明代叶子奇在《草木子》指出，十二种动物被安排是因为形体缺憾。
“术家以十二肖配十二辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无牙、牛无齿、虎无脾、免无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无神、猴无臀、鸡无肾、犬无肠、猪无筋，人则无不足也。”请点击此处输入图片但明代学者朗瑛在《七类修稿》反驳：“庶物岂止十二不全者？”他提出“地支在下”，别阴阳当看足趾数目。鼠前足四爪，偶数为阴，后足五爪，奇数为阳。子时前半部为昨夜之阴，后半部为今日之阳，正好用鼠来象征子。牛、羊、猪蹄分，鸡四爪，再加兔缺唇且四爪、蛇舌分，六者均应合着偶数，属阴，占六地支。虎五爪，龙五爪，猴、狗也五爪，马蹄圆而不分，均为奇数，属阳，连同属阳的鼠，占六地支。
阴阳学说解释生肖排序并非朗瑛创见，宋朝学者洪早在《旸谷漫录》中已有类似观点。朗瑛还将动物性情和阴阳学说相结合，把排序原因具体化：
佛教说
《法苑珠林》引《大集经》：“阎浮提外，四方海中，有十二兽，并是菩萨化导。人道初生，当菩萨住窟，即属此兽护持、得益，故汉地十二辰依此行也”。但佛教于东汉才传入，此说不攻自破。
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