PEAKS是由加拿大BSI公司开发的基于bottom up技术路线的蛋白质组学质谱数据的一站式软件分析平台。其中行业标准的蛋白质从头测序de novo算法，广泛应用于蛋白质组学、抗体药物的研究。PEAKS Studio 能够完整地进行从数据转化到蛋白鉴定及定量，翻译后修饰及序列突变，最终进行结果验证、可视化以及报告的分析流程。包括de novo sequencing、PEAKS DB、PTM、SPIDER 、inChorus 、PEAKS Q。本主要描述如何通过PEAKS Studio查看搜索结果，得到更具体的谱图信息。
一、下载及安装软件
可以直接在官网下载（https://www.bioinfor.com/download-peaks-studio），或者关注一下公众号私信小编获取。
软件官网
下载后，按默认参数，直接下一步安装。
安装完成后，找到软件打开
二、打开搜库文件结果
1、因为是商业化软件需要激活码，打开软件后，我们选择查看模式查看数据即可。
软件界面
2、打开搜库工程文件
A:选择打开
B:找到搜库路径，选择文件夹，打开
3、查看 de novo多肽部分结果（基于软件从头测序部分结果）
A:双击de novo多肽部分结果，打开
B:多肽总结部分
包括搜索参数、及多肽统计部分内容
C:DE NOVO多肽
可以根据质谱SCAN号对质谱谱图进行查看
放大感兴趣多肽二级谱图查看，可以直接截图
4、查看 PEAKS结果（基于蛋白数据库搜索结果）
A:双击PEAKS打开
第一项的为质量控制报告，内容包括错误发现率（FDR）曲线、PSM 分数分布、肽特征检测的分布、鉴定的肽特征的分布。（如需了解每个图代表含义，可以联系小编，获取“蛋白结果鉴定结果说明.pdf”。
B:蛋白项
在蛋白鉴定列表，显示的为鉴定到的蛋白。整个蛋白序列呈现在软件界面内。序列的下划线表示质谱鉴定的到的多肽、蓝色线表示搜索鉴定到的结果，修饰的结果也显示在搜索结果上。最靠近序列的蓝色线为可信度更高的匹配结果。灰色下划线为DE NOVO匹配的多肽。
C:多肽项
多肽呈现的界面与De novo结果类似。
5、软件导出结果表头说明
Table 1 .数据统计
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# of MS scans |
质谱采集到的一级图谱数量 |
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# of MS/MS scans |
质谱采集到的二级图谱数量 |
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# of Features |
数据库匹配的关联扫描的肽特征的总数 |
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# of Chimera scans |
数据库匹配的关联扫描 Chimera scans 的总数 |
Table 2. 结果过滤参数
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Peptide -10lgP |
过滤掉小于设置的肽段筛选阈值的多肽 |
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Protein -10lgP |
过滤掉小于设置的蛋白筛选阈值蛋白 |
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Proteins unique peptides |
过滤掉小于设置的 unique 多肽匹配数的蛋白 |
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De novo ALC Score |
过滤掉小于设置的肽段筛选阈值的多肽 |
Table 3. 过滤后的结果统计
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Peptide-Spectrum Matches |
匹配上肽段的图谱数量 |
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Peptide sequences |
匹配上的肽段数量 |
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Protein groups |
匹配上的蛋白质种类数量 |
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Proteins |
匹配上的蛋白质数量 |
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Proteins (#Unique Peptides) |
匹配上不同数目 Unique Peptides 的蛋白质数量 |
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FDR (Peptide-Spectrum Matches) |
PSM 的假阳性率 |
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FDR (Peptide Sequences) |
多肽的假阳性率 |
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FDR (Protein) |
蛋白的假阳性率 |
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De Novo Only Spectra |
仅用 De Novo 分析出多肽序列的图谱数量 |
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# of Identified Features |
在给定为搜索结果设置的过滤器的情况下，具有与数据库匹配的关联扫描的肽特征的总数。 |
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# of Identified MS/MS scans |
在给定为搜索结果设置的过滤器的情况下，与数据库匹配的 MS / MS扫描总数 |
Table 4. 蛋白质修饰位点文件
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Name |
修饰名称 |
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∆Mass |
修饰后，肽段增加的质量数 |
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Position |
修饰发生的位点 |
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#PSM |
发生该修饰的匹配上肽段的图谱数量 |
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-10lgP |
修饰的可信度评分 |
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Area |
肽段结果对应 MS2 谱峰所在肽段 TIC 峰面积 |
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AScore |
用于计算修饰位点置信度，一般高于 13 认为可信度高 |
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