在敦煌莫高窟，保存着古代无数不知姓氏艺术家的手绘珍品，本动画片所讲述的，是其中一个古老而优美的故事画赞。
《九色鹿》这部动画是上海美术电影制片厂于1981年出品的，一部非常漂亮的水墨动画，获水墨动画片制作工艺国家文化科学技术一等奖。当时主创人员沿丝绸之路，向西而行去往敦煌，取材精美的敦煌莫高窟壁画《鹿王本生》。
遥远的古代，在荒芜一人的戈壁滩上，一支波斯商队突遇沙尘暴袭击，迷路的商人们生命危在旦夕，危难之际，远处出现一点亮光，由远及近，一只神态庄严，散发七彩光芒的九色神鹿来到众人面前，只见神鹿跺跺脚，高山马上分开移向两边，一条宽敞大道展现出来，商队有了方向得以向目的地进发。
救下商队的九色鹿又在森林中发现一群冻僵的小动物，她用体温给他们取暖，将小动物们救活，随后九色鹿又在河中救出了掉落的蜂巢，并为蜜蜂复苏了枯萎的花儿，让蜜蜂有蜜吃，还将高高挂枝头的果子衔给小动物们吃。九色鹿用自己高于常人的能力，来帮助弱小的生命，获得了大家的尊敬。
一天，黄莺提醒九色鹿：“你救了那些波斯商人，这事儿要是被他们传出去了你就大祸临头了。”但九色鹿心地善良，她也相信人心善良，还是一如既往的救助危难之际的人类。
这天，一名穷困的弄蛇人，为了赚钱来到九色鹿栖息的山林采药，抓蛇。看到湖中肥美的鱼儿，咽着口水想要抓鱼吃，不慎落水。九色鹿听见有人呼救，不顾黄莺阻拦毫不犹豫的冲过去。
九色鹿用神力将河水分开中间出现一条道路将弄蛇人救了上来。被救上来的弄蛇人对天发誓绝不将遇见九色鹿的事告诉他人，九色鹿听信了弄蛇人的承诺，消失在山林之中。
波斯商人来到皇宫，受到国王接见并与国王谈起在沙漠中被九色鹿救命的神奇际遇，王后听到此事，对拥有九色鹿美丽皮毛满是遐想，对皇宫中奇珍异宝都没了兴趣，还做了一个穿上九色鹿皮毛做衣裳的美梦，国王劝说：“吉祥之物不能伤害。”可抵不过皇后无理取闹，国王只能让人张贴告示：捕到九色鹿者，官封一县，金银满斗。
弄蛇人看到布告后顿时财迷心窍，心想：“九色鹿呀，九色鹿，你已救我一次，何妨再救我一次？用你的性命换我一生荣华富贵！”恶念使弄蛇人皮肤由黄变黑，正如他的心由红变黑一样。
撕下公告的弄蛇人被带回皇宫，他告诉国王九色鹿的消息，皇宫的军队进攻森林，可是没在之前落水的地方寻得九色鹿，此时黄莺焦急的向九色鹿报信劝她快跑。
弄蛇人假装落水大呼小叫，九色鹿仍不顾黄莺劝说赶去相救，却被埋伏的军队团团包围，万箭齐发，可是九色鹿身上散发强光，利箭也伤不了她。
九色鹿当着国王和军队的面揭露弄蛇人违背诺言，忘恩负义的丑恶行为，弄蛇人胆战心惊不慎跌入深潭当场去世得到了应有的报应。
神鹿散发着七彩之光告诉众人：生命诚可贵但卑鄙与邪恶之人终将会受到惩罚。士兵们羞红了脸都低下了头，九色鹿再次归隐山林。
我来人间降吉祥， 我回仙山去远荡。缥缈彩云间， 蓬莱是家乡。
