克利斯波岛。船长派人送来纸条，邀请他们三人到海底森林打猎。
他们穿上潜水服，背上氧气瓶，手持特别猎枪，
穿过换压舱，走入海底平原。船长举枪射杀了一只海獭，然后又射杀了两条海豚似的动物，满载而归。
在通过拖雷斯海峡时，潜艇因为触礁而搁浅，他们在旁边的小岛上逗留了两天。阿龙纳斯三人上岸寻找蔬菜和野味。
他们打死了几头野猪，采摘了不少水果，当他们在沙滩架起篝火准备烧烤时，忽然受到当地土著的袭击。
他们慌忙逃回停泊在海中的潜艇，可是土著人乘上木筏，紧追不舍。即使阿龙纳斯他们爬上潜艇，下了底舱，土著人依旧围着潜艇，不肯散去。
第二天一早，潜艇开舱换气时，土著人又爬上来船来进攻。可是他们的手一碰到栏杆，就惊叫着缩了回去，原来金属栏杆全部通了电。
珊瑚坟墓在同海面船舰发生冲突之后，尼摩船长请阿龙纳斯救治一个身受重伤的船员。
船员死后，带着送葬队伍，把死者埋在一片光彩夺目、瑰丽无比的海底珊瑚林里。
“在这里，珊瑚虫会把死者永远封闭起来，不受鲨鱼和人的欺负。”
鱼类被惊动，到处乱跑。我听到石灰质的地上铁锨叮叮作响，铁锨有时碰到丢在水底下的火石，发出星星的火光。坟穴渐渐加长，渐渐加大，不久便相当深，可以容受尸体了。这时抬尸体的便走近前来，尸体用白色的麻布裹着，放到湿润的坑中去。尼摩船长两手交叉在胸前，死者曾经爱过的所有的朋友们，都跪下来，作祈祷的姿态。我的两个同伴和我也很虔诚地鞠躬敬礼。坟穴于是被那地上挖出的土石掩盖起来，地面形成微微的隆起。海底采珠场在斯里兰卡附近，尼摩船长邀请阿龙纳斯他们到海底参观采珠场。这里盛产珍珠，最大的价值可高达二百万美元。
他们正兴趣盎然地观看印度人在海底采珠。忽然，一条鲨鱼张着血盆大口向印度人袭去。船长当即手持短刀，向前同鲨鱼搏斗。
危机时刻，鱼叉手尼·德兰掷出鱼叉，正中鲨鱼心脏。
船长当即把采珠人托出水面，并赠送了一袋珍珠给他。
由此尼摩船长的人物形象更为丰满，他实际上并没有断绝与人类的交往。
南极冰川在南极，一块冰山翻倒砸到了潜艇，潜艇一时找不到出路，陷入冰山封路的困境。他们的船封在冰层下面，船员面临压死或窒息的危险。
潜艇被困在厚厚的冰下，船上极度缺氧，船上所有人轮流用工具和开水把底部厚10米的冰盖砸开。
在氧气耗尽的最后一刻终于逃上海面。
铁锨很有劲的打进了坚硬的冰，一块一块的冰从冰场凿开来。由于体重的新奇作用，这些冰块没有水重，它们于是飞跑到冰们顶上去了，这样一来，下面是减薄，上面就增厚了。但没关系，下层的冰总是削薄了。……这一天，我们的监牢剩下第六层的最后一米冰，尼摩船长觉得铁锨挖得大慢，决定用高压力来冲开那个把我们和底下水面分开的冰层。……冰层破裂，发出新奇的声响，像撕纸的声音一样，诺第留斯号渐渐沉下去。……推进器全速开行，船身钢板发生震动，一直在螺丝钉上都感到，它带我们向北方驶去。遭遇章鱼大西洋，诺第留斯号被巨型章鱼的触须缠住了螺旋桨。他们拿斧头和章鱼展开肉搏，最终以一名船员惨死的代价脱离了困境。
一个水手站在楼涕的最高的一级上，把嵌板上的螺钉松下来。可是母螺旋刚放开，嵌板就十分猛烈地掀起，显然是被章鱼一只胳膊的吸盘所拉了。……尼摩船长就把这根巨大的触须截断，它绞卷着从楼梯上溜下去。……船员们各人挥动斧头，乱砍乱杀。加拿大人、康塞尔和我，我们也把我们的武器穿进这大团肉块中去。一种强烈的麝香味弥漫在海水中。逃离潜艇在挪威一带的危险海域，阿龙纳斯和尼德·兰、康塞尔乘坐小艇脱离了诺第留斯号。
结束了穿越太平洋、印度洋、红海、地中海、大西洋、南北两极海洋的两万里航行。
他们的小艇被漩涡抛入水里后，在挪威的一个小岛上侥幸脱险，而潜艇已毫无踪影了。
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