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单位超职数，我理解应该是首次套转后相应职级人员超出职数吧，这种情况实职正科晋升职级有三种办法：
一是需要等待单位一级主任科员职级出现空缺时进行递补；
二是调动到一级主任科员职级有空缺的单位进行晋升；
三是向上级公务员管理部门争取职数指标。
目前按照中共中央办公厅印发的《公务员职务与职级并行规定》，各地的普遍做法是“一次套转两次晋升”，即非领导职务人员套转到相应职级，不受职数限制全部套转，领导职务人员不套转，可以晋升。套转后符合条件且本单位有职数的，最多可以晋升2次，晋升2次后任职时间清零。因为第一次套转不受职数限制，所以就可能出现套转后部分职级超职数的情况。
二、实职正科要想晋升一级主任科员职级有三种办法1、等待单位一级主任科员职级出现空缺时进行递补。这种情况类似于事业单位的专业技术人员的职称聘用，高一级的职级超出职数或者满额了，就需要出现空缺，下一级的才能晋升。超出来的职数或者满额职数有三种方式进行消化，分别是调出、退休、晋升到高职级。所以实职正科只能等待单位一级主任科员职级出现空缺进行递补。而且还需要出现空缺时能排在符合晋升条件人员的第一位才能晋升，否则还需要等待再出现空缺。
实职正科在一级主任科员出现空缺时能排在符合晋升条件人员的第一位，要看单位党委或党组制定的职级晋升工作方案怎么规定，还要看本地区对于实职领导职务和同等级非领导职级人员是同样晋升，还是非领导职务优先晋升。
2、调动到一级主任科员职级有空缺职数的单位再晋升。这个就比较容易明白了，看哪个单位一级主任科员职级有空缺，没有符合条件的晋升人员，那么调动到这个单位就可以晋升，既可以调动该单位实职领导职务，也可以是虚职。
3、向上级公务员管理部门争取职数指标。职级并行规定执行后，各单位每个级别职级的职数都是按照本单位公务员的编制人数乘以比例数确定的，出现小数后一般取整，这样一来上级公务员管理部门就能有一部分按照本地区公务员编制总人数计算出来的比例数的差额，他们有权限进行适当调剂。所以有条件的可以向上级公务员管理部门争取职数指标，这样多数来的，如果本人符合条件就可以晋升。
按照《公务员职务与职级并行规定》的精神，公务员晋升职级应当根据工作需要、德才表现、职责轻重、工作实绩和资历等因素综合考虑，不是达到最低任职年限就必须晋升，也不能简单按照任职年限论资排辈，这里体现的是正确的用人导向，所以也要放平心态，并不是达到年限就一定可以晋升。
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