石河子大学是一所综合性大学，也有医学院，而且医学院最初建校同军队关联很大，这些同第四军医大学的成长非常相似。但是石河子大学隶属于新疆生产建设兵团，其实同军方的渊源颇深，从这一点上来讲，他同第四军医大学也颇为相似。区别就在于两所大学本身性质不同，第四军医大学是军事院校；而石河子大学则归入地方院校。
石河子大学隶属于新疆生产建设兵团，而新疆生产建设兵团受新疆政府和中央政府双重领导，属于准军事化实体，拥有党、政、军、企四套班子，而且沿用兵团、师、团、连的部队建制，各级领导也以司令、师长、团长、连长称谓。就是因为这个原因，石河子大学不同于普通地方院校，他主要是为了培养建设新疆生产建设兵团人才而成立的高校。建校目的同第四军医大学略有差别。
新疆生产建设兵团的作用是“屯垦戍边”，所以石河子大学的教研也以此为主，因此其在农业工程、畜牧、兽医、农林经济方面实力较强，这些都是“屯垦戍边”基本需求。而兵团本身又有四套班子，人员众多，因此师范、医学就显得极为重要了，这些也是石河子大学主要教研方向，毕竟这关系到兵团的健康发展，所以在基础医学、临床医学、教育学等方面的实力也还不错。
第四军医大学创建于1941年，距今已经有近80年历史了，其中他合并了第五军医大学，使得自身实力大增，是军内医学高校中实力派，在口腔医学、临床医学、航空航天医学方面实力极强，相对全国范围内高校来讲，第四军医大学都属于一线医科大学。从学校规模上来讲，石河子大学很显然规模更大，毕竟他是综合性大学，而第四军医大学属于专类高校。
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