《九阴真经》是金庸小说中虚构的武学秘籍。是金庸武侠小说中威力极强大，也最富盛名的武学秘笈，也是武林中众人无不想争夺的一样至宝。
《九阴真经》书中所记载的武学博大精深，威力无穷。所有上乘武学的原理几乎都不脱离九阴真经的内容，可说是武学的百科全书。无论什么样的绝学都能在真经当中找到相对应的理念，是武学的最高境界。
经中所载内功、轻功、拳、掌、腿、刀法、剑法、杖法、鞭法、指爪、点穴密技、疗伤法门、闭气神功、移魂大法等等，无所不包。只要练成其中任何一门绝学即可独步武林，如在江湖中令人闻风丧胆的梅超风练成了经中的九阴白骨爪，驰骋大漠罕逢敌手。
在小说里，《九阴真经》当中记载的武学除了创始人黄裳以外，练得最全的是北侠郭靖（学得最全）和老顽童周伯通（除了梵文的总纲）。此外北丐洪七公、西毒欧阳锋、南帝一灯大师、黄蓉、杨过、小龙女........等皆有修练过真经中的武学。
而在《射雕英雄传》中华山论剑的最终胜出者王重阳甚至需借观《九阴真经》才领悟出破解古墓派祖师爷林朝英玉女心经的武学。留下“玉女心经，技压全真，重阳一生，不弱于人。”的诗句。此诗句在新修版则修改为“玉女心经，欲胜全真，重阳一生，不弱于人。” 而在金庸最初于明报上所连载的旧版则是“重阳先师，功传后世，观其画像，究其手指。”
初版
在《射雕英雄传》第一版中，《九阴真经》和《九阳真经》原是相传是“东土第一代祖师”菩提达摩祖师所写下，话说达摩东来，与中土武士较技，双方互有胜负；面壁九年后参透了武学精奥，写成二书。其中九阴真经所载为武学招式，九阳真经所记则为内功秘诀。
二版、新修版
宋徽宗于政和年间，下旨命令一个聪明的刻书人——黄裳刻写一本道家书籍《万寿道藏》，共分五千四百八十一卷。由于是为皇帝刻书，黄裳怕出错杀头，他花了好几年小心校对，不知不觉便精通了道学，还无师自通领悟了最精深的武功。经过漫长的修练后，成为绝顶武学高手。
不久，宋徽宗下旨要黄裳派兵去剿灭魔教——明教。不料，当中高手如云，黄裳遂亲自向明教高手挑战，一口气杀了几个法王使者。哪知道他所杀的人中，有几个是武林中名门大派的弟子，于是被各大派寻仇，黄裳寡不敌众，受伤后逃亡，躲在不毛之地。仇家随后将他家里的父母妻儿杀了个干干净净。为了避免再受追杀，一一记下了的敌人招式，苦思破解方法。当他想通了，已经过了四十多年，仇家全都死了。他便觉得自己时日无多，便把毕生心血，写成上下两卷的《九阴真经》。
重现华山
天下五绝，即黄药师、欧阳锋、段智兴、洪七公和王重阳，同意谁胜出谁独得《九阴真经》。经过七日七夜的大战，由王重阳夺得。在他临死前，把《九阴真经》交给师弟周伯通。
刻于古墓
王重阳得知林朝英创出克制全真教武功的《玉女心经》后，不禁佩服起来。夺得《九阴真经》后，把其中部分武学刻于终南山古墓之中，以表明自己有克制《玉女心经》的法门。多年后为杨过、小龙女夫妇及其后人所习得。
被盗
后来周伯通把《九阴真经》上卷埋藏好后，欲要埋藏下卷时，遇见新婚的黄药师夫妇。与黄药师赌比试掷石弹败下阵来，遂使黄药师的妻子冯蘅可以细阅《九阴真经》的下卷，凭著过目不忘的本领把全部内容记忆下来，再自行抄录一本交予黄药师。 二版中，冯蘅戏弄周伯通所持之书不过是江南孩童皆知且会背诵的算卜之书，让周伯通真以为下卷真经在欧阳锋来犯时被调包，气得当场毁去下卷真经。 新修版则是周伯通撕去下卷真经封面时，察觉黄药师脸色有异，逐没有毁去下卷真经。
不久，黄药师的徒弟梅超风和陈玄风背叛了师门，偷走了那部《九阴真经》下卷的抄本，离开桃花岛。黄药师一怒之下，把所有弟子打跛。身怀六甲的冯蘅为了黄药师，再度默写《九阴真经》下卷，但离上次背经已有一段时日，经文已多半被遗忘，终因竭力回想经文而弄至身心俱疲，生下黄蓉不久就去世了。
陈梅二人离开桃花岛后，由于不懂玄门道学，陈玄风只能凭自己的臆测解经，再转授予梅超风。在曲解经义的情形下，两人以“五指插入人的头盖骨”或“服用砒霜之毒”等方式，练成了阴毒狠辣的“九阴白骨爪”和“摧心掌”，成了江湖上恶名昭彰的“黑风双煞”。两人横练功夫甚强，不怕击打，只对利器稍有忌惮。但各自有个脆弱无比的罩门，一碰即死。铜尸陈玄风的罩门在肚脐，铁尸梅超风的则在舌下。蒙古荒山夜战中，陈玄风虽以九阴白骨爪和摧心掌杀了江南七怪的张阿生，却也被当时年仅六岁的郭靖用匕首刺中罩门而死。被打瞎的梅超风则匿伏于金国赵王府以避仇家追杀，其间收杨康为徒，并授以九阴白骨爪。
落入郭靖手中
陈玄风将下卷经文精要刺在上身而毁去下卷手抄本，临死前将人皮真经位置告知梅超风。这块在梅超风身边的人皮真经，在江南陆家庄与郭靖交战时被“妙手书生”朱聪偷去，辗转交到郭靖手中，但当时郭靖却不知这块人皮的由来，而后周伯通观看郭靖所持人皮上的文字内容得知是失落的下卷真经。 (新修版中则还是原本的手抄本。朱聪盗出后，可怜梅超风失去丈夫遗物的失魂样而返还。随后梅超风交还下卷手抄本予黄药师。)
后来在桃花岛石洞中，周伯通为了作弄郭靖，把《九阴真经》上、下两卷全都教给了他，却不告诉他学的是《九阴真经》，而后当着黄药师面前毁去真经两卷，笑说要完整真经就找能背诵真经内容的郭靖。间接造成黄药师以为郭靖私吞真经的误会，不认他成为东邪快婿。
欧阳锋后来捕获洪七公和黄蓉，企图迫使郭靖默写《九阴真经》，但洪七公暗地里令郭靖把经文的内容逆改以及黄蓉加油添醋的误导，导致欧阳锋最终走火入魔却武功大进。
黄蓉后来也与郭靖一起研习真经的神功。
《九阴真经》的总纲是黄裳刻意以汉文音译的梵文写成，后来给一灯大师译成汉文，郭靖遂得以领悟《九阴真经》修练内功时须注重阴阳互济、刚柔并重的要旨。
一灯大师和洪七公为治疗其内创，皆从郭、黄两人之手练起《九阴真经》总纲。
藏在倚天剑内
多年后，蒙古侵宋，襄阳城将近失陷，郭靖、黄蓉夫妇把《九阴真经》藏在倚天剑之中，并将剑交给女儿郭襄，以供他日复国之用。后来郭襄当上了峨嵋派掌门人，倚天剑成为镇派之宝，《九阴真经》藏在剑内的秘密只有历代掌门人才获知晓。
于元顺帝年间，第四代峨嵋派掌门人周芷若把倚天剑及屠龙刀互砍，取得内里的《九阴真经》，短短数月间学成了阴毒狠辣的“九阴白骨爪”，在少林屠狮大会中技压群雄。欲杀人灭口将金毛狮王谢逊击毙之际，被杨过后人黄衫女子及时出手阻止，并给其光明正大的“摧坚神爪”所制服。周芷若的九阴内力在身受“玄冥神掌”之伤后，给明教教主张无忌以九阳神功医治时化去大部分，而带在身上的《九阴真经》亦被蒙古郡主赵敏偷去，最终落入张无忌手中。
在新修版中改为两块玄铁铁片，一为桃花岛所在地，一为桃花岛地图，《九阴真经》、《降龙廿八掌掌法精义》和《武穆遗书》放在桃花岛中心，《九阴真经》改为完整版。因为金庸感到把书本放到刀剑的夹层中并不合理，铸造刀剑时会烧去，因此修改为铁片。
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