清朝顺治六年（公元1649年），清王朝为便于控制鄂尔多斯部落，将分而治之，先将该部分为6旗，即鄂尔多斯左翼中旗（郡王旗）、鄂尔多翼前旗（准格尔旗）、鄂尔多斯左翼后旗（达拉特旗）、鄂尔多斯右翼中旗（鄂托克旗）、鄂尔多斯右翼前旗（乌审旗）、鄂尔多斯右翼后旗（杭锦旗）。任命鄂尔多斯济农额璘臣及其亲属为各旗扎萨克（王爷），总理旗务。扎萨克为世袭制。
6旗扎萨克在鄂尔多斯左翼中旗（王爱召）会盟，名为伊克昭盟，额璘臣为第一任盟长。下设副盟长1人，盟务帮办1人，管理全盟事务。盟并无常设机构，由任盟长的各旗扎萨克处理全盟重大事宜。盟长、副盟长由各旗扎克轮流担任。为终身制，但不世袭。
乾隆六年（公元1741年），清廷将鄂尔多斯右翼前旗辖地划出一部分，设鄂尔多斯右翼前末旗（扎萨克旗）。至此，伊克昭盟由7旗组成。7旗均受清廷理藩院（部）直接统辖。理藩院下设6司，由6司分别掌管盟旗的王公封爵、扎萨克会盟、喇嘛承袭、王公朝贡、法律刑律、耕牧贡赋等事务。
7旗以外，在伊盟境内还有一个特殊的行政设置，即看守成吉思汗陵寝承办祭祀的达尔扈特500户。达尔扈特的最高行政长官称济农。相当于一个旗的扎萨克，但其职务和爵位高于旗扎萨克，一般由盟长一级的扎萨克担任达尔扈特济农。初设时，负责成吉思汗陵寝祭祀，并有管辖其部落的权力。后专管陵寝祭奠事宜。清朝光绪三十年（公元1904年），济农改由伊克昭盟长兼任，成了既是统辖伊克昭盟的实权官职，又是负责成吉思汗陵寝祭奠荣誉职务，济农以下设正达尔古1人、副达尔古1人，协助济农管理整个达尔扈特特部。正、副达尔古以下设大达玛勒6人，小达玛勒18人。18个小达玛勒平均分属8个大达玛勒统辖。
除此之外，归缓城将军，陕西省神木县理事司员、陕西省神木县查旗、肃省宁夏府理事司员、甘肃省宁夏查旗，杀虎口管站司员等6个权力机对鄂尔参斯7旗行使行政职权。
归绥城将军全面统辖包括鄂尔多斯在内的归绥道的政治、军事和行政。陕西省神木县理事司员，负责处理伊克昭盟郡王旗、扎萨克旗、乌审旗、杭锦旗、准格尔旗、达拉特旗境内蒙汉间需要交涉的各种事件；甘肃省宁夏府理员，负责处理鄂托克旗境内发生的蒙汉交涉事件。两处各设司员1人，每年到6旗巡视一次，检查私人放垦和私人组织军队等情况。司员人选每3年更换一次。
杀虎口管站设司员1人，笔帖式1人。管理从杀虎口经鄂尔多斯通往宁夏沿途12个驿站的各项事务，其中6个驿站在伊克昭盟境内，管站司员3年调换一次。
清光绪二十三年（公元1907年），清廷依绥远将军贻谷所奏，实行“旗厅并存”体制，在伊克昭盟境内板素壕设东胜厅，派遣抚民理事通判1人，他官吏著干名，管辖郡王旗东部地区内的汉族居民。东胜厅属归绥道统辖。其它7旗境内汉民，由就近的厅县分管，准格尔旗南部汉民归陕西省府谷县管，北部归山西省偏关、河曲等县管辖；郡王旗东部汉民属府谷县管理，西部归神木县分管；扎萨克旗境内汉民均属神木县管辖；乌审旗境内伙盘地及扎萨克旗交界处汉民，由神木县分管，其余归榆林、怀远、靖边各县分管；鄂托克旗汉民归定边、宁夏平罗等县管辖；杭锦旗、达拉特旗汉民均归山西省萨拉齐厅分管。
民国元年（公元1912年），中华民国临时大总统袁世凯宣布，清廷对待蒙古实行的种种政策继续生效。鄂尔多斯地区的盟旗制度仍继续实行。废除理藩院，设蒙藏事务局（1914年改为蒙藏院）管理各盟旗。民国23年（公元1934年）始，伊克昭盟归属蒙古自治政务委员会统辖。民国25年（公元1936年），又改属绥境蒙政会。同时受绥境蒙旗地方自治指导长官公署管辖。
抗日战争爆发后，国民政府在达拉特旗耳字壕设立了“绥远省达拉特战时民众组织训练处”，下设相当于蒙旗参领区的行政区。之后，在杭锦旗、鄂托克旗交界处设桃力民办事处，在鄂托克旗西部置沃野设治局，在今伊金霍洛旗纳林希里一带设通格朗区。其中东胜县（原东胜厅）、达拉特旗组训和桃力民办事处，归绥远省第三区行政督察专员公署管辖。在伊克昭盟地区形成了公署、专员公署并列，旗与县并存的行政格局。
蒙古王公
最早伊克昭盟地图
七旗会盟共商大事
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