日本列岛发现的最早的水田在绳文时代晚期，距今两千四百年至两千五百年前。
保留这一所谓“绳文水田”遗迹的是福冈市的板付遗迹和佐贺县唐津市的菜畑遗迹。板付遗迹的水田用板桩排列（板状的木桩排列）挡土而成的田埂来划分，并分布有水渠；水渠上有用木桩加固、调节水量的拦水堰。此处甚至有取水和排水用的出入水口，水利设施相当完备。
被推定为湿地的菜畑遗迹，几乎是同样的构造。这就是说，水田是从朝鲜半岛等地跟完善的水利技术一起传入的。关于水稻的传入的时间，在过去很长一段时间里，很多人认为是与公元前5世纪前后从朝鲜半岛传入日本列岛。
但日本国立民宿博物馆的一个研究小组利用碳14测年法对从箸墓古坟周边出土的土器上附着的碳化物进行了检测，据此提出的说法是早在公元前1000年左右稻作就已经传入日本，比之前的定论更早。除此之外，在冈山县6000年前的土壤层中也发现了水稻的成分，有人一次推测有可能绳文时代前期就出现了水稻耕作。
