独孤九剑和葵花宝典是《笑傲江湖》当中最为开挂的两门武功。而这两门武功，恰恰有着正邪之分，独孤九剑代表正派，而葵花宝典代表邪派。所以，正邪之战也就自然而然的有了对比。
如果说，东方不败是凭借葵花宝典成为天下第一的，就连风清扬也不可能是他对手，那么，为什么大家又会一致认为，独孤九剑完胜于葵花宝典？
比较武学的高低，并不能只看这门武功最大化的效果。
因为到了绝顶高手手中，飞花摘叶也能伤人，但是，不能说飞花摘叶比神兵利器更强大。武功的意义，一是能够让武者通过修炼这门武功，把自己的功力提高到极高的程度；二是不设定过高的障碍，让其修炼难度过大；其三，就是这门武功的推广程度，一般来说真正的有传承意义的武学，才经得起时间考验，能成为经典武学，比如易筋经，比如降龙十八掌。
我们先来看葵花宝典。
葵花宝典，相传为三百多年前一个前朝太监所创的，所以“欲练此功，必须自宫。”虽然在原著当中，没有说明这么一个大高手，为什么要入宫做太监，但是，从剧情上推断，这个人是先成为武学高手而后才做太监的。而葵花宝典，本就是这名高手为了太监这个特殊的群体，所量身定制的。
这名高手太监，显然是因为特殊原因才入宫成为太监的，事先不可能未卜先知，所以，葵花宝典必然是他入宫之后才创制的。也就是说，葵花宝典实际上还不能体现出这名“前朝太监”的全部实力，而且此人创制葵花宝典的初衷，也就是教给太监们修炼，而不是流出宫，让其他的武林人自宫修炼。
葵花宝典在创制出来之后，三百多年，一直没有人可以练成，其实，说明了整个江湖进入武学末世，也就是说，江湖的武学，水平大幅下降。所以，葵花宝典虽然并不是上个时代最高武学水准，但依然无人练成。
原文道：
……至于宝典中所载的武功，却精深之极，三百余年来，始终没一人能据书练成。百余年前，这部宝典为福建泉州少林寺下院所得。其时泉州少林寺方丈红叶禅师，乃是一位大智大慧的了不起人物，依照他老人家的武功悟性，该当练成宝典上所载武功才是。但据他老人家的弟子说道，红叶禅师并未练成。”
后来，渡元和尚也就是林远图，得到了这部著作的残本。再之后，残本分成了辟邪剑谱和葵花宝典两部分。葵花宝典，实际上只有日月神教教主东方不败练成了。而辟邪剑谱，至少有林平之和君子剑岳不群练成。
葵花宝典给人留下的最深刻印象就是速度极快：
这当世三大高手联手出战，势道何等凌厉，但东方不败两根手指拈着一枚绣花针，在三人之间穿来插去，趋退如电，竟没半分败象……令狐冲见任我行和向问天二人攻势猛迅，东方不败已缓不出手来向自己攻击，当下展动长剑，尽往他身上各处要害刺去。但东方不败的身形如鬼如魅，飘忽来去，直似轻烟。令狐冲的剑尖剑锋总是和他身子差着数寸。”
任我行、令狐冲和向问天，都可以算当时绝顶或者准绝顶的高手了，其中任我行、令狐冲，除了东方不败之外，只是仅次于少林派方证大师和华山派风清扬而已。但是，这样的人物联手，居然都不能刺中东方不败，由此可见，对方的武功已经比这三人高出一个档次。
而在力量上来说，东方不败一根绣花针，都可以挡开这三人的长剑，说明其内力还要在这三人之上。令狐冲的内力，当时的确不值一提，但是，向问天的内力应该算不弱的了，而任我行的内力，因为吸星大法的缘故，应该算武林第一流的，虽然比不上方证大师，但是，在江湖上也应该少有敌手。
当然，东方不败在内力上，虽然强于这三人，但是和他的综合实力比起来，内力的优势不算太大。考虑到葵花宝典是一个残缺版本，可以认为，东方不败已经把葵花宝典修炼到极致了。
再说独孤九剑。
独孤九剑一共有九式，三百六十种变化，理论上，可以破尽天下武学。这门武功相比葵花宝典，特点有两个，一个是门槛低，另一个是在几乎不需要内力的情况下，也能够发挥出巨大的威力。
葵花宝典的威力，确实强大，但是“欲练此功，必先自宫”。这一道门槛足以阻止大部分的修炼者。而独孤九剑则完全不需要考虑这一点。
虽然风清扬在教导令狐冲的时候，说到了，修炼独孤九剑需要悟性：
你倒也不可妄自菲薄，独孤前辈是绝顶聪明之人，学他的剑法，要旨是在一个‘悟’字，决不在死记硬背。等到通晓了这九剑的剑意，则无所施而不可，无所不出，无所不入，便是将全部变化尽数忘记，也不相干，临敌之际，更是忘记得越干净彻底，越不受原来剑法的拘束。”
但是，令狐冲严格地说，不算是一个武学天赋多么强的人物，他是华山派掌门大弟子，入门已经很久了，但是，比起田伯光这种人物，来还有极大的差距。这时候的令狐冲，已经将近三十岁，同龄的萧峰已经成为天下绝顶高手了，而令狐冲的武功，中规中矩，假以时日，最多也就是到了没有修炼过辟邪剑法的岳不群的水平，继承下一代华山派掌门之位。
可以说，令狐冲得到的修炼资源并不算少，只是之前没有奇遇而已。这就说明，如果令狐冲可以领悟独孤九剑，那么很多江湖人都可以领悟，至少那些旁门左道在江湖上成名的高手都可以。从这个角度上说，独孤九剑超过了葵花宝典。
而从古庙一战来看，不需要内力就可以击败十多名一流高手，也说明了独孤九剑超出葵花宝典的地方。但是，从顶级人物的武功来看，风清扬不如东方不败，独孤九剑差了一筹。
综合比较，可以说独孤九剑胜出。
而对于最后一点，也就是经典传承性来说，这两门武学都没有得到推广，故而算是打平了。
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