前言：宝可梦中还存在幻影宝可梦？这里说的幻影宝可梦，可不是指梦幻、阿尔宙斯这类幻兽，而是指在宝可梦特别篇《战栗的幻影宝可梦》中登场的人造宝可梦。这些人造宝可梦究竟是什么样的存在呢，它们又会和小智之间发生什么样的故事呢？
故事开始，著名的宝可梦研究专家杨古博士因研发出了一套宝可梦对战系统，而邀请小智、小遥、小刚三人组来到他的研究所，对他的对战系统进行挑战。而当小智一行人来到研究所时，发现小霞和大木博士也受邀来到了这里。
原来这套系统就是杨古博士研发出来的幻影系统，它的特点是能够搜集宝可梦的数据，将宝可梦“复制”出来，而被复制出来的宝可梦就称作“幻影宝可梦”。也因此，许多远古时期已经灭亡的宝可梦也以“幻影宝可梦”的形式再次出现在了人间。
这个套路是不是看起来有些眼熟？没错，在《超梦的逆袭》里，也出现过复制宝可梦的桥段，看来官方十分喜欢这个梗。然而，相比于之前单纯的复制，官方这次对幻影宝可梦的设定进行了升级，那就是只要输入数据，那么幻影宝可梦就能学会原本并不能学会的技能，这确实非常Bug，宝可梦之间本来存在属性相克，试想，如果一只火系宝可梦学会了电系绝招，那水系宝可梦还怎么能够克制它？
接下来，小霞率先与幻影宝可梦进行了对战，但不出意外地败下阵来。正当小智要上场时，杨古博士突然化身大反派，他化妆成“幻影主谋者”，抓走了皮卡丘，并以皮卡丘为威胁，胁迫大木博士交出了研究多年的数据库，并顺带黑掉了空木博士、小田卷博士等多名学者的数据，企图制造出一只最强的幻影宝可梦。
在这么多数据的加持下，幻影超梦诞生了。原来，杨古博士的幻影宝可梦理论一直不被外界承认，气急败坏的杨古博士为了报复，走上了邪路，还企图扩大幻影领域的范围，统治整个世界。
幻影超梦诞生后，杨古博士又召唤出了幻影炎帝、幻影闪电鸟和幻影急冻鸟三只二级神兽，主角团这边大木博士派出了快龙，小智派出了皮卡丘，小霞派出了暴鲤龙，这阵容若是放在平时已经非常豪华了，但现在又哪是幻影神兽团的对手。
宝可梦打不过对方，于是大木博士开始跟对方讲道理，试图从道义上谴责对方。大木博士义正言辞地告诉杨古博士，幻影宝可梦理论从始至终都是错误的，这是对宝可梦极大地不尊重。果不其然，这彻底激怒了杨古博士，情况变得更加糟糕了。
彻底被激怒的杨古博士将所有幻影宝可梦的数据全部输入了超梦体内，也就是说，现在的超梦就是整个幻影系统。就在超梦要对小智等人下手时，幻影梦幻突然出现了。原来，这只幻影梦幻被杨古博士认为是最失败的作品，很早就被抛弃了，在之前的战斗中更是被超梦打成了一堆数据。
然而，不知道为什么，梦幻再度以数据的形式复活了。再度现身的梦幻来到了超梦身后，凭借自己的力量定住了超梦，并且呼唤小智对超梦进行攻击，它要与超梦同归于尽。
迫于形势，小智一边不忍心，一边指挥皮卡丘对超梦发起了最后的攻击。在皮卡丘的伏特攻击下，超梦和梦幻同时消失了，而幻影系统也随之土崩瓦解。
为什么梦幻最后能以数据的形式再度出现？因为这只梦幻虽然是被制造出来的幻影宝可梦，但它却能独立思考，拥有自己真正的意识，这才是宝可梦的真谛。而杨古博士只想利用宝可梦的力量，却拒绝赋予宝可梦灵魂，这样制造出来的宝可梦只是一个战斗工具罢了，也难怪外界一直不承认杨古博士的研究，甚至把他赶出了宝可梦研究协会，让这样的人继续研究下去简直太危险了，毕竟，单纯的坏人并不可怕，有文化的坏人才是最恐怖的。
另一方面，其实杨古博士也是一个可怜人，他本是一个专注于研究的学者，但苦于自己的研究成果不被外界承认，内心苦闷又缺乏相应的引导，最终才走上了歧途。这种人内心其实非常简单，占领世界其实对他没有任何意义，他只是想通过占领世界来向曾经否定他的人证明，他的理论是正确的。可惜幻影系统本来是一个可以改变世界的研究，但最终却被其发明者亲手埋葬。
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