿景，而且也告诫我们：人与自然真心相待，世界末日才不会降临。
父母对子女的爱
当人面鱼波妞想要变成人类和宗介在一起的时候，藤本用着郁闷且失落的语气说：‘她变成了人类，跑到人类的男朋友家里面去住’，也会充满担心地说：‘如果宗介改变了心意，那么波妞就会变成泡沫’。曼玛莲（波妞的母亲）则温柔地说：‘让波妞以人类的身份生活吧’。作为父母，他们一方面担心自己的女儿受到伤害，另一方面又想让自己的女儿和喜欢的人待在一起，过自己想要的生活。因为对波妞的爱，他们最终妥协，选择了支持波妞的决定，并尽自己所能帮助波妞和宗介。
当波妞变成人类和宗介重逢时，理莎（宗介的母亲）并没有阻止两人的相处，而是悉心照顾波妞，并帮助波妞在人类世界生存，最后和宗介一样从心底里接受了波妞。接纳一个从人面鱼变成人的小女孩或许有些荒唐，但是这是自己的儿子宗介的选择，理莎相信宗介，支持宗介。
父母的爱总是无私的，他们无条件的接纳子女的选择，支持子女的决定，全心全意的帮助子女，不求回报。父母给了我们生命，抚养我们长大，他们或许不善言辞，却总是用行动证明他们对我们无私的爱。随着时间流逝，我们在长大，而他们却在老去。如果有一天你突然发现父母的头发变得花白，脸庞布满皱纹，眼睛昏花耳朵也不再灵敏，身形不再挺直，步伐不再矫健…请你多陪陪他们，握紧他们的手和他们一起并肩往前走，不要再将背影留给他们，就像小时候他们照顾我们那样。也请你多向父母表达对他们的爱，趁着时间还有，父母还在。
学会说‘不’
面对藤本的约束，波妞拼力反抗，毫无畏惧地奔向宗介，从而过上自己想要的生活；当见到自己不喜欢的人时，波妞会马上喷水反击，坚决果断，从而让自己更加安全地在人类世界生存下去。说‘不’，正是当今社会中很多人‘想做却不敢做的事情’，因为他们习惯了接受。即使身上的担子再重，压力再大，他们都会选择一个人承担，然后自我感动式的向别人倾诉着只有自己在乎的过程，他们不善于说‘不’，也不懂拒绝，得过且过的如行尸走肉般过着每一天。其实这种‘老好人’的做法不仅会压抑自己内心的想法而不利于自己的成长，也会因自己缺乏主见而被社会淘汰。敢于说‘不’，敢于发表不同意见，敢于表达自己内心的想法，才能让我们不被社会所同化，才能更好地在社会中保持自己独特的个性，打造属于自己的独立思维，在成长中实现质的跨越。
不要‘以貌取人’
从外貌的角度来看，披头散发、乌黑的眼圈以及身着奇异服装的藤本给人的直观印象很是怪异，但他却用自己的力量守护着海洋。无论是他把他的子女封印在海底世界里，还是他多次想将波妞带回海底世界都是为了维护海底世界和人类世界的生态平衡。当暴风雨来临时，他将‘向日葵之家’（养老院名称）的人们保护了起来，救了婆婆们的命的同时也帮她们治好了她们的病。不得不说，藤本本质上是一个善良的魔法师。
有的人光鲜靓丽，内心却肮脏不堪；有的人其貌不扬，内心却温暖善良。切记：识人要看他的内在品质，而不是他的外貌。如果看不清一个人，那就不要轻易地下结论，更不要轻易地给他人打标签、扣帽子。试着多给自己和他人一些时间，让时间来验证一切。‘横看成岭侧成峰，远近高低各不同’，从各个方面去探究一个人的品质，并进行综合性的分析，才能更加全面地看清一个人。
除了波妞和宗介的主线故事外，本剧也不乏温情之处：
忙于工作而无法回家的耕一发信号跟宗介和理莎交流，互报平安；
理莎和宗介相互照顾，相互加油打气，理莎照顾宗介的饮食起居，宗介安慰失落的理莎，并帮助理莎照顾‘向日葵之家’的婆婆们；
暴风雨过后，理莎驱车前往‘向日葵之家’照看婆婆们；
为了让小宝宝能喝到奶水，波妞和宗介将身上带的汤和三明治全部给了小宝宝的妈妈，小宝宝的爸爸以船用蜡烛为报答；
曼玛莲用魔法驱散了暴风雨过后的大海上堆积成山的船只，救了在海上滞留的人类的命；
藤本和宗介的握手既包含了藤本将自己女儿波妞托付给宗介，也包含了藤本对人类世界的信任；
…
所有的一切都源于善良。善良是世界上最美丽的语言，它有着与众不同的力量：它会温暖自己，温暖他人，驱散内心的阴霾，让生活永远充满阳光。
因为‘爱’，所以敢于冒险，因为‘爱’，所以勇于承担责任，因为‘爱’，所以可以牺牲。宗介接纳了波妞真实的样子，有了一个不离不弃的小伙伴；波妞变成了人类，舍弃了海底世界和魔法，在人类世界找到了温暖的家。世界的裂缝被波妞和宗介之间的纯粹的‘爱’缝合，一切都恢复了当初的模样。
双向奔赴的感情，真的很美。
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