工程签证与工程索赔都是对建设工程施工合同履行过程中发生的变更进行应对和处理的法律手段，系建设工程实践中的行业惯例。从两者的关系看，工程索赔概念的外延比工程签证概念的外延更大，即工程索赔实际上包括工程签证;从另一角度讲，工程索赔是建设工程合同中的一方先行提出索赔报告，经对方审核确认后形成的工程签证，工程签证可以讲也是工程索赔的重要证据之一，因此，二者从整体上看应是联系极为紧密的统一关系，但二者之间又有诸多区别，主要表现为以下几个方面:
两者产生的原因不同工程签证贯穿于施工的全过程，涉及的范围广，是一项政策性、技术性较强的工作，实践中导致工程签证的原因主要包括施工过程中发生的与设计图纸、施工方案、预算项目或工程质量不相符，需要调整工程造价或顺延工期、赔偿损失等形成的书面文件，以备将来出现纠纷时用以解决双方纷争的依据。而导致工程索赔的原因主要包括:发包人违约;承包人违约;第三人原因导致的索赔;合同缺陷导致的索赔;工程变更导致的索赔;非人为因素导致的索赔等。
两者涉及的主体意思表现形式不同工程签证是承包方与发包方协商一致的结果，系双方法律行为，其协商的结果可视为建设工程合同的重要组成部分，签证一旦获得双方认可，其结果对双方具有法律约束力。而工程索赔则是合同中的一方自认为自身合法权益受侵害时理应获得的各种费用、顺延工期、赔偿损失未获得，依法向对方提出应获赔偿的主张。可见，工程索赔系单方行为，而非双方协商一致的结果。
两者是否依赖证据不同因建设工程具有复杂性、不确定性，工程施工过程中会发生不同于原设计、原计划的情况，这种变化系对原合同做出的相对调整，也是常理之中之事，故，双方对此变化做出相应调整并进行书面确认，并不需要相应证据作支撑。而工程索赔之前提系施工过程工程发生变化导致损害结果，双方对此有分歧，对此，必须依赖证据作支撑。
(四)两者涉及的利益是否确定不同因工程签证是对双方认可的行为达成一致的结果，故，工程签证涉及的利益已基本确定，在工程结算时，对于双方认可的签证，均可直接作为计算工程量及工程价款的依据。而工程索赔如前所述，系单方的意愿和主张，需要依赖证据作支撑，索赔款是否能实现取决于司法裁判的认可，是一种典型的期待利益，具有不确定性。
