世俗王权与教权的冲突，是中世纪中期欧洲政治力量博弈的一条主线。教皇英诺森三世在位（1198-1216年）时，教权凌驾王权达到顶峰，英格兰、葡萄牙、匈牙利、阿拉贡和法国都成为教皇的封地，最终英诺森成为神圣罗马帝国皇位继承人的决定者。他之后的诸位教皇虽然没有如此权势熏天，但1250年皇帝腓特烈二世死后，神圣罗马帝国支离破碎。欧洲的封建君主们似乎屈服于至上的教权了。
在教皇与皇帝的持续斗争过程中，法国卡佩王朝悄然崛起。与强势的日耳曼诸邦构成的神圣罗马帝国相比，法国的王权控制程度较高，成为教皇权威的新挑战者。
由于政治形势紧张或者党派斗争，十三世纪后半叶的教皇没有一次在罗马选出。切莱斯廷五世在位期间（1294年）没去过罗马；其他教皇也常在罗马之外的地方（奥维多、阿纳尼和维泰博等地）处理政务。纵使如此，罗马仍是基督教和教皇国的宗教与政治中心。1309年教皇和教廷却迁往法国的阿维尼翁，这一去就是七十年。教皇为什么离开罗马？个中缘由要从切莱斯廷五世与卜尼法斯八世说起。
切莱斯廷五世
新教皇上任伊始就谣言四起——卜尼法斯处心积虑地诱导切莱斯廷退位，他的当选也不合法。其实卜尼法斯只是提出退位建议的枢机主教之一，而且谣言发起者科隆纳家族的两位枢机主教在教皇选举会议上也投票给他。科隆纳家族造谣主要是因为卜尼法斯的傲慢无礼和过度扩张家族势力。在这样的敏感环境下，切莱斯廷成了政治斗争的牺牲品。
起初，卜尼法斯对前教皇实行保护性的软禁，在后者试图逃跑后，干脆将其关押在罗马城南的一个城堡里，85岁高龄的切莱斯廷于1296年5月死去。
教权与王权的第一轮较量
1294年英法两国爆发战争，为拓展财源，腓力四世违背誓言和古老传统，向神职人员征税，如果不交税，教会财产将被扣押。这严重触犯了教会的利益和权威，腓力四世与教皇的矛盾明朗化。
腓力四世
和其很多前任一样，卜尼法斯八世顽固坚持教皇至上论。他于1296年2月颁布了著名的教谕《教士不纳俗税》（Clericis Laicos）。“没有教皇授权，国王不能向任何神职人员或教会财产征税，如果有神职人员非法交税，那么他将被停职，如果是主教将被免职。非法征税的统治者会被开除教籍，他们的国家禁止一切宗教活动。” 教谕的措辞强硬，但教皇并未点名抨击腓力四世，原因在于教皇需要腓力四世支持其在西西里晚祷战争中的利益，交战一方的查理二世是腓力的支系叔叔。
1296年8月法王痛下杀手，以处于战争（与英国）时期为由，禁止教会的收入流出法国，同时驱逐在法国的外国银行家。教皇最重要的资金来源被切断，此刻他偏偏需要钱来化解西西里危机。卜尼法斯不得不稍作妥协，发布了一个教谕表明教皇不会禁止神职人员在必要的情况下帮助法王。教谕重申腓力必须遵守《教士不纳俗税》，并暗示与教皇作对是不明智的。
卜尼法斯八世接连遭遇不利局面。科隆纳家族的死对头枢机主教奥西尼（奥西尼家族也是罗马的望族）、西西里战争的盟友查理二世都对教皇的意大利政策表示不满，同时卜尼法斯的西西里斡旋也告失败。
面对内忧外患，教皇写信给腓力的口气一封比一封柔和。教皇发布新教谕声明《教士不纳俗税》暂不适用于法国；腓力可以在他认为必要的情况下向教会征税。1297年8月，教皇追封腓力四世的祖父路易九世为圣徒（圣路易）。1298年英法战争的停战仲裁过程中，卜尼法斯也是一味取悦法国。教皇和法王的第一轮较量以前者失败告终。
卜尼法斯八世
教皇的意大利死敌科隆纳家族没有息事宁人。1297年5月，斯特法诺.科隆纳抢劫了教皇运往罗马的财物。卜尼法斯大怒，科隆纳家族同意归还财物，但拒绝交出嫌犯。科隆纳家族的两位枢机主教还掀起了一轮轮针对切莱斯廷退位合法性的强烈质疑，断言教皇选举不合法，指责教会买卖教职。
卜尼法斯将科隆纳全族革除教籍，同时召集十字军攻击后者的领地和最坚固的城堡帕莱斯特里纳。1298年10月，科隆纳家族投降，全体成员跪在教皇面前祈求宽恕，后者仍然下令将帕莱斯特里纳夷为平地，并在土壤里撒盐，就如同当年罗马军队占领迦太基城的所作所为。但丁在《神曲》地狱篇里痛斥卜尼法斯的暴行，将其打入第八层地狱。两位枢机主教和部分家族成员越狱逃往法国投靠腓力四世，卜尼法斯的两个死敌联合起来。
1300年2月22日，卜尼法斯八世宣布本年为圣年大赦，这是基督教历史第一个大赦年，大获成功，有二十万人前往罗马朝圣。教皇的宗教权威得到巩固，朝圣活动也给教廷带来意外之财。卜尼法斯八世之后的教皇把大赦年当作敛财工具。克雷芒六世于1350年举行了一次，他之后，大赦年从50年缩短为33年一次。西克斯图斯四世在1475年改为25年一次。
教权与王权的第二轮较量
1300年前后，虽然也有摩擦，但教皇和法王的紧张关系趋于缓和，法王甚至派军帮助教皇平定佛罗伦萨和西西里叛乱。但两人关系再次破裂的导火索是1301年夏天腓力逮捕了一个法国主教。这位主教被控叛国和异端邪说，在国王法庭受审。腓力的行为严重违反了教会法——只有教皇才能审判主教。
1301年12月教皇要求立即释放主教，并号召法国的主教们到罗马组成一个委员会，审查法国的宗教和国王政府的问题。卜尼法斯同时写了一封机密私信给腓力。信中再次申明教皇与国王的关系：国王对教皇的不敬是不可理喻的，是无信仰的预兆。
结果这封信被腓力的首席顾问皮埃尔.弗洛特篡改而且公开，信件里教皇气势凌人，肆意打压国王的传统封建权力。1302年4月，腓力四世顺势召开了法国历史上第一次三级会议，煽动起全国的反教皇运动。卜尼法斯意识到信件是被弗洛特扭曲，怒骂后者道德败坏，并预言其不得善终，结果一语成谶。教皇同时警告法王——他已处在灾难边缘，而此时腓力四世的确面临棘手的佛兰德斯人叛乱。
法国东北部的佛兰德斯地区是欧洲的纺织业中心，极为富有。佛兰德斯从英国进口羊毛，因而与其关系密切，并常与后者结盟对抗法国。1302年7月11日的金马刺战役，佛兰德斯训练有素的步兵占据有利地势，一举击溃法国重装骑士为核心的军队，参战的皮埃尔.弗洛特身亡。
早在1300年法国与英国重启战端，在弗兰德斯与英国的两面夹击下，局势对法国极为不利，因此腓力四世向教皇妥协。他派特使参加在罗马的主教审查委员会，全面承认卜尼法斯八世的合法地位。
教皇也做出相应的姿态，表明不会对腓力四世施以逐出教会的绝罚，不过这样的姿态在腓力四世看来更像是威胁。绝罚是教皇的杀手锏。最成功的一次绝罚是在1077年，被革除教籍的神圣罗马皇帝亨利四世亲赴意大利的卡诺莎城堡，在冰天雪地里站了三天，恳请格里高利七世宽恕。
1302年8月，在教皇的斡旋下，西西里晚祷战争各方终于签订和平协议。解决这个心头大患后，卜尼法斯于1302年11月18日，发布了教会史上最著名的诏书《一圣教谕》（Unam Sanctam），将教皇权威提升到至高无上的地位：“我们断言、我们宣布、我们确信、我们决议：对每一个人来说，成为罗马教皇的臣民，对于自己的救赎，是完全有必要的。”
西西里晚祷战争
对于存心挑战教皇权威的腓力来说，《一圣教谕》无疑是战争宣言。在与英国签订《巴黎条约》后，腓力于1303年6月再次召集三级会议，会上历数捏造出来的卜尼法斯的罪状：篡位、异端邪说、买卖圣职、谋杀和同性恋等。
卜尼法斯离开罗马前往阿纳尼起草革除腓力教籍的绝罚并威胁罢免其王位，绝罚将于1303年9月8日发布。腓力四世先下手为强，派遣首席顾问纪尧姆.德.诺加雷特和夏拉•科隆纳率领一支雇佣军潜入意大利。
9月7日，军队冲进教皇在阿纳尼的行宫，卜尼法斯紧握十字架、正装端坐，临危不惧。怀着家族深仇大恨的夏拉几乎手刃教皇，头脑冷静的诺加雷特认为杀死教皇太过惊世骇俗，及时阻止了他。夏拉还是给了教皇一个耳光，并与首席顾问一起剥去了教皇的皇冠和法衣。
诺加雷特打算挟持教皇回巴黎审判，阿纳尼人包围了行宫，诺加雷特等人逃回法国。经历奇耻大辱的教皇几乎精神失常，返回罗马后于10月11日自杀。整个欧洲对发生在阿纳尼的暴行极为震惊，包括教皇的敌人但丁。卜尼法斯最执着于教皇权威，但没有哪位教皇像他这样耻辱地一败涂地，他的死是标志教皇权威衰落的转折点。
阿维尼翁之囚
接替卜尼法斯的本尼狄克十一世上任不满九个月即去世。支持法国和反对法国的枢机主教斗争了十一个月，终于选出法国波尔多的大主教担任教皇，即克雷芒五世（1305-1314年在位）。
身患癌症的新教皇没有去罗马，迫于法王的压力在里昂加冕。腓力四世选择里昂是意味深长的：六十年前（1245年）里昂的宗教会议上，英诺森四世革除神圣罗马帝国皇帝腓烈特二世的教籍并将其赶下皇位；而如今的教皇是法国人，并在法国国王的控制下加冕。不但教权与王权的关系逆转，而且法国国王胜过神圣罗马帝国皇帝。
克雷芒五世也是教会法学家，但远不如卜尼法斯八世强硬，更不是腓力四世的对手，他基本上处处对法王妥协，连教廷选址也屈从腓力，设在了法国东南部的阿维尼翁——被法国领土包围的教皇领地。
对侮辱、拘禁并间接导致卜尼法斯死亡的元凶诺加雷特，克雷芒竟也赦免其所有罪行；他同意王权向教士征税并公开焚烧了《一圣教谕》，任命法国国王指定的人为大主教。克雷芒几乎唯一的不妥协之处就是拒绝法王审判卜尼法斯八世。
克雷芒五世
从1309年到1378年，七位教皇和教廷绝大部分时间都在阿维尼翁，教皇同时兼任罗马的主教已名不符实，这一时期史称“阿维尼翁之囚”。
七位教皇虽然不能说是法国国王的傀儡，但他们都是法国人，而且阿维尼翁时期的134位枢机主教里有112个法国人，此前无论是教皇还是枢机主教的人数，都是意大利人占绝对优势。
腓力四世死后，法国对教皇的影响已经减弱，然而教皇们却不顾教徒的强烈呼吁，不愿返回罗马，主要基于以下考虑：罗马城传统贵族的派系纷争、易受刺激的暴民、台伯河洪水以及瘟疫的威胁；相比于罗马，阿维尼翁气候宜人、人民淳朴，而且优越的商业和贸易路线可以给教廷带来更多的财富。
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