1967年1月31日，王祖贤生于台湾省台北市。她和张曼玉、钟楚红、关之琳被誉为香港电影黄金时期“四大花旦”，有“东方的波姬小丝”之称。
1982年，外形出众的王祖贤被挖掘拍摄了第一支阿迪达斯球鞋广告，之后进入台北国光剧艺实验学校一年多的学习。
1984年，王祖贤首次主演电影《今年的湖畔会很冷》，其后签约邵氏电影公司到香港发展。1987年，凭借电影《倩女幽魂》中聂小倩一角提名香港电影金像奖最佳女主角。
王祖贤在之后的电影里，多以妖和鬼的形象深入人心。1989年9月上映的《潘金莲之前世今生》是一部独特的穿越佳作，影片延续了小说妖艳诡异的风格。1993年，她拍摄《青蛇》等七部徐克操刀的影片。
《青蛇》里王祖贤蝴蝶发饰的扮相很别致，她与许仙等人物的对白上使用京剧唱腔，一笑一颦皆动人。王祖贤的古典美为影片加分不少，她演出了千年蛇妖的轻灵妖媚，性感多情。
2001年，杨凡导演邀请王祖贤主演了电影《游园惊梦》，这是部30年代江南文化背景的电影与著名昆剧《牡丹亭》深深融合。
剧中王祖贤有双重反串的戏份——女扮男装饰演的《牡丹亭》中的多情公子柳梦梅，和现实中有几分男儿气概的民国女教师荣兰。她在镜头里亦真亦幻、如梦如烟，给影迷留下了珍贵的记忆。
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