对这批特殊囚犯的审讯和逼供由诺加雷的威廉率领大量皇家密探与特工完成。此人也是1303年法王推翻教皇卜尼法斯八世的得力干将。讽刺的是，威廉的祖父曾经是一名卡特里派信徒，为此，他的家庭一度受到了歧视与迫害。不过，威廉凭借自己的机智与犬儒主义逐渐崭露头角，最终在宫廷谋得了一个显赫职位——掌玺大臣。这段特殊的经历可能导致他在内心深处对教皇颇为轻视，并且一心想要令法国超越教廷成为世间最伟大的强权。
圣殿骑士团内部分为四个层级：骑士、军士、神父和农夫。被捕的成员中，经历过战火考验的骑士与军士仅占一小部分，于是很多人一动用刑讯甚至只受到刑讯的威胁，便迅速屈服和“招供”了。而骑士与军士历来对被敌人俘虏并受到折磨有所思想准备，但在法国官方“富有成效”的酷刑面前，也抵挡不住，纷纷屈打成招。原则上教廷审讯异端嫌疑人本该有一套固定程序，但菲利普的打手对此置若罔闻。法国秘密监狱里骇人听闻的逼供手段包括：长时间禁闭和捆绑，给囚犯套上沉重枷锁使其关节脱臼，在睾丸悬挂重物，用火烤脚掌等等。有一位骑士团的修士甚至被烧伤至露出了脚骨。一些极度痛苦的骑士甚至惨叫道，为了结束折磨，他们可以诅咒上帝！
当年圣殿骑士团所传递的秘密信函
除了肉体上的伤害，圣殿骑士还要遭受精神上的摧残。数百年来，他们一直是万众敬仰的军事精英、圣地的守护者、教皇的宠儿。然而，朝夕之间，荣辱倒转，他们突然沦为了世人唾弃的异教徒、同性恋者、敌基督，不光普通民众，甚至连教皇也弃之而去。很多骑士的内心防线就此崩溃。于是，雅克·德·莫莱、乔弗里·沙尔内、于格·佩尔德等著名骑士都纷纷认罪也就不足为奇了。
1307年10月19日，对圣殿骑士团的审判正式拉开帷幕。25日和26日，作为这出大戏的高潮，雅克·德·莫莱接受了公开质询，并当众认罪。他的供词立即被记录下来送往教廷，作为骑士团涉嫌异端的铁证。在抓捕行动仅仅两周以后，菲利普国王以迅雷不及掩耳的审判，永远终结了骑士团多年苦心经营的声望，很快，他们伏法认罪的消息就传遍了各个基督教国家。
圣殿骑士团末代大团长雅克·德·莫莱
在莫莱的一份供词中他这样描述42年前加入圣殿骑士时的仪式：在常规的宣誓之后，他被披上一件斗篷，随即有人拿着耶稣像与十字架入场，并命令他当众唾弃耶稣。他违心地照办了。他的上级骑士又要求他对耶稣像吐唾沫，莫莱有些抗拒，他吐在了地上。审判官又问他或者其同僚可曾有过同性恋的行为。莫莱矢口否认，不过他承认在其他同仁中，否认耶稣的言行也普遍存在。最后，具有讽刺意味的是，供词里还特意强调，他的话语不是受到威胁、诱导或刑讯逼供的结果，而是发自肺腑，乃是出于拯救灵魂的渴望。不过，虽然莫莱并没有承认所有的指控，但他的供词与其他难友的供述相加，依然具有极强的说服力。10月21日乔弗里·沙尔内的供词中，除了与莫莱相似的否认耶稣的清洁之外，还加上了亲吻骑士肚脐以及被劝诱进行同性之爱的内容（虽然乔弗里本人强调他并未身体力行）。于格·佩尔德稍早一些的认罪书中，内容细节也与之大同小异，稍有不同的是他承认骑士们在教堂中秘密地膜拜邪神巴风特。事实上，这些高度吻合的供述大多为国王的打手和特工领袖诺加雷的威廉精心炮制的作品，他们漏洞百出，不时露出断章取义、罗织罪名的马脚。然而，公平地讲，法王与他的部下倒也未必不相信骑士团涉嫌异端。那是一个猎杀女巫，草木皆兵的年代，主流的基督教社会往往将一切非常规的风俗、思想归咎于魔鬼。哪怕骑士团的宗教仪式与正统天主教存在一丝丝不同，也极易授人以柄，最终被引申至向撒旦出卖灵魂。何况，长期以来，法国的圣殿骑士团享受着治外法权，不听政府号令，早已是菲利普的眼中钉肉中刺，国王当然不会放过一切搞垮骑士团的机会，以便加强王权。
不过，菲利浦四世也明白圣殿骑士团并不谋求在法国国内建立独立王国，归根结底，他对后者的打压，目的还是为了金钱。菲利普是一个喜欢马背生活的国王。十字军东征期间，英法两国通力合作，也曾一度结为盟友，但随着十字军国家的覆灭，二者也渐渐产生罅隙。当时的英王爱德华一世（英国金雀花王朝王室来自法国，祖先为安茹伯爵）在法国境内拥有阿基坦的封地，理论上亦是法王统治下的诸侯，1293年，英国与诺曼底人发生了海上纠纷，菲利普以宗主的身份，要求英王到庭接受讯问。爱德华一世原本想通过外交途径解决问题，但他派出的使节在巴黎吃了闭门羹。这是因为高傲的菲利普只愿意把爱德华当做一名公爵或藩属，而不是平等的国王。稍后爱德华又派遣他的兄弟埃德蒙亲赴法国斡旋，最终双方准备通过联姻的方式（即爱德华与法王之妹布兰琪结婚）来达成和平，而英国方面则以在法国的加斯科涅地区作为彩礼交予菲利普。
菲利浦四世统治时期的法国金币
英国人本以为可以高枕无忧，然而他们低估了菲利普的胃口。法王要的不仅仅是加斯科涅，而是英王在法国的全部领地。不久之后，他即以英王不遵从自己的召唤为由，下令剥夺爱德华的封地，并发兵加以征讨，1294年两国正式爆发了战争。虽然法军一度占据上风，并且与苏格兰王国结盟夹击英国，但战事渐渐不利，领土失而复得，最终不得不于1303年和英国签署停战协议。菲利普不甘心失败，便指望失之东隅收之桑榆，指挥法军入侵弗兰德斯镇压当地叛乱，却在1302年的科特赖克战役中惨败而归。连续的挫折一方面导致法王在开疆拓土方面收效甚微，另一方面军费的高涨令法国的财政捉襟见肘，甚至到了破产的边缘。菲利普四世不得不寻求一切可能的手段来挽回财政危机，而他的手段颇不光彩，他先后用莫须有的罪名，洗劫了国内意大利银行家及犹太富商的财产，并将其驱逐出境。但这些抄没的财富也不足以扭转乾坤，于是他便将下一个目标投向了圣殿骑士团。与医院骑士团不同（他们的财富大多为不动产），圣殿骑士团由于长期从事银行业，拥有大量流动资金，对菲利普四世有着巨大的吸引力。通过指控其异端罪，国王可以轻易地虏获骑士团的资本，让他的战争能够延续下去。
也许教皇并没有看出这背后不可告人的阴谋，但当时位于意大利北部的很多有识之士都敏锐地观察到了这一点（因为意大利北部银行业发达，人们普遍具有金融头脑），即菲利普对圣殿骑士团的突然袭击与所谓的宗教信仰无关，而仅仅关乎金钱。中世纪欧洲最伟大的诗人但丁也在他的名著《神曲》中尖锐地抨击这位国王，甚至将他比作钉死耶稣的罗马总督彼拉多：
“我看到那新的彼拉多是多么残酷无情，
他并不满足于这些罪行，而是未奉旨令，
便把贪婪的风帆扬进‘圣殿’之中。”
（《神曲·第二十首》）
但丁
1307年10月14日，黑色星期五后第二天，教皇克雷芒五世才得知圣殿骑士团团员被悉数逮捕一事，顿时惊诧莫名（菲利普瞒天过海是如此娴熟，连教宗也被蒙在鼓里）。虽然案件的主审官只是巴黎的一名普通检察官威廉，但克雷芒知晓幕后的主使，也深信这绝不仅仅是普通案件，而是世俗法国政权对教皇权威及天主教会的突然袭击，甚至关系到了教皇国的生死存亡。他迅速召集了各位红衣主教，10月16日在教廷举行了紧急库里亚会议，一共持续了整整三日。
如果换做以往的强势教皇，可能早已将法王的作为当做忤逆，并将他开除教籍。但此时的教廷十分虚弱，并且地位尴尬——几年前法王对前教皇卜尼法斯八世的抓捕和虐待，人们还记忆犹新。克雷芒五世也惧怕重蹈覆辙，沦为法王君权的牺牲品，何况教廷已经被强制搬迁到法兰西的土地上，难免有寄人篱下之感。不过克雷芒依旧尝试着做一番抗争，他发出一份诏书，指责菲利普的行为乖谬，不合律法，不过也给后者提供了台阶——只要法国交出被俘的圣殿骑士团成员及其财产，并转与教会，宗座便既往不咎。11月，两名教皇特使抵达巴黎企图商议交接事宜，但法王故意闭门不见，他的大臣们则表示恕难从命，因为骑士团员已经供认了异端大罪，教皇的调停是多此一举。
当使节们把这沮丧的信息带回教廷后，在库里亚会议上掀起了轩然大波。超过10位红衣主教表示如果教皇甘当法王的傀儡，将立即挂印而去。克雷芒面临空前的压力，并且左右为难。如果他屈从法国的压力，任凭骑士团由法王处置，必将导致教会内部分裂；如果他对法王表示强硬，直至开除其教籍，则有可能遭受血光之灾。不过克雷芒也非泛泛之辈，他工于心计而且老谋深算，很快便想出了出奇制胜的妙招：1307年11月22日，教皇发布了新的诏书，内容与此前一封大相径庭。他要求所有基督教国家的国王与王公们，立即逮捕境内的圣殿骑士团成员，并抄没其资产，转交教会。——这不啻于化被动为主动的一步好棋，既然无法令法王收回成命，教皇就极力扮演角色让世人以为铲除骑士团实际是教廷的授意，法王也不过遵照施行而已。当然，挽回名声与同法国关系的同时，圣殿骑士团便成了最大的牺牲品。之前菲利普的迫害还仅限于法国国内，教皇的落井下石才真正宣布了骑士团的末路。很快，在英格兰、德意志、意大利、西班牙、葡萄牙、塞浦路斯等地，都掀起了对圣殿骑士团的抓捕和迫害。克雷芒还特意给菲利浦四世去信，称赞他信仰坚定，充满热情，不过也要求既然瓦解骑士团是教皇的本意，那么以后对他们的审理也必须在教廷的指导下进行。
1290年左右圣殿骑士团的装备
面对变色龙般的教皇，菲利浦四世这条老狐狸也总算是遇到了对手。一个月后，两位主教再次出使巴黎，他们要求法王交出圣殿骑士，否则他会被革除教籍。这一次法王乖乖照办，12月24日，法王正式同意将骑士囚犯们移交教廷看管。
12月27日，主教们终于见到了雅克·德·莫莱及其他骑士团主要领导人。一旦从法国的地牢中被解放出来，面对来自教皇的“亲人”，他们立即推翻了以往的全部供状。据说，为了证明自己是在酷刑下屈打成招，莫莱甚至亲自脱衣让主教们检视他身上的累累伤痕。
也许对教廷的动机心存疑虑，法国政府迟迟未能履行转交骑士的诺言。1308年2月，教皇终于按捺不住，要求法国解除对骑士团的起诉，而法方的回应则是准备立即重开审判。代表法王进行这场同教皇的秘密战争的得力干将依旧是诺加雷的威廉。他竭尽所能对教皇进行诽谤和诋毁，甚至赤裸裸的威胁要将克雷芒罢免，并威胁他家人的安全。但教皇并没有屈服。6月，最终双方达成了妥协：骑士团将交由教皇派出的调查机构与法国地方主教会议共同审理。作为善意的表现，菲利普四世释放了72名骑士团员交由教宗发落。其中虽然也包括大团长及其他四位领导人，但大部分已经被法王收买，以便确定不至于暴露法国的阴谋。但当护送囚犯的队伍行至希农城堡时，法王却下令扣押莫莱等领导人，官方的理由是他们身体有恙不适合立即交接。这显然是个谎言，因为希农距离教皇驻跸的普瓦捷已经不远。大约是菲利普四世也自知理亏，担忧一旦教皇亲自接见莫莱等人便会迅速宣布他们无罪。
进行马上长矛比武训练的圣殿骑士
圣殿骑士团在冲锋
但克雷芒五世深谙与法王决裂的后果，于是故意装作未能识破他拙劣的借口，仅仅接见了送来的普通骑士们。1308年7月2日，经过数天调查，在骑士们做了忏悔并乞求教廷原谅之后，教皇正式宣布宽恕他们的罪孽。这样的结果是模凌两可，而且耐人寻味的。假使骑士们真地犯下了异端重罪，显然不可能得到教皇的赦免；但如果他们真的白璧无瑕，教皇则大可以直接宣布其清白而无需表示“宽恕”。因此，克雷芒依然留下了与菲利普讨价还价的余地。
在调查过程中，教皇也发现，骑士们大体依然是信教的，也大体上忠于职守，不过，关于他们在入会仪式上的种种荒唐之举，倒也并非空穴来风（骑士们都表示痛心疾首，发誓往后洗心革面）。在教皇看来，这些骑士更像偶然误入歧途的浪子，依然有回头的可能和挽救的价值。教皇也意识到很多古老的军事组织都有类似奇异的规定和仪式。具体到圣殿骑士团而言，其“亵渎”十字架和否认耶稣的举动有可能只是在模拟骑士们遭受穆斯林俘虏后可能经历的折磨和考验。至于要求新晋骑士亲吻上级的行为，也可能只是训练他们对上级的绝对服从。当然，随着时间的推移，这些“考验”的初衷被很多人淡忘，反而在各地的流传中不断添加了神秘主义色彩，也难怪普通民众和贵族会谈之色变（不过，对圣殿骑士团是否秘密崇拜巴风特一事，教皇在调查中一直未有定论，后世有学者认为所谓的巴风特实际是受难的耶稣的变形）。
通过与72位普通骑士的接触，克雷芒倾向于认为他们并未犯下异端罪，不过依然德行有亏。虽不至于被送上火刑柱，但也需要长期地忏悔和苦修来洗刷罪愆。然而他无法对莫莱等几位高阶骑士做出这样的判断，因为法王从中作梗，一直扣押着他们。8月14日，三位主教终于到访了希农城堡，排除了国王爪牙的各种阻挠后，得以与莫莱等五人会晤。理论上，这应该是一场教会的内部调查或审讯，但它进行得是如此秘密，细节我们已不得而知。最终莫莱在他的供述中表示，之前接受审判时的认罪并非是刑讯逼供的结果（很可能是受人诱导，让他以为迅速认罪而非翻供能够早获自由）。他也承认各种亵渎耶稣、十字架的行为，不过辩解说这并非发自肺腑。对于骑士团内同性恋、鸡奸等罪行的指控，他则一概予以否认。其他四位团员的供述与之大同小异。
克雷芒五世收到上述报告后，也相信之前对团长的指控是出于误会，这是骑士团长期在海外与穆斯林交战形成的特殊“训练仪式”，而鸡奸和恶魔崇拜，纯属子虚乌有。但法王菲利普不这么想。本质上，法王对骑士团是否涉及异端并不关切，他关切的是骑士团的金库和宝藏。而菲利普洞悉舆论的力量，早已安排手下的特工鹰犬四处在街头巷尾散步骑士团的种种丑闻，并且已经在民众间掀起来一股股反骑士团的狂热。骑士团已经百口莫辩，而教皇的声音在喧嚣的人潮中显得那般弱小。克雷芒曾经试图在最后关头将圣殿骑士团与医院骑士团合二为一，通过这种方式，保全部分骑士的身家性命。然而法王发出越来越强烈的威胁，而民众严惩骑士团成员的呼声也一浪高过一浪。终于，为了维护教廷的生存，克雷芒选择了弃卒保车。
1310年，在菲利普四世的强力干预下，菲利普·德·马里尼主教开始全权主持审判事宜。这是一位草菅人命的法官，他事先得到法王的授意，利用先前漏洞百出的“证据”和认罪书，将数十名骑士团骨干在巴黎送上了火刑柱。克雷芒五世或许心有愧疚，但选择了隔岸观火。
雅克·德·莫莱被送上火刑柱
菲利浦四世并不满足，他希望彻底瓦解骑士团组织，永绝后患。在他不惜动用武力的威胁下，教皇最终屈服。1312年的维埃纳天主教大公会议，克雷芒五世发布一系列诏书，正式解散了圣殿骑士团，并将它的大部分资产转与医院骑士团。
作为德高望重的骑士团团长雅克·德·莫莱（当时已近70高龄）虽然于酷刑之下违心地认罪，但稍后便推翻了自己的供述，力证清白。与之类似的还有圣殿骑士团诺曼底分会长乔弗里。但法官团驳回了他们的一切上诉，坚持认为其异端行为证据确凿。1314年3月18日，他们双双在巴黎被绑上了火刑柱。据说莫莱在生命的最后时刻仍然保持着威仪，他要求将他的火刑柱正对巴黎圣母院，并将双手捆绑为祈祷的形状。当火焰升起时，他高呼道：教皇与法王并将很快与我同在上帝面前接受仲裁。（准确的遗言是：上帝洞悉一切是非与罪过，很快那些害死我们的人将遭受天谴。）一个月后，克雷芒五世也猝然离世（据说他的遗体曾遭雷击）。而当年年末，法王菲利普四世在一次狩猎中也遭遇意外身亡。
今天遗留在法国境内的圣殿骑士团教堂
剩余的圣殿骑士团幸存者，一部分加入了其他骑士团（如医院骑士团），一部分领到退休金开始与世无争的生活，还有少部分对教皇与法王的恶行耿耿于怀的骑士，投靠了苏格兰国王（当时苏格兰国王被教皇革出教籍）。而在葡萄牙的骑士团则直接更名为基督骑士团。
2001年，在梵蒂冈的秘密资料“希农羊皮纸”的一份拷贝中人们发现（2007年，梵蒂冈正式予以公开出版），骑士团其实是被裁定为“可能悖德，未至异端”。且教宗克雷芒五世早在1308年就豁免了德·莫莱的罪行（文件定稿于1308年8月17日至20日），还包括其他所有被审判的领袖。但这份豁免，德·莫莱没有见到，他不知道，从基督教的本质以及内心深处，教宗克莱蒙五世早已经豁免了他们，但即使这样，克雷芒五世受制于法王腓力四世也不敢在生前公布，他明知骑士团员的冤屈，但却坐视了他们的受刑和殉难。
1307年10月13日星期五，法王美男子菲利普对圣殿骑士团发动的秘密战争，永远地留在了欧洲人的记忆深处，这也是今天通常所说“黑色星期五”的由来。不过这场战争并没有赢家。法王菲利普四世看似剪除了王国劲敌，并获得大量不义之财，但也由此背上了骂名。他一再巧立名目透支国王的信用，令欧洲的银行家们恨不得将他食肉寝皮。在他因神秘意外猝死后，王国逐步走向衰落，不久便被瓦卢瓦王朝取代。而克雷芒五世虽然客观上并不愿做法王的傀儡，但其懦弱的表现还是让教廷威名扫地，从此，教皇长期沦为囚徒，并间接导致了若干年后的天主教教会大分裂（在意大利和法国同时产生两位敌对教皇）。而圣殿骑士团，则以其悲壮和传奇的覆灭，成为了无数歌谣、小说和电影的创作源泉。
,
