经过平安初期上皇制度的变革，上皇指定皇位继承人的权力已经大为下降。到摄关时代，皇位继承的决定权则是几乎完全转移到摄关家手中。摄关时代的天皇除宇多天皇外，均为藤原氏女子所生。
特别是醍醐天皇之后的十位天皇，其母族均是藤原氏摄关家。由于日本皇室自古有后妃怀孕需回母族生产的传统，皇子自幼生长于外戚藤原家，藤原氏利用亲情纽带垄断天皇的婚姻和执政权；同时也确保天皇自幼处于藤原氏的严密包围中，使天皇难以聚集亲信。由于幼帝更容易被掌控，藤原氏便频行禅让之事，这十位天皇中有七位禅位为上皇。但其中仅有后朱雀上皇禅位于自己的亲子。以法律的形式确立了父子相继的继承体制及嫡庶在继嗣顺序上的不同。然而由于藤原氏的干预，皇位继承顺序比较混乱。
这一时期的皇位继承如果从父系角度看，多是兄弟、叔侄甚至堂兄弟间的禅位，毫无规律可寻。但若以母系藤原氏的世系为基准，却显得相对清晰。这些看似非正常顺序的继承关系，却能令摄关之女所诞育的皇子依次得到即位的机会。摄关时代天皇嫔妃绝大多数出自藤原氏，相比于其他分支，出身藤原北家的嫔妃地位相对较高，而北家中最为尊贵的则是摄关家的女子，也只有藤原氏摄关家之女所诞育的皇子可以继承皇位，非摄关家女子所生的皇子，则会被排斥。
对于摄关家对皇位的粗暴干涉，势必会引起皇族及其他氏姓贵族的强烈不满，而此时曾拥有指定继承人权力的上皇是唯一能与之对抗的，因此在摄关政治极盛期，上皇与藤原氏在立嗣问题上也常有争执，如三条上皇。三条帝有两位皇后，一位是藤原道长之女妍子，另一位是早年所娶的大纳言藤原济时之女娀子。三条天皇与妍子育有一女，与皇后娀子则育有敦明亲王、敦仪亲王、敦平亲王、师明亲王四位皇子。三条天皇希望在自己让位于皇太子敦成亲王后，自己的儿子能够继立为东宫，藤原道长却表示：“诸皇子无堪储君者，唯先帝第三皇子可”。
“先帝第三皇子”即指道长外孙敦良亲王，道长毫不掩饰的表示只有自己外孙才有即位资格。长和五年（1016），三条帝最终以立敦明亲王为下一任太子作为条件，让位与敦成亲王，即后一条天皇。三条上皇在世期间，敦明亲王东宫之位尚可安稳；翌年三条上皇驾崩，内外朝臣惮于藤原道长的威势，无人敢担任东宫官职。敦明亲王迫于压力不得已辞退东宫之位，道长欣然同意，并为平息众议而尊其为“小一条太上天皇”，而上皇指定继承人的权力被则彻底无视了。
在同时有多位摄关家出身的皇子时，则会选择以当政者为外戚的皇子。其他皇子即使再受天皇喜爱也无法成为储君，如敦康亲王。敦康亲王是一条天皇的长子，是前关白藤原道隆的长女定子皇后所生。敦康亲王出生时，外祖父道隆已故，舅父伊周、隆家失势，道隆之弟道长成为拥有内览权的准关白。道长送长女彰子入宫，并使彰子成为与定子皇后位阶等同的中宫，开创一帝二后的先例。虽然一条天皇十分宠爱定子皇后与敦康亲王，但由于藤原道长的阻拦，敦康亲王未能被立为皇储。中宫彰子所生的两位皇子敦成亲王及上文所提及的敦良亲王则先后即位为帝。
即使是摄关家当政者之女所生育的同母兄弟，在立储方面也有区别。如村上天皇与安子皇后的次子为平亲王，是冷泉帝同母弟、圆融帝同母兄，深受天皇与皇后喜爱。当时除天皇与皇太子外，亲王、诸王都前往妻家成婚，而村上天皇却将左大臣源高明之女接入禁中与为平亲王成婚，并与安子皇后一同为其主持婚礼，为平亲王得到此等殊遇，可见村上天皇对其期待之高。然而“帝始欲以为平为冷泉帝储嗣，而及与源氏结婚，不为诸藤所喜，帝终不得如意。（中略）及帝疾大渐，左大臣藤原实赖密请其所欲立。帝曰：‘朕欲立为平，然不可得。
卿等宜立守平。’实赖从诏，立圆融帝（守平亲王），为冷泉帝皇太弟”。为平亲王由于与源氏女子通婚而被藤原氏的几位舅父所排斥，这确实可以作为他没能成为东宫的一个原因。然而为平亲王未被立储应该不仅仅与其婚姻有关，和其年龄也有一定的关系。村上天皇崩御时为平亲王16岁，仅比兄长冷泉帝小两岁，不但颇有贤名且已经元服成婚；而守平亲王年仅9岁。对于藤原氏掌权者而言，未来的天皇越年幼懵懂，越有利于自己掌控，因此年幼的守平亲王更符合藤原氏的选择标准。
摄关时代天皇继位年龄与前代相较普遍年幼，摄关时代之前，以弱冠之龄继位的天皇仅有圣武天皇（24岁）、嵯峨天皇（24岁）两人；未及弱冠便即位的仅文武天皇（15岁）一人。而自清和天皇以稚龄即位起，出现了多位少年天皇甚至儿童天皇，摄关时代的十几位天皇即位年龄分别是清和9岁、阳成9岁、光孝55岁、宇多21岁、醍醐13岁、朱雀8岁、村上20岁、冷泉18岁、圆融11岁、花山17岁、一条7岁、三条36岁、后一条9岁、后朱雀28岁、后冷泉21岁。
其中光孝天皇是权臣基经所立、由旁支继统，所以光孝、宇多父子的继位应属于特例；其余天皇中除了三条天皇与后朱雀天皇由于是继承（堂）兄弟之位，因此都久居东宫，即位时略为年长外，其他的天皇均是在刚及或未及弱冠之龄便即位了。摄关时代天皇在位的平均时间不到15年，且禅位的天皇较多，导致了上皇的年轻化。皇位禅让的频繁导致一位上皇历经多朝以及一位天皇多位上皇的情况更为普遍，如朱雀天皇即位之初有阳成、宇多、醍醐三位上皇，一条天皇即位时有冷泉、圆融、花山三位上皇，三条天皇即位之初有冷泉、圆融、花山、一条四位上皇。
与此相伴也开始出现一位上皇历经多朝的情况，如阳成上皇居上皇位65年，历任光孝、宇多、醍醐、朱雀、村上五朝上皇；冷泉上皇居上皇位42年，历任圆融、花山、一条、三条四代天皇。由于很多上皇都历经数朝且同时期的上皇人数较多，且多数上皇与在位帝之间的亲缘关系都比较远，彼此年龄相差较小，上皇与天皇间的关系较为淡漠，所以平安初期的上皇放弃的辅政权在摄关时代更是理所当然被藤原氏摄关家牢牢的掌握，上皇已无法插手。
藤原氏当政者为了扶植自己至亲的皇子登极，会使用较为极端的手段逼迫天皇退位，如前文所述三条帝事例。但更常见的是使用哄骗的手法，如为使花山帝尽快禅位给自己的外孙，兼家伙同次子道兼趁花山天皇最为宠爱的女御藤原忯子亡故，天皇哀伤思慕不已之时，劝天皇薙发禅位、皈依佛法，作为花山天皇近侍的道兼表示自己会追随天皇。花山天皇于是乘夜与道兼偷偷出宫，前往华山元庆寺，花山天皇犹豫之际被道兼告知：剑玺已归于东宫，已无反悔之余地，天皇遂落饰出家。
曾声称会追随天皇的道兼却表示“臣不告父而毁形，永为不孝之子。请先归家而决”。然后拂衣而去。花山帝始知被骗。天皇禅位为上皇在藤原氏摄关家看来都不过是实现自己政治野心的捷径，摄关时代的上皇地位由此可见一斑。加之天皇自身权力早已被藤原氏架空，在其退位前后都很难被视为政治权威。不过在藤原氏为了保障皇位授受的顺利进行，对退位帝一般都礼遇有加，上皇的经济待遇优渥。因此摄关时代的上皇基本都处于“贵而无民”的状态。
藤原道长曾为敦明亲王加“小一条太上天皇”的尊号并享受上皇的一切礼制待遇，开未即位而受上皇尊号的先河。这也从侧面说明此时的“太上天皇”尊号已经逐渐变为仅与一定的礼仪及经济待遇挂钩的称呼，上皇的辅政权以及决定继承人的权力都已成为空谈。
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