历史上的土司制度源于元，完善于明，衰落于清，新中国成立后彻底消亡。云南则较为特殊，最后的土司家族——车里宣慰司刀氏土司，也称“傣王”，最后废止的时间是1956年，1950年西双版纳和平解放，1956年，西双版纳傣族自治州实行和平协商土地改革，废除了封建领主制度，车里宣慰司退出历史舞台，这也标志着最后的土司家族在历史舞台上消失。
土司制度的建立是封建中央王朝统治地方的特殊性手段，其作用和意义对巩固中央王朝统治和开发治理边疆有积极作用，也是统治者极力维护中华民族疆域和版图的影响深远而又有显著作用的方式。
土司制度产生之前，中央王朝对地方的统治方式主要以羁縻为主，所谓“羁糜”就是中央王朝让边疆地区的民族和部落首领或已是统治一方疆域的部落首领对其低头，像马一样，唯中央王朝马首是瞻，而中央王朝则给予这些首领等封授官职以及称号，形成臣属关系，继续以本部势力统治本土疆域，达到“以夷制夷”的效果。
就云南而言，中央王朝对滇的羁縻统治开始时间大概在西汉中期，从司马迁《史记·西南夷列传》的记载中可知，当时西南地区的部落族群众多，每个族群都有首领，其中以“滇”为最大, 统治者被称为“滇王”。在公元前109年(元封二年)，西汉王朝发兵击劳浸、靡莫，后“以兵临滇”，迫使“滇王降汉”。 随后，西汉王朝设置了益州郡，赐“滇王金印”，令其仍为“长帅”，继续为西汉王朝治理西南地区，这是羁縻统治在云南的发端。在历经魏晋南北朝、隋唐、五代和宋之后，羁縻统治的方式开始发生改变，这与元朝的统治和职官体系密不可分。
元初蒙古军队攻陷大理国，设大元帅，统十九万户府，设千户、百户，具时所谓万夫长、千夫长、百夫长，其实大多冠以土职，即以部族土长而任之。后设云南行省，在万户、千户、百户、统帅之基础上，置路、府、州、县，所有总管、知府、知州、知县也都是土职。也就是说，从元朝开始，鉴于元朝统治所面临的一大困境，即其疆域甚广，蒙古贵族和统治阶级力量薄弱，而对于疆域有着极大渴望的蒙古族而言，这无疑是致命的，因此只有攻之一地，掠之一城之后，沿用原制达到统治的目的。
因此，元朝在统一整片中原大陆，建都大都，沿汉制称帝于元大都后，便在各地建立行省，并设置了宣慰、宣抚、安抚、长官等各司，但我们要清楚的是，元朝设置的这些职司并不只是云南民族地区，而是全国各地。
《云南通志·土司志》载：“滇之土官，肇于元而盛于明，清代固之。”又《云南通志•土司志》记载，元代土司有数十家，此见于记录可考者，非仅有此数十家也。元朝攻占大理国之前，对于大理国而言，客观而言，尽管高氏将政权还于段氏，后期段氏也做了很多有利于发展的事，如段和誉极力交好宋朝，但是由于南宋后期积贫积弱，奸臣横行，大理国纵有雄心结盟南宋，在强大的蒙古面前，已经是不能扭转战局了。因此，可以知晓的是，元攻占大理国后，由此也出现了诸多极其复杂的政治势力，因而形成的土官就很多。又《云南通志•职官志》载，在元代，府、州、县官吏，土流参设，或土官掌印，流官佐貮；或流官掌印，土官佐貮。惟其制度不详，其事迹亦多不获考也。也就是说，在改土归流之前，“土流合治”的方式已经开始。到了明代，宣慰、宣抚、安抚和长官等司，与元朝的建制便不同了，这些司职完全成为专设在少数民族地区的统治机构，这些职官称谓，也成为只适用于少数民族地区统治一方的首领的一方的土酋身上。至此，可以说真正土司制度已经形成体系，且达到鼎盛时期。
土司制度的除授土司制度的建立，也伴随着一系列的授职、袭职和革除体系。土司土官的授职，会由中央王朝颁发给信符、勘合、批文、底簿、朱牌，除此之外，还有诰命、印章、冠带等，如《土官底簿》孟良府曰：“永乐三年七月刀哀做知府，与他沙帽、金带、诰命、印信。”
明代金质信符
勘合
明代皇帝批文——此图不是土司土官的袭职批文
诰命（清朝）
清代土司印章——唐崖长官司印
- 授职
《明会要》卷四十二：“洪武七年，西南夷诸蛮夷朝贡，多因元官授之，稍与约束，定征徭差发之法。”毛奇龄《蛮司合志序》：“洪武初年，凡西南夷来归者，即用原官授之，而稽其土官士兵及赋税差役驻防守御之制；但定铨选，不立征调。”也就是说，在明朝派傅友德和沐英南征云南之后，在前期元朝统治体系下的土官先后投降，如何处置投降的土官？只有授其原职，继续为明朝服务。但也有被革除的，比如《明史•土司传》记载：“洪武十五年，蓝玉沐英攻大理，拔其城，酋长段世就擒，世与明皆段宝子也。至京师，赐长子名归仁，授永昌卫镇抚，次子名归义，授雁门镇抚”，不令其袭大理总管职。有调遣的，如《土官底簿》：“董赐，前安宁州世袭土知州，洪武十四年投赴，十六年备马赴京朝贡，十七年正月授鹤庆军民府世袭土知府节。”有升职的，如《土官底簿》：“左禾，大理府蒙化州罗罗人，系本州火头，洪武十五年大军克服，仍充摩牙等村火头，十六年正月投首复业，总兵官拟充蒙化州判官，十七年实授，永乐三年二月升做知州。”有降职的，如《土官底簿》：“高政，由前元祖父授威楚开南等路军民总管，洪武十五年归附，十六年总兵官拟任本府同知，十七年实授。”
总之，在明朝建立之后，虽然土官在元朝已经初具雏形，但是很多复杂的情况也就产生，而且尽管元朝的跨度很短，但是土官已经根深蒂固，很难在新政权建立之时，重新处理这样的尴尬问题。故而明朝统治者似乎找不到更适宜的方法来对边疆地区的少数民族进行统治，因此袭用土官来治理。
- 供职
土司供职主要是三个方面，一是土司必须负责治理好边疆，保卫边疆，简而言之就是戍边；二是要对中央王朝缴纳贡税，也就是纳贡；三是土司管辖区域，在中央需要战事用人时或者是其他的情况是，需要提供兵役。
- 袭职
袭职时土司制度中涉及权利纷争的问题，时代承袭的制度也因此产生很多矛盾，因此土司承袭需要得到中央王朝的认可，无论交通和土司家族自身势力强弱，都要到中央王朝进行承袭请示。承袭限定亲属，分别嫡庶旁支，防止冒袭，故请袭时，所必具者：一为宗图，二为结状。所谓宗图，即应袭人开列其职名，亲供身份住址，所管地方人口，及自师祖以来袭职事迹，官府查对底簿号纸，以为考核凭据。所谓结状，则与承袭有关部门，出具保结文书。
土司制度的虽然说是统治阶级为了实现自身的统治目标而建立起来的，这显然是最为根本的利益，是趋于利益性的手段，统治阶级不仅能够从土司手上获取相应的贡税和兵役，以及他们能够更好的处理边疆的政治和军事问题，而且实行土司制度能够很大程度上能够更好的发展边疆地区的政治和经济，便利中原地区和边疆地区的互通有无，并且在版图和疆域的问题上，实行土司制度，让少数民族活动和生活的地区的在归入中央王朝统治的同时，能够更好的保障了疆域的稳定和安全。
改土归流前文提到，元朝在建立土司制度时，并不是只用土官，而是土流结合，但是在明、清两朝，尤其是清朝，便大规模地废除土司，实行流官统治。施行土司制度的初期，由于与王朝和内地联系的加强，汉族先进经济文化的影响，对于少数民族地区的社会生产发展曾经起过有益的作用。但是土司制度是一种特殊的地方政权形式，它具有较强的割据性，土司地区的武装力量也不容小觑，因此常常发生土司与中央王朝发生摩擦甚至械斗的恶性后果。而且在赋税和其他方面，就会产生土官和流官之间的矛盾，土司倚靠自身的势力对赋税心生贪念、以及土司之间为其自身势力而发生械斗等等问题。使得改土归流的上演。实行改土归流，明、清王朝的主观目的，还是为了加强自己在这些地区的统治, 增加赋税收入，剥削边疆地区的劳苦民众。但在客观方面，取消了土司的野蛮残酷统治，打破了土司领地的疆界隔绝，各族人民之间的往来增多，促进了各族特别是与汉族先进经济文化的交流，这 些是有利 于各少数民族的社会经济文化发展的。
土司制度是中央王朝对地方进行统治和剥削的一种制度，在当时的环境和背景下，土司制度的存在有其自身的价值和意义。如果说没有土司制度的建立，那么，统治阶级会为了自身的利益而实行什么措施不得而知。如果没有土司制度，中央王朝采取的措施或许就是战争。第一，这不利于团结和统治地方；第二，战争的危害性过大，且劳民伤财，发动战争也就意味着与地方势力彻底撕破脸皮，这在一定程度上来说会加大中央与地方的矛盾，不利于中央统治地方；第三，就今天的中华民族而言，土司制度的建立，在很大程度上推动了民族融合和团结，保护了国家的领土；第四，正因为有了土司制度，更多少数民族的文化也才得以更好的保护和传承，如果中央王朝的战火燃遍了边疆少数民族地区，那么或许今天很多的民族风俗将在清以前就会消亡殆尽。
其实“存在即合理”的观点要说唯心，其实也是现实，任何事物的存在皆有其两面性。在看待历史发展过程中，辩证的看待和评论显然更加重要。
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