1864年（同治三年），在太平天国运动和陕甘动乱的影响下，新疆的民族分裂势力在天山南北纷纷反清起事，先后建立起几个互不相属的封建割据政权。这些政权均为当地宗教和民族上层分子所掌握，彼此间互相攻伐。煽动民族仇杀，新疆处于纷争不己的战乱之中。其中，喀什噶尔的封建主金相印和司迪克向浩罕汗国请求迎回张格尔之子布素鲁克，而浩罕汗国派该国军官阿古柏同布素鲁克于1865年1月（同治三年十二月）侵入南疆。
虽然起义的烽火迅速燃遍天山南北，但只有伊犁、库车、乌鲁木齐、喀什噶尔、和田五地建立了割据政权。
1865年，阿古柏驱逐司迪克，强占喀什噶尔新城，又攻占英吉沙尔。同年，一支7000人的浩罕败兵投奔阿古柏，进一步加强了其力量。
1866年（同治五年）底，阿古柏诱杀哈比布拉，吞并了以和田为中心的割据政权。1867年（同治六年），阿古柏消灭了以库车为中心的政权，势力到达喀喇沙尔（今焉耆）和库尔勒一带，成立“哲德沙尔汗国”，自立为汗。
1870年（同治九年），阿古柏又侵入北疆，侵占了乌鲁木齐和吐鲁番等地。至此，南疆全部和北疆的部分地区都被阿古柏侵占。
阿古柏侵占新疆期间，对内进行残酷的经济掠夺、恐怖的特务统治，不仅使普通民众受到沉重压迫，也加剧了浩罕贵族同新疆土著上层分子的矛盾，在新疆出现了期盼清廷和兄弟民族支援的民情，也有人长途跋涉至北京向清廷呈报情况 。而英俄的介入，进一步使新疆问题严重化。
在1864年（同治三年）沙俄趁中国新疆各族起义之际，逼迫清廷签署《中俄勘分西北界约记》， 割占了中国西北四十四万多平方公里领土之后。
1871年沙俄又借口逃亡的乌兹别克斯坦大玉兹塔札别克为伊犁当地的割据势力（艾拉汗）接纳， 出兵强占中国伊犁地区，以免前一年入侵北疆的阿古柏在伊犁“建立亲英的统治”，同时也为沙俄侵入全疆夺取重要桥头堡。
1872年（同治十一年），沙俄承认阿古柏政权，同阿古柏签订通商条约，攫取侵略权益。
而且在英国占领印度后，也在觊觎喀喇昆仑山以北的中国南疆地区，英印当局多次派人进入南疆活动。而阿古柏因对沙俄怀有疑惧，也希望得到英国的庇护。1874年2月2日（同治十二年十二月二十五日），英国茀赛斯使团同阿古柏签订正式条约，英国在阿古柏统治区通商、驻使并取得诸多特权。
刚从镇压太平天国中恢复过来，而陕甘回乱本来问题的棘手和日本侵台的牡丹社事件所引发的海防塞防之争，也让清廷内部矛盾重重。最后，左宗棠的塞防海防并重的观点力压李鸿章等人的海防为重的观点得到了大多数的支持。其中出兵收复新疆的意见，得到了军机大臣文祥的大力支持。
与此折同时，左宗棠又上《遵旨密陈片》，批评当时督办新疆军务的钦差大臣景廉和帮办西征粮运的袁保恒，请求将两人调走，也获得了准允。1875年（光绪元年）5月，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务。
这时，才开始了历史上重要的“左宗棠收复新疆”事件。
谋而后动，制定平疆计划
- 先北后南
受命后，左宗棠曾在兰州召开军事会议讨论军事问题。 在击败阿古柏的方略上，他提出要“先北路后南路”、“缓进急战”（又称“缓行速战”）。
“先北路后南路” ，即先安定北疆（但不急取伊犁），再进军南疆。这是综合考虑了敌方兵力部署、新疆地理环境以及历史经验的结果。
阿古柏的势力集中于南疆，其在北疆势力比较薄弱，而北疆反抗阿古柏的势力则比较活跃，先攻北疆可以避实就虚，易于先声夺人，并可解除南下南疆时的后顾之忧。 当然，也不排除阿古柏率主力支援北疆、双方展开恶战的可能，但只要清军能够取胜，则进军南疆会更加顺利。
从地形地貌看，从北疆进军南疆，有利于避免清军受阻于塔克拉玛干沙漠；而且，北疆地广土沃，泉甘物阜，可供驻军及作为军储基地，甚至进一步作为全疆的政治和军事中心； 从地理区位上讲，收复北疆，也可为收复伊犁创造必要条件。
从历史经验看，清军平定准噶尔、平定大小和卓叛乱，也均采取先北后南的方略。
“缓进急战”，即不打无准备之仗，不匆忙进兵，而一旦军事行动开始，就要速战速决，不可游移迟缓。 一方面，兵贵神速；另一方面，新疆的气候、交通、粮运、防务等又要求在急战之前必须做好一切准备。因此，左宗棠在奉命督办新疆军务后，耗时1年4个月才进军古牧地，但攻占古牧地后不过6天，即收复除玛纳斯南城之外的全部乌鲁木齐地区。在进军南疆的过程中，左宗棠、刘锦棠也对这一方略加以贯彻。
- 整顿军队
为加强战力、节饷减粮，左宗棠强调”兵贵精实“，对西征军进行了裁减。金顺部（包括金顺所接收的景廉、成禄等部）是裁汰重点，这一裁减自1873年8月（同治十二年七月）即已开始。
对于自己所部，左宗棠也精选壮丁、裁汰冗杂，1874年（同治十三年），在裁去马步40营后，又裁奇、捷等营马步勇夫1千多人。他还将一部分“弱不任战”的兵勇转为农垦劳力，改此前景廉等人“寓兵于农”、”即兵即农“的状况为”分兵农为二“。
- 制备军械
左宗棠西征军的军械，一方面由在上海的采运局委员胡光墉采办并转运西北，另一方面也通过在陕甘的就地生产加以补给。左宗棠先后创办西安机器局和兰州制造局（亦称“甘肃制造局”），为西征军修造枪炮。为了对付阿古柏军的洋枪洋炮，并由广州、浙江调来专家和熟练工人，在兰州造出大量武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。
- 筹措军饷
1876年（光绪二年）1月，开战在即，各省积欠陕甘军费已达2000余万两，只靠各省关协饷不能满足西征所需。左宗棠遂援引沈葆桢为台湾防务借款之旧例，请求借洋款一千万两。不料遭时任两江总督沈葆桢反对。几经波折，清廷最终下诏，令户部拨款200万两、各省协饷300万两，准左宗棠自借洋款500万两。但经费仍为不足。左宗棠后又曾于1877年（光绪三年）、1878年（光绪四年）、1881年（光绪七年）三次为西征军借洋款，总计于1874年（同治十三年）至1881年（光绪七年）间向洋商借款1375万两，另向华商借款846万两。
- 筹粮、筹转运
左宗棠事先命西征军前锋部队统帅张曜，驻军哈密兴修水利、屯田积谷。1876年（光绪二年）一年收获粮食5160余石，基本上可以解决该部半年军粮所需。然而毕竟缓不济急，为购买和运输军粮，左宗棠又建立了四条路线：
一是从甘肃河西采购军粮，出嘉峪关，过玉门，运至新疆的哈密；
二是由包头、归化、宁夏经蒙古草原运至新疆东部的巴里坤或古城（今奇台）；
三是在新疆东部采买；
四是向俄国人购买，1875年（光绪元年）左宗棠曾接待俄国索斯诺夫斯基一行并与之订立购粮合同，从斋桑泊运粮，一说这部分粮食实际来自伊犁。
此外，左宗棠广设运粮台站，并于官运之外借用民力，节节转运。
首战告捷，立足北疆
- 肃州誓师
1876年4月7日（光绪二年三月），左宗棠从兰州移营肃州，准备发起进攻。当时，清军已有部分兵力驻守在哈密、巴里坤、古城、塔尔巴哈台等战略要地，与阿古柏军相持。4月底，左宗棠命总理行营营务、湘军统领刘锦棠率马步25营分批入疆，经哈密前往巴里坤。
至此，清军出关总兵力有80余营，约六七万人。清军按先北后南的方针，决定首先收复南北疆的交通要冲乌鲁木齐。左宗棠命道员刘锦棠总理行营营务，率湘军25营主攻乌鲁木齐；提督徐占彪和张曜各率所部驻守巴里坤至哈密一线，防敌北窜东逃。
阿古柏得知清军西进的消息，急忙布置防御，令白彦虎、马明（均系陕甘回民义军首领，失败后逃新疆投敌）、马人得等分守乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯、古牧地等北疆要地，阻止清军南下；一部兵力守胜金台、辟展（今鄯善）一线，防清军从天山南麓进攻；主力2.7万人部署在达坂城、吐鲁番和托克逊，阿古柏本人在托克逊督战。其总兵力约4万人。
- 古牧地之战
1876年7月（光绪二年六月初），刘锦棠率所部各营到达巴里坤，并进驻古城，不久进驻阜康，7月底与金顺部在济木萨会合，谋攻古牧地。8月中旬，清军进扎古牧地城东和东北，8月10日，刘锦棠夜袭黄田获胜。8月13日进围古牧地。
经过数天激战后，清军于8月17日晨，用开花大炮轰塌坚固的城墙，占领古牧地，杀敌“不止五六千人”，生擒215人。清军刘锦棠部阵亡158人，伤455人。
- 乌鲁木齐之战
古牧地之战后，刘锦棠从缴获的敌方信函中得知乌鲁木齐守备空虚，决定除留两营兵力守古牧地外，主力迅速向乌鲁木齐挺进。8月18日黎明，清军出发。守卫乌鲁木齐的马人得、白彦虎未料到清军行动如此迅速，一闻炮声，即弃城向达坂方向逃跑。清军收复乌鲁木齐、迪化州城及伪王城。盘踞昌吉、呼图壁与玛纳斯北城之敌如惊弓之鸟，未等清军进攻即弃城而逃。刘锦棠等部消灭残敌、追击逃敌，毙敌约五六百人。
- 玛纳斯之战
8月18日，荣全指挥的清军和孔才、徐学功所部民团，在近六个月的围攻后终于攻下玛纳斯北城。然而，玛纳斯南城之敌仍负隅顽抗。从9月2日始，清军金顺部会同伊犁将军荣全等部猛攻玛纳斯南城，诸部为争功而各行其是，城池久攻不克， 后在刘锦棠部的援助下，至11月6日终于攻克。是役，清军耗时二月，伤亡上千人。战后，金顺部又有杀俘行为。不久，左宗棠委婉地让金顺留守北疆，以使刘锦棠在南疆作战时可以不受牵制。
至此，北疆地区除伊犁外，所有敌占据点全部克复。此时冬季来临，大雪封山，不便于大规模的军事行动，清军决定暂停进攻，进行休整，待春天到来再向南疆进军。刘锦棠筹粮整军，准备进军南疆。
进军南疆，平定边患
- 清军部署
收复南疆的部署，左宗棠根据敌方情况于1876年（光绪二年）11月初即已拟定，阿古柏在达坂、吐鲁番、托克逊三城部署重兵，加强防守，其本人则坐镇喀喇沙尔指挥。
左宗棠针对这一情况，提出了三路并进的作战方案：刘锦棠、广东陆路提督张曜、记名提督徐占彪各部克复达坂、吐鲁番、托克逊三城，打开南疆门户，然后乘胜西进，收复所有失地。具体部署是：刘锦棠部由乌鲁木齐南下攻达坂城，为北路；张曜部由哈密西进，为东路；徐占彪部出木垒河，越天山南下，为东北路。张、徐两部协力攻取吐鲁番，得手后，立即攻托克逊。
达坂城位于三面环山的峡谷地带，是南北疆的咽喉要地。独特的地理环境造就了这里丰富的风力资源，被开发成我国最大的风电基地
达坂城之战1877年（光绪三年）4月14日，清军经过几个月的充分准备，开始向南疆进军，刘锦棠率主力1万余人及开花炮队由乌鲁木齐南下，16日夜进至达板外围，乘守敌不备，迅速完成对该城的包围。4月18日，清军打退增援之敌，在达坂域外增筑炮台。4月19日，炮台筑成，清军用开花大炮轰塌城中大炮台、月城和城垛，击中敌弹药库，敌军死伤甚众，企图突围，被清军截杀未逞。敌守军在清军强大攻势面前只得投降，达坂城遂克复。这一战，清军共击毙敌军2千余人，俘敌1千多人，其中生擒浩罕大小头目120余人 。
攻占达坂城之后，刘锦棠对部分俘虏发给衣粮，准其返回原部。这一举措对瓦解敌军起到了作用。阿古柏为避免被放回者影响军心，令其次子海古拉处死了其中的大部分（少部分逃到清军一方），结果适得其反，进一步使阿古柏政权上下离心离德。
- 托克逊、吐鲁番之战
4月24日，刘锦棠分兵6营助攻吐鲁番，自率骑兵14营进击托克逊，托城敌酋海古拉（阿古柏次子）闻风窜逃，部众2万余人于4月26日投降，刘锦棠部攻克托克逊。
与此同时，张曜部和徐占彪部在盐池会师后，于4月21日克七克腾木，22日克辟展，25日克胜金台，向吐鲁番挺进。随后，张、徐二部在罗长祜部湘军协助下收复吐鲁番。
至此，清军三路并进，未及半月即收复三城，打开了南疆门户，军事上已成破竹之势，为彻底打败阿古柏创造了条件。南疆人民纷纷起义，反对阿古柏的反动统治。阿古柏见三城失守，大势已去，于5月下旬逃至库尔勒，气急暴病而死（有说服毒自杀，有说被人毒死，有说和下属厮打致死 ）。阿古柏次子海古拉经火并身亡， 其长子伯克·胡里在喀什噶尔称王，令白彦虎防守喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地，继续顽抗。
- 东四城之战
1877年9月（光绪三年八月），清军挟连克三城余威，乘秋高气爽之际，开始部署收复南疆八城之战。刘锦棠率马步32营为前锋，张曜率马步16营为后队，共2万余人，向西挺进。敌守军放弃喀喇沙尔和库尔勒西逃往库车。刘锦棠根据敌西逃库车，立足未稳等情况，决定亲率精兵追击。
10月15日，刘锦棠率2千精兵追至布古尔（今轮台），击败敌骑千余。10月18日，追至库车城外，发现大量敌军。刘锦棠在随后跟进的后队到达后，猛攻库车，敌军大败，白彦虎率余部向西逃跑。清军收复库车。10月19日，刘锦棠继续西进，21日抵拜城，22日在铜厂大败白彦虎军和伯克·胡里军。24日，清军克阿克苏城。26日克乌什。
至此，清军在一个月内驰驱1千公里，连克南疆东四城（喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什）。
- 西四城之战
清军的破竹之势，使盘踞在西四城（叶尔羌、英吉沙尔、和阗、喀叶噶尔）的敌军惊恐万分。和阗叛军呢牙斯向清军请降，并主动率兵围攻叶尔羌。伯克·胡里率兵自喀什噶尔增援叶尔羌，打败呢牙斯。
但前喀什噶尔守备何步云乘机反正，率数百满汉兵民占据喀什噶尔汉城。伯克·胡里赶忙回救喀什噶尔。何步云派人向刘锦棠乞援。刘锦棠当机立断，决定不待张曜全军到达，便分兵三路前进：一路由余虎恩率步骑5营从阿克苏取道巴尔楚克（今巴楚东）直趋喀什噶尔为正兵；一路由黄万鹏率骑兵6营、张俊率步兵3营，经乌什取道布鲁特边境，出喀什噶尔西为奇兵，约定于12月18日两路同抵喀什噶尔；刘锦棠自率一部经巴尔楚克直捣叶尔羌和英吉沙尔，策应攻取喀什噶尔。
12月17日，湘军余虎恩、黄万鹏等部齐至喀什噶尔，当晚一举收复该城。伯克·胡里、白彦虎率残部逃入俄境。同月21日，刘锦棠收复叶尔羌，24日又收复英吉沙尔。1878年1月2日（光绪三年十一月二十九日），清军收复和阗。
至此，清军收复新疆之战宣告结束。
俄国爪足，战后风波再起
清军收复新疆之战，消灭了阿古柏政权，收复了除伊犁外的新疆大部分地区。 引阿古柏进入新疆的金相印父子和追随阿古柏的余小虎、马元均被处死，阿古柏、白彦虎手下的大小头目共1166人亦均“讯明正法” 。阿古柏的多名后裔亦被清军俘获。
清军收复新疆之战中，阿古柏长子伯克胡里及白彦虎（陕甘回民暴乱余部）退入俄国境内， 成为漏网之鱼，成为“东干人”，此后还曾多次侵入新疆进行劫掠，但均被清军击败。
- 伊犁谈判
沙俄在看见了清军在战争中的实力，使得沙皇政府处境十分尴尬，于是它一面指使白彦虎残部骚扰我国边境，力图牵制，一面则在外交上使用手段，以攫取更多利益。
沙皇政府软硬兼施，迫使出使俄国的崇厚签订了屈辱的《里瓦几亚条约》，以丧失大片领土和赔款五百万卢布为代价“收回”了九座空城。消息传到国内，舆论大哗。
设伊犁将军后，建惠远城（惠远古城），并陆续在其周围建起惠宁、绥定城、广仁城、宁远城、瞻德城、拱宸城、熙春城、塔勒奇城八座卫星城，统称为“伊犁九城”。
迫于舆论，清政府将崇厚治罪，判为斩监候，拒绝批准《崇约》并改派驻英、法公使曾纪泽前往圣彼得堡重新谈判，同时命左宗棠统筹兵事，为可能的战争做准备。
1880年（光绪六年）4月，左宗棠开始部署军队，准备以刘锦棠步骑万人出乌什，张曜所部七千人从阿克苏分两路直取伊犁，金顺所部万余人扼守晶河，备俄军东犯乌鲁木齐。同年5月底，左宗棠以六十九岁的高龄，带病的身躯，冒着盛夏的酷热舆榇出关，誓与沙俄决一死战。6月15日，左宗棠进抵哈密，命令各军戒备。
8月29日，左宗棠在哈密接到清廷调他回京“以备顾问”的命令，壮志未酬，十分苦闷。
尽管左宗棠内召，但在其积极备战的支持下，曾纪泽的外交谈判有了进展。对左宗棠被召回一事，沙俄不明底细，误认为中国有“动兵之意”，并就此事几次问及曾纪泽。当时，刚刚结束了俄土战争的沙皇政府，财政已经涸竭，曾纪泽的主要谈判对手若米尼承认：“战争对于我们将是耗费巨大、没有止境而又无益的。” 迫于形势，沙俄不得不从原来的立场上后退一步。
1881年（光绪七年）2月21日，即左宗棠到达北京的前三天，双方在圣彼得堡签订了《中俄伊犁条约》，沙俄同意归还《崇约》划走的特克斯河谷和通往南疆的穆扎尔山口，但仍占有霍尔果斯河以西地区。此外，放弃了俄货由嘉峪关运进内地的要求；但赔款却由五百万卢布增至九百万卢布。对于中国，这仍然是个不平等条约，但与《崇约》相比，总算收回了一些权益。一个英国外交官评论说：“中国已迫使俄国做出了它从未做过的事，把业已吞下去的领土又吐出来了。
1884年11月17日，在左宗棠的提议下，新疆正式设省，取“故土新归”之意。
左宗棠收复新疆的意义在于这是中国人在近代抵御外敌入侵的一次伟大胜利（阿古伯从浩罕入疆，实为英俄傀儡），正如梁启超所说：
“西北方面，自从左宗棠开府甘陕，内地的势力日日往那边膨胀，光绪间新疆改建行省，于是两汉以来始终和我们若即若离的西域三十六国，算是完全编入中国版图，和内地一样了。”——梁启超著，《中国人的启蒙》
文：小火球
参考史料：
杨东梁.《左宗棠》
沈传经刘泱泱.《左宗棠传论》
徐中煜.《左宗棠收复新疆时的军械、军火运输》
刘江华.《左宗棠传信录》
管守新.《刘锦棠与清军收复新疆之战》
凤凰网.《左宗棠收复新疆:新疆各族人民团结对外的结果》
陈理.左宗棠与新疆建省.中央民族大学学报
张秀平毛元佑黄朴民.《影响中国的一百次战争 -83清军收复新疆之战》
