公益类事业单位是事业单位的主体，或者 说是大头，也是事业单位改革成功的关键。这类单位主要为社会提供科教文卫等公益服务，其中大部分是全额拨款性质，部分差额拨款，极少部分自收自支。按照类别，区分为公益一类、公益二类、公益三类三种。
1、公益一类
基本上是全额拨款性质，如图书馆、档案馆、博物馆、科技馆、疾控中心、福利院、乡镇卫生院、社区卫生服务中心、救助站、无线电监测、公共资源交易、土地整理储备、地震监测等等，都是公益一类事业单位。公益一类事业单位在改革中受冲击影响比较小，除了少部分因为职能相近、相似等撤并整合外，其余的大体会保持现状。
2、公益二类
公益二类主要是差额拨款，如普通高中、高校、公益医院、文化宫、公园、体育场馆、妇女儿童活动中心等等。公益二类有三个改革方向：效益差的、主要职责是提供公益服务的，剥离收费或经营职责改公益一类；效益一般的、收费或经营职责可以维持单位正常运转，保持现状；效益好的、主要职责是提供收费或经营的，剥离公益职责改企业。
3、公益三类
公益三类很多都是自收自支性质的事业机构，维持事业单位“名分”，实际上是作为企业在经营，如公证处、各类公益培训机构、部分公办报纸杂志等。公益三类和生产经营类事业单位一样，基本上都要改企，剥离体制。
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