作为中国近代教育体系的开山鼻祖，蔡元培最杰出的贡献就是发掘并保护了一批思想先进、才华出众的学者，开创了又一个“百家争鸣”的思想自由时代。
1916年，袁世凯病逝后，蔡元培受北洋政府教育总长范源濂的邀请回国担任北京大学校长，就此开启他的革新北大之路。1916年到1927年，蔡元培主政期间，是北京大学最兼容并蓄、蓬勃发展的11年。由于蔡元培的锐意革新，北大迅速晋升为世界一流大学。
民国初期，北京学界和政界一样乌烟瘴气，腐败不堪，连八大胡同的妓女们都称“两院一堂”是他们最主要的主顾。这里的“两院”指的是北洋政府的参议院和众议院，“一堂”就是指最高学府京师大学堂（北京大学前身）。由于当时北大的官僚腐败情况太严重，已经连续换了多任校长，蔡元培正是在这种情况下走马上任的。
上任北大校长后，追求思想自由、百花齐放的蔡元培尤其注重老师的水平，他认为教育应以学术为主，和政治倾向没有关系，只要是有真才实学，不论国籍、资历、年龄、思想倾向皆可任北大教授，他招聘北大教授的唯一标准就是“学问水平”。
在蔡元培这种用人思想的主导下，北大教授既有学富五车的旧式学究，又有学贯中西的新式学者，诸如辜鸿铭、胡适、李大钊、鲁迅、陈独秀、刘半农等人纷纷加入北大，并从此走向了中国学界的舞台，开创了民国思想蓬勃发展的大热潮。
经过蔡元培的整改，北大拥有了全国最年轻、最具进取精神的教师团队。当时的报纸曾做过统计，北大的90多位教授的平均年龄只有30多岁，35岁以下者高达43人，像胡适、刘半农等文化名人都是在20多岁时就被聘为北大教授的，24岁的梁漱溟更是一位北大落榜考生，没有当上北大学生，直接当了北大教授。
蔡元培的用人之道既备受推崇也备受争议，虽然大多数人认为他这是勇于创新，兼容并蓄，但也有人认为他大量招聘没有资历的学者担任北大教授的做法有待商榷。但从结果看，蔡元培启用的人确实大都是有真才实学的。
北京大学正是因为有一批这样的优秀教授学者，所以在短短几年时间内成为中国最知名的高等学府，还被西方评为“最接近西方模式的大学”，晋升为世界名校。这一切，都是蔡元培的功劳。
1940年3月5日，蔡元培病逝于香港，毛泽东在唁电中称颂其为“学界泰斗、人世楷模”。纵观蔡元培一生为中国教育做出的杰出，他的确堪当此等褒奖。
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