1.蔡公倡导“思想自由，兼容并包”。
他支持新文化运动，提倡学术研究，实行教授治校；对出生于封建家庭的他，具有如此博大宽广的胸怀和包容精神难能可贵，他让任何一位中国的平民，包含女性在内都有了接受教育的机会。
2.改革北大，赢得了“北大之父”的美誉。
1917年1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：“抱定宗旨，砥砺德行，敬爱师长”。
1)抱定宗旨：“大学者,研究高深学问者也”,“以研究学术为天职,不当以大学为升官发财之阶梯。”，由于学而优则仕的影响，当时学生做官心热,以势力的目光对待教员,根本不问学识深浅，官阶大的教员,特别受尊重，因为将来毕业后“有人提携”,出自某某高官门下，把老师当靠山，所以，他要求北大学生“抱定宗旨,为求学而来”。
2)砥砺德行：当时的社会泥沙俱下，道德沦丧，败德毁行之事比比皆是， 作为北大的学子，要有所担当，肩负责任，不能因循随俗，随波逐流，要以身作则，去影响和感染身边的人，这样的学子才是对社会有用的人。
3)敬爱师友：老师应受到尊重，学生应对老师以诚相待，礼敬有加；同学之间应互相邦扶，互相交流，相互亲爱。师友同处一校，应风雨同舟、荣辱与共，对于道德有缺陷的同学，要劝勉和提携。
3.慧眼识珠，利用个人引响力为北大储备了一大批知名学者和学授。如鲁迅、吴玉章等。
4.引导学生树立了正确的学习观与人生观，坚持不懈地匡扶学习者走上利国利民的正确的道路，发对文化知识成为官场利用的工具，倡导人文发展，高度重视人格的培养；为北大引进了新的理念，使得下一代得到更好的学习教育。
分享许寿裳赞蔡公之诗：“ 欧洲游历快衡盱，贯彻东西觅坦途。 公德独标仁义恕，清儒最爱戴黄俞。 深研哲理通天地，旁叩民风溯觋巫。 学海昔时感沉寂，归来朝气为嘘枯”。确不为过！
蔡元培先生是一位伟大的教育家。
在当下的文章中，往往强调他忠厚长者的一面，因为他确实与蒋介石、鲁迅、胡适等人均保持了终身友谊，却忽略了，蔡元培也有老于世故、工于心计的一面。
毕竟蔡元培也是政治家，在政治场中，没有起码的技巧，是很难屹立不摇的。
1、兼收并蓄带有其他含义
蔡元培先生第一次出长北大时，提出了兼收并蓄的方针，这被认为划时代的贡献，但事实上，不能仅从教育本身来看这四个字，蔡元培先生这么说，还有其他含义。
蔡元培出任前，北大由“严复帮”把持，这些人多有旧学功底。严复本人科举屡屡失败，他的文章写得不好，他的《天演论》幸得名师吴汝纶的润色，吴是桐城派大师，严复曾跟着他学古文，遂使《天演论》一炮走红。
严复虽是近代启蒙第一人，但他一生对旧学充满自卑感，反而成为旧学的忠粉。
“严复帮”主要是福建人，如林琴南、辜鸿铭等，此外还有以林损为代表的温州帮。
蔡元培提出兼收并蓄，其实是放出明确信号：他向往新学，但不会打击“严复帮”，二者可以并存。
辜鸿铭神话多是林语堂上世纪30年代才编出来的，因林与辜是老乡，且经历相似。
2、蔡元培利用“浙派”排挤“严复帮”
蔡元培进入北大后，重点发展“皖派”和“浙派”。
皖派以陈独秀为代表，有胡适、刘文典等。
浙派则有周作人、汤尔和、沈尹默、马裕藻、马叙伦、沈兼士、钱玄同、朱希祖等。
在他们努力下，特别是在陈独秀的冲击下，“严复帮”大失方寸。需知，林琴南是支持白话文的，清末时还曾参与白话报的主编工作，在1919年前，他虽然以文言文著称，但被认为是文坛领袖。
在陈独秀不断的挑衅下，终至林琴南方寸大乱，加上被踢出北大，故写小说恶骂蔡元培。蔡元培虽表面上未予追究，但从心理上对浙派更加倚重。
然而，蔡元培比较诚实，远不如汤尔和、沈兼士、马叙伦等人老谋深算。到后来，浙派关起门来成为一个小团体，蔡元培凡事均被其左右，遂有后来将陈独秀轰出北大事。
严复先生曾说：“蔡孑民（即蔡元培）人格甚高，然于世事……偏喜新理，而不识其时之未至，则人虽良士，亦与汪精卫、李石曾、王儒堂、章枚叔诸公同归于神经病一流而已，于世事不但无补，且有害也。”
3、蔡元培并不淡薄功名
蔡元培为人不喜细务，所以能被汤尔和等人所利用。五四运动爆发后，蔡元培为抗命，愤然辞职。
当时蔡元培的顶头上司是傅增湘，傅是著名藏书家，时任教育部长，而鲁迅正在教育部当佥事。他在文章中曾提到傅增湘到京师图书馆看宋版书，最后还了盒子，却没有书。当时鲁迅负责，吓得够呛，忙追问，幸傅增湘尚未出图书馆门，他转头斥责自己的奴仆：让你们放回去，居然不放回去，真是混账。
鲁迅至少两次在文章中写到这件事，只是用F来替代傅增湘。这就是著名的“盗书”典故。
对于盗书，鲁迅曾说过一句很著名的话：中国的东西，只要是公物，懂行的会将它偷完，不懂行的会将它毁坏完。
傅增湘对蔡元培其实是很支持的，否则蔡不可能一再抗命。蔡辞职，固然有与学生发生殴斗、感觉受辱的一面，也有以进为退的意思。
蔡元培离开北大时，自称“胃疴”，是一句灵活性很强的话，此外，当时代理校政的蒋梦麟、英文科主任胡适等人均视蔡为校长，北大当时会计课负责人是蔡的内弟。其实是欲擒故纵。
民国政府任命诗人蒋智由替代蔡元培，蔡元培马上给蒋写信，庆祝他上任，其实是探口风，蒋当然明白，立刻在《晨报》上发表声明，称：“校长之职，虽异仕途，亦决不投身其中，致受牵率。”
蒋智由是非常明智的，后来民国政府让胡仁源当北大校长，结果被驱除出校，北大学生拒绝承认他，北大教职员也声明“除蔡元培外，绝不承认第二人”。
4、为杀回北大，与李石曾交恶
国民党有所谓四大元老，即张静江、蔡元培、吴稚晖、李石曾。
他们在国民党成立、发展过程中做出过较大贡献，他们非商即文，不太介入政治，时人视之为新“商山四皓”。
曾留学法国的李石曾因拿到了法国退还中国庚子赔款的主导权，和胡适一样（胡适在英国退还庚款委员会中任职），成为当时财力雄厚、足以号令文教界的关键人物。
国民党北伐成功后，李石曾和蔡元培都主张采取法国的大学区制，就是将全国分成几个大学区，分别设一所大学，一些中学和小学，中学和小学归属大学校长统领。
这一方法的优点在于大大节省办公经费，后来中法大学即采取了此法。
可这就涉及要取消北京当时许多大学，并为中国大学，这让拥有历史的北京大学极为不满。
蔡、李力推大学区制，因为蔡想回北京当中国大学校长，他没想到，李石曾也有此意，但李一直隐瞒了自己的想法，到关键时刻才摊牌，蔡、李多年友谊因此崩溃。
在关键时刻，吴稚晖耍滑头，突然转向支持李石曾，蔡元培被迫退出。李石曾在北京设立了中国大学筹备处。没想到，北大学生冲击至，将筹备处捣毁，还殴打了相关工作人员。李石曾侥幸逃脱，此议遂罢。
从此番波折中，颇可见蔡元培先生也并不是毫无主见的木头人。
5、蔡元培晚年淡出政治
在四一二大屠杀前，蒋介石请四大元老提出意见，蔡元培积极支持蒋，其中原因，至今难明，或有回归政坛之意。
但四一二大屠杀后，蔡元培又淡薄功名，因他在政界、学界、教育界广有人脉，所以后期行事以人为善。
胡适整理北大，将浙派一一排挤出校时，蔡元培未再干预。
鲁迅困窘时，蔡元培给鲁迅找了个撰述员的闲差，不需上班，也没有工作任务，每月干拿100大洋，这笔钱鲁迅领了很多年。鲁迅后来与宋庆龄等建立联系，也是蔡元培帮的忙。鲁迅在私人信件中曾说：我对我那位老乡，其实不以为然，他糊涂得可以。
然而，在表面上，鲁迅从不曾说蔡元培的坏话，蔡元培帮助很多左派作家脱难，柔石被捕时，鲁迅找过蔡元培，后来丁玲被捕，也是托蔡元培帮忙，蔡最终救下了丁玲的命。
蔡元培中晚年只做善事，不求功名，特别是从来不拿民主之类概念压蒋，这让蒋介石也很感动，蔡去世时，蒋说，像蔡元培这样忠厚的读书人，以后再也没有了。此话包含了对胡适的不满。
毫无疑问，蔡元培先生为中国教育做出了巨大贡献，但他也存在性格短板，也做过一些糊涂事，提出这写无损于蔡先生的伟大。
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