按照乡例，年满三十岁的男丁可分到两亩地。这天，桃源镇宋氏祠堂门口站满了宋家子孙正观看着舞狮表演，宋慈偷偷躲在一旁，想要找寻机会向村长讨要那两亩地。他虽然姓宋，可他的娘是在棺材里生下的他，所以桃源镇村民一直认为他是个不详之人，还取名为“棺材子”，一直靠着打更为生，从不敢在白天出现。
满心欢喜以为能够分得两亩地，可村长却说宋家族谱根本没有他的名字，也没人能够证明他就是宋巩的儿子。宋慈一气之下状告村长，好友薛丹替他作证，可薛丹并非宋家子弟还比宋慈年幼三岁，根本不能作证，县官大人以他们扰乱公堂为由重打二十大板，以示惩戒。
新任知县宋翊是米店老板宋诚之子，即将出任桃源镇县官，村长宋贤为了讨好新任知县，挖去了宋慈母亲的坟墓新盖一处迎官亭。宋慈非常愤怒，找到村长理论，小偷唐思发现脖子上的玉兔不见了，于是在他们纠缠之间出来找寻。米店的老板宋诚夫妇以为两人在殴打村长，为了不惹事走为上策。
不久村长的尸体在溪边被发现，仵作检验，村长尸体头脸有伤痕，身上有六处淤伤，判定为是被人殴打重伤致死。宋慈与唐思被告谋杀判斩首示众，押入大牢等候处决。被押进大牢时天上一道闪电击中宋慈，当场身亡被送入义庄。
贵叔发现宋慈的身体还是暖的，于是救醒了他，还向他透露村长不是他打死的。宋慈想要追问下去被贵叔赶出义庄。一声惨叫，宋慈潜入义庄发现贵叔头部肿大，中了大头热瘟的毒，他为贵叔抓药救了贵叔一命，贵叔以此收留了他。
他们发现村长脚跟有个伤口，贵叔认为村长是中破伤风的毒而死，但村长夫人已经带着村长的尸体上山安葬了，为了证明宋慈的清白，薛丹打算在新任知县到任时拦途告状为他翻案。
宋翊到任时接到薛丹的诉状，聂捕头和宋翊决定跟踪薛丹发现宋慈并未死去，宋翊决定为他们翻案，但是要翻案就需要开棺，于是宋慈扮鬼在聂捕头的帮助下吓村长夫人，说他冤枉让她答应开棺验尸。在开棺那日聂捕头的女儿聂凤发现宋慈扮鬼吓人，将他带入村长的墓地，村长夫人恍然觉知是被人整蛊，反对开棺，但宋翊坚持，看到村长已成一具白骨，无从验尸。
宋慈被押入大牢和唐思一同处决，为了让他们吃饱喝足上路，贵叔，薛丹等人送了好酒好菜，宋慈吃后双唇肿起，贵叔发现酒菜中的鱼里有鱼滕毒，聂枫杀鱼的时候鱼骨还是白色的，现在是黑色了。贵叔立马知道怎么可以证明村长的尸体是有毒的。
宋翊请求村长夫人将村长SG蒸煮以证无辜之人清白，村长夫人对之前之事耿耿于怀不同意。宋慈和唐思被押入刑场等候处决，村长夫人日夜受良心谴责在宋慈两人斩首之时及时赶到。
贵叔将村长SG放入水里蒸，将SG中的毒液融入水里后，打一碗水给老鼠食用，如果老鼠喝过之后死了，可以证明村长是中毒而死，并且是被人打重伤而死。
为了证明村长是中破伤风毒而死，贵叔让另一个老鼠先喝下能够治疗破伤风的药，然后再喝水，如果老鼠无恙，那么村长就是中破伤风毒后未及时医治。
