1798年4月12日，法国东方军团成立，拿破仑出任司令。
督政府给予拿破仑极高的待遇，让他自己挑选军队、将领，并可以自行委派官职。
拿破仑挑选了贝尔蒂埃、缪拉、朱诺、拉纳等一票在之前意大利战役中表现突出的人员，还在军中安置了约瑟芬前夫的儿子欧仁·博阿尔内、他的弟弟路易·波拿巴等一些亲戚。
同时，因为远征的目的地是四大文明古国之一，拿破仑还带走了一支由167位科学、技术和文化专家所组成的考察团。
拿破仑将东方军团整编为5个师，合计25000名步兵、3000名骑兵和100门火炮。
在拿破仑临行前，督政府给拿破仑下达了此战的任务：1、占领埃及；2、驱逐英国在中东的势力；3、摧毁英国在红海沿岸的商业基地；4、避免与奥斯曼土耳其开战。
如果拿破仑有25万人并有一支与英国海军旗鼓相当的舰队，完成这个任务或许不难；但是现实是残酷的，拿破仑只有2.8万人，法国海军在自己家的港口启航都要偷偷摸摸，更不用说与英国人海上决战了。如此劳师远征，要完成督政府的任务简直是天方夜谭。
1798年5月4日，拿破仑离开了巴黎；5月8日的晚上，拿破仑一行的马车抵达土伦；5月10日，法军开始分批装船；5月19日晨，远征舰队由土伦扬帆出航。
在出发前，因为约瑟芬的不忠，拿破仑坚决拒绝了她随军远征的要求。在礼节性的拥抱后，约瑟芬非常窘迫而无奈地下了船。
这支远征舰队由300余艘舰只组成，其中战列舰13艘，三桅风帆战舰42艘，他们护送着130艘运输船，共装载着30000余名法军远征军。
这支舰队先驶向热亚纳，在那里汇集了来自北意大利和科西嘉岛的军队，使总人数达到54000人。随后舰队直奔马耳他岛，巧妙躲过了英国舰队的追击。
在马耳他，法军的登岸请求遭到了守军的刁难，拿破仑随即命令法军强行登岸，随即占领全岛。拿破仑随即宣布，马耳他岛为法国领土，自由、平等将降临这片土地。然后法军就开始在全岛开始他们例行的接收狂欢。法军从当地“征用”了大量的食物、蔬菜、马匹和草料，甚至连当地特产马耳他绵羊也装上了400只。
6月19日，法国舰队离开该岛，同时留下4000名法军据守马耳他，以确保地中海法军的航运能够畅通无阻。
7月1日6：00，法军在埃及登陆。由于风浪太大和准备不足，法军在登陆过程中损失了不少兵力。
7月1日11：00，法军2500人登陆马拉布特海滩。但是由于天气恶劣，法军的大型物资无法卸船登岸。
拿破仑心里清楚，要想将马匹和大炮卸船，必须要占领一个专业港口，而全埃及最专业的港口，就是亚历山大港。
这里要先说明一下，在今后的叙述中，我会反复提到“马穆鲁克”这个词。这个马穆鲁克既不是国家也不是民族，而是一群人，类似“哥萨克”。
马穆鲁克最初是作为雇佣军的角色登上历史舞台的，他们中有突厥人、高加索人、波斯人、阿拉伯人等等，他们因为各种各样的原因走投无路，聚集在中亚、西亚的广袤沙漠草原上，成为一支强大的军事力量，先后受雇于波斯、阿拉伯。
后来在对抗欧洲十字军东征的战斗中，马穆鲁克集团表现突出，被任命为埃及的统治者，建立了马穆鲁克王朝，延续了300多年。在此期间，马穆鲁克骑兵还曾击败蒙古骑兵，遏制了伊尔汗国的西侵。
之后，奥斯曼帝国崛起，灭掉了马穆鲁克王朝，在埃及建立了埃及行省。但是新的外来统治者为了加强在埃及的统治，又扶植了一批新的马穆鲁克贵族。而他们的武装，仍沿用古老的称号，称为马穆鲁克骑兵。
7月1日晚些时分，拿破仑本人不顾风浪，乘坐小艇强行登陆。
7月2日凌晨1：00，拿破仑率已登陆的5000名法军向亚历山大港进发。
此时法军登陆的消息已经传到了亚历山大，当地官员派出军队沿途拦截。当天拂晓，双方展开了一场混战。拿破仑并没有恋战，他留下少数部队与埃及军队周旋，自己则率军疾行，向亚历山大挺进。
7月2日12：00，拿破仑到达亚历山大，法军随即展开进攻，由于城内守军多已派出，兵力空虚，拿破仑以伤亡300人的代价占领了亚历山大港。
在接下来的一周里，东方军团全部的军队、物资通过亚历山大港登陆。
占领亚历山大后，拿破仑发布一系列十分狡猾的法令。
先是宣称法军是“真穆斯林”，是埃及人民的解放者，法军在欧洲已经打倒了挑拨基督徒和穆斯林战争的基督教教皇，穆斯林和基督徒不再是敌人；又宣称马穆鲁克贵族是假穆斯林，是压迫埃及人民的罪魁祸首。
然后要求法军经过的村庄时，当地村落的酋长和阿訇都应派人向法军表示归顺，逮捕当地的马穆鲁克贵族，查封他们的财产。如果不这么做，法军将剿灭这些村落。
最后，为了表达自己的善意，他对法军下令，抢劫和强奸妇女的法兵将被枪决。这是拿破仑领兵以来第一次对手下下达类似的命令。
经过以上措施，亚历山大港的局势暂时稳定，拿破仑开始着手进行下一步的行动，他的目标是埃及。
埃及位于亚历山大港的东南方向，有水、陆两条路线。水路需沿尼罗河的西面支流逆流而上，较为便利；陆路则要穿越茫茫沙漠，十分难行。
拿破仑命克莱贝尔率9000人留守亚历山，杜高率一个师由水路进发，佩里上校指挥的炮舰负责护航；他自己率3个师抄近路，穿越长达60公里的沙漠，占领拉曼尼亚。
由于从未在沙漠中行军作战，法军的准备十分不足，特别是淡水。大军行进不久，全军就陷入缺水的状态，很多士兵因为中暑和缺水而掉队。而在沿途，当地土著领主的一队队面着白纱、手执弯刀的阿拉伯骑兵不断骚扰，他们专挑掉队、落单的法军士兵下手。所以，法军士兵为了避免落单强行跟队，不少人力竭而死。
在这种情况下，法军士气十分低落。拿破仑只用了几个小举动，就挽救了饥渴难耐的法军。
他最先做的是他也不喝水。从法军开始缺水时，拿破仑就走到军队中间，士兵没水喝，他自己也不喝；然后他向全体士兵保证，攻陷开罗后，每个士兵都将分到六英亩土地；最后，他自己也跟随大部队步行前进，在队伍中，他熟练的喊出某个中士、某个少尉的名字，并与他们亲切攀谈。
在以上举措后，法军濒临崩溃的士气有所上升，士兵们忍着强烈的口渴，坚持完成了这长达60公里的沙漠行军。
3天后，法军到达拉曼尼亚，尽管一路艰辛，拿破仑仍然认为，必须立即向埃及进军。而在埃及等着他们的，是整装待发的马穆鲁克骑兵。
这个名字在中东地区流传了超过500年，令人闻风丧胆，就连蒙古骑兵都曾败给他们，现在，轮到拿破仑的近代军队了。
对于此战，拿破仑是有准备的，他准备用欧洲传统克制骑兵冲击的战法，方阵。
7月12日6：00，双方在舒卜拉基特遭遇。
拿破仑将法军五个师排成五个方阵，每个方阵有六列，在方阵的四角都配备有火炮，五个方阵成梯次配置，从前方看去，就像一个巨大的三角形。左后方是杜高师，他们紧挨尼罗河，以方便与法军船队联系，即使失败，也可以通过水路撤走。
马穆鲁克骑兵属于重装骑兵，有铁质头盔和覆盖全身的鳞甲，在盔甲外披着白袍。他们的主要武器是弯刀和长矛，主要靠冲击力杀伤敌人。打起仗来反复冲击对方阵型，冲散了就各个砍杀。
双方交战之初，马穆鲁克骑兵先发起试探性攻击，他们派出小股部队向法军侧翼迂回，但是这种小规模的冲锋无法撼动法军的阵型，法军转向十分迅速，骑兵一靠近就发射子弹和葡萄弹，马穆鲁克骑兵的初期试探性攻击失败。
随后，马穆鲁克骑兵开始集体冲锋，他们这次突击的方向是法军正面，这时，拿破仑的阵型优势开始体现。拿破仑布置的是一个巨大的三角形阵势，后排的方阵都有向前的射界。对方骑兵开始冲锋，首先进入射程的最前方的方阵，他们射一轮；随后是三角形后方的两个方阵，他们再射一轮，然后剩下的骑兵就等着被刺刀插成刺猬。
马穆鲁克骑兵的冲击失败，拿破仑随即命令法军骑兵从侧后方杀出，冲击对方，马穆鲁克骑兵一看势头不妙，掉头就跑。
虽然陆上战役很顺利，但是沿尼罗河进军的法军船队却遇到了麻烦，被埃及7艘炮艇围困，危急时刻，法军护航炮舰一炮击中对方旗舰上的弹药库，敌军大乱，这才化险为夷。
这个意外着实让拿破仑惊出了一身冷汗，他心疼的倒不是别的什么，关键是船上有他带来的一百多名各种学者，这在他眼里比黄金还要珍贵。
舒卜拉基特交锋结束后，拿破仑继续北上，7月21日凌晨，拿破仑到达了金字塔群。
金字塔群位于开罗南侧，距埃及只有不到20公里。埃及军队早已在此列阵，此战的阵势比上次大得多，埃及人共集结了17000人，步兵12000人，他们挖掘堑壕，在他们后方，布置了40门火炮。骑兵5000人，布置在侧翼。
通过前一次交战，拿破仑敏锐的发现了埃及军队的一些弱点。骑兵单兵防护很好（之前的战役马穆鲁克骑兵只死了300人），但是阵型松散，组织性不强，大家各冲各的；埃及军队的火炮落后，射程近，杀伤面积小；步兵沿一线布阵，突破一点，全线皆乱。
针对以上弱点，拿破仑还是老套路，结成人肉方阵，缓慢前进，火炮压制，骑兵侧翼冲击。
7月21日2：00，双方开打，马穆鲁克骑兵照例冲锋，法军照例联系排枪，发射葡萄弹，对方骑兵一排一排的倒，后面的步兵一看骑兵打成这样，开始后撤，溃不成军，当天下午，法军开进开罗。
拿破仑占领埃及后，照例开始了他的怀柔政策，他走进清真寺，认真阅读古兰经，到处宣传法国人是穆斯林的朋友，开罗的局势渐渐稳定。当然，反叛者也不少，拿破仑照例是强力镇压，格杀勿论。
但是好景不长，正当拿破仑为征服埃及欣喜万分时，拿破仑得到了一个惊人的消息，他在亚历山大港的东方舰队被英国海军统帅纳尔逊消灭了。
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