在做好根管的预备与清洁工作之后，就可以评估是否可以进行根管的充填了。根管充填强调“三维封闭”，充填时止于根尖狭窄部，并且维持根管自然形态，严密封闭根管内的各个解剖区域，包括冠方、根尖孔、侧副根管、根尖分歧及根管内的各个不规则区域，使根管充填材料成为一个紧密整体。
关于充填预备好的根管系统，具有多种充填方法，每一种都有其优越性与复杂性。根管充填材料，一种是作为固体材料的牙胶尖，另一种是作为非固体材料的封闭剂。根据充填材料的特点，压力变形和加热软化，衍生出两种最主要的充填方法，冷牙胶侧压充填法和热牙胶垂直加压充填法以及其相关变异方法。
冷牙胶侧方加压法根据根管预备中最后达到工作长度的根管扩大器械选择主牙胶尖，将主牙胶尖和根管封闭剂一起放入根管内，然后通过侧方加压使牙胶尖变形产生空间后插入副牙胶尖，再侧方加压插入的副牙胶尖，直到严密充填整个根管。
侧方加压法中操作时为了使封闭剂向侧方和冠方移动并且使溢出根尖孔的封闭剂尽量减至最低，必须缓缓插入主牙胶。同时也排出陷入的空气，使封闭剂全面地分布于根管壁。放入主牙胶尖后，将侧方加压器沿着主牙胶尖插入根管，到达侧方加压器上标记的长度或者比这个长度短0.5至1mm。当侧方加压到达合适的长度之后，将主牙胶尖向侧方和根尖方向挤压，在弯曲根管内，可以根据根管的弯曲程度适当减少转动的弧度。根据所使用的侧方加压器的大小，根管的大小，根管内所形成空隙的位置选择副牙胶尖。
热牙胶垂直加压充填法是把加热软化牙胶和垂直挤压相结合的一种方法，热牙胶垂直加压法是Schilder在1967年提出来的，遵循的是小根尖大锥度的治疗理念，先完成根尖段的充填，通过含牙胶量非常高加热后流动性好的非标准牙胶尖来做主尖，加热加压到根尖区完成根尖的充填，取出大部分牙胶后，再用回填的方法充填剩余根管系统。
热牙胶垂直加压充填法根据根管的解剖形状选择主牙胶尖，操作时使牙胶尖以软化的状态向根尖移动，使主牙胶尖与制备的根尖基质或狭窄处1至2mm处紧密贴合。一旦主牙胶尖合适，从根管中取出，放入灭菌容器中，然后用吸潮纸干燥根管系统。仔细选择根管挤压器械是垂直加压技术成熟的关键，除此之外，还需要选择一根加热器械，以便于在向根尖挤压的过程中去掉多余的牙胶。与侧方挤压技术相反，垂直挤压法中根管封闭剂在根尖部分的放置应减至最低。回填要少量，以免内部形成气泡，回填时如果加压不及时，下段牙胶冷却凝固，流动性降低，垂直压力无法起作用，产生充填间隙，同时热牙胶未经加压，冷却后收缩明显，导致微渗漏增加。
除了冷牙胶侧压充填法和热牙胶垂直加压充填法，在此基础上，还产生了相关变异方法：
1、只在根尖三分之一侧方加压充填根管，然后烧断延伸的牙胶尖后，用几节热牙胶垂直加压或者注射热软化牙胶垂直挤压充填根管冠部。
2、用侧方挤压法充填根管至根管口，之后除去一段牙胶，伴随垂直挤压根尖三分之一，然后根管冠方三分之二用侧方或者垂直加压法重新充填。
3、主牙胶尖就位后，加热去掉牙胶尖的冠段，然后垂直挤压根尖段。根管其余部分用标准的侧方挤压填充法充填。
4、在主牙胶尖附近放置侧方加压器到工作长度，停留大约一分钟使主牙胶尖与根尖紧密贴合，使用含有牙胶软化剂的根管封闭剂，在软化过程中，用挤压器械按压，使牙胶尖与根管壁紧密贴合。
