距今200万年前的旧石器时代早期，在今重庆市巫山县境内已出现了中国最早的人类——巫山人。
▲巫山人头盖骨
距今两万年至三万年前的旧石器时代晚期，出现了“铜梁文化”。
夏商时期，三峡地区是全国主要岩盐产区，由于盐是古代重要的硬通货之一，由此在巫山地区催生了早期的巴国文明。先秦时期，诸侯国巴国先后在枳（今重庆涪陵区）、江州（今重庆渝中区）、垫江（今重庆合川区）建都。
周庄王八年（前689年），巴国与楚国发生激战（今湖北荆门县东南），双方相持数月，巴人不敌而归。巴楚之战时断时续，几乎贯穿整个巴史。
周慎靓王五年，秦惠文王更元九年（前316年），张仪带兵灭巴国之后，屯兵江州，筑巴郡城（江州城），城址在今渝中区长江、嘉陵江汇合处朝天门附近。是为史载重庆建城之始，第一次筑城。后秦分天下为三十六郡，巴郡为其中之一。
汉朝时候巴郡称江州，为益州刺史部所管辖。三国时期，蜀汉李严在江州筑大城。魏晋南北朝时期，巴郡先后为荆州、益州、巴州、楚州的一个辖区。
隋文帝开皇元年（581年），以渝水（嘉陵江下游古称）绕城，改楚州为渝州，为重庆简称“渝”的来历。唐代延续渝州之称，为剑南道辖地。
▲临江门
宋代时，属夔州路（今重庆春节县）管辖，崇宁元年（1102年），因赵谂谋反之事，宋徽宗以“渝”有“变”之意，改渝州为恭州。宋孝宗淳熙十六年（1189年），宋光宗升恭州为重庆府。至此，重庆得名已有八百余年历史。
南宋嘉熙二年（1238年），彭大雅任四川副制置使兼重庆知府。为防御蒙军之需，彭大雅尽全力拓修重庆城，向北扩至嘉陵江边，向西扩至今临江门、通远门一线，范围大致比李严扩建的江州城扩大了两倍，奠定了此后直至明清时期重庆古城的大致格局。
宋朝末期，蒙古军队大举南侵，先后攻陷阆中、德阳、资中、遂宁等多个川蜀重镇。南宋宝祐六年（1258年）十一月，蒙古军抵达重庆附近地区。
南宋开庆元年（1259年）2月，蒙军在南宋潼川府路合州（今重庆合川区）打响钓鱼城之战。在战斗中被称为“上帝之鞭”的蒙古大汗蒙哥被流弹击中身亡，此后欧亚各战场蒙古众王回师争夺汗位，使得南宋王朝延续20年，甚至改变了欧亚战场的格局。 （蒙古大军铁骑踏遍东亚北亚南亚西亚直到多瑙河沿岸却唯独攻不下合川钓鱼城，宋军将士依山固守，足足抵抗了蒙古军队36年！最后宋朝已经灭亡，合川城头守军才主动投降但是与蒙古军协定不杀合川城中一人才肯投降，合川因此成为大概绝无仅有的没有被蒙古军屠城的一处。）
南宋德祐元年（1275年），元军再次集中兵力合攻重庆。景炎三年（1278年）二月，重庆被攻破，入城时元军遭到激烈抵抗（详见张珏守重庆之战）。1279年合川守将王立开城降元。
元、明、清三代，四川作为行政区划正式建立，重庆府（重庆路）之称延续，为四川行中书省（元）、四川布政使司（明）、四川总督（清）管辖。
清朝开埠
1876年9月13日，英国以“滇案”为借口，迫使清政府签订了中英《烟台条约》，其中规定英国可向重庆派驻领事。
1890年3月31日，中英签订《新订烟台条约续增专条》，确定重庆作为通商口岸。随后英商开辟从宜昌到重庆的轮船航线。
1890年，英国在重庆率先设立总领事馆
1891年3月1日，重庆海关在朝天门附近设立。
1895年，清政府在甲午战争中被日本打败，根据当年4月签订的《马关条约》（日称为《日清媾和条约》）中规定，重庆（连同苏州、杭州、沙市）成为中国第一批向日本开放的内陆通商口岸。
1896年，法国、日本、美国在重庆设立总领事馆。
1901年，日本在今重庆南岸区王家沱设立了日本租界。同年，法国在今重庆南岸区弹子石附近先后建立了水师码头和兵营。
1902年，沙俄在今重庆渝中区枇杷山上建立了俄罗斯公馆。
1904年，德国在重庆设立领事馆。
中华民国 川东道时期
1911年，由于修建川汉铁路案搁浅，爆发了震惊中外的保路运动。同年11月22日，重庆蜀军政府成立。
1921年，刘湘在重庆设置商埠督办处，任命杨森为督办，筹办市政。其时重庆市区范围未定，权以巴县城关即今重庆渝中半岛部分及原江北县城附近一带居民区为辖区。
1929年，重庆从巴县分离，正式建市，编制为国民政府二级乙等四川省辖市，首任市长潘文华。
民国五年（1916年）至民国二十四年（1935年）升为院辖市之前，重庆曾先后7次设立四川省长行署、四川省长公署、四川督军公署、四川省政府，乃是当时四川省实际上的政治中心。
1931年，不忍国权丧失、国民受辱的重庆人民，以王家沱日本租界30年租期到期和九一八事变为契机，开展了多次斗争。
1935年（民国二十四年）2月10日，四川新省府在重庆成立。6月18日，四川省政府由重庆迁往成都。
1936年，改设四川省代为管理的一等院辖市，并管理贵州省桐梓、遵义地区。
民国二十七年（1938年），抗战宜昌大撤退后，大量工业企业内迁至重庆。重庆成为以军火工业为主的重工业城市。
1939年5月5日，南京国民政府颁令，将重庆升格为甲等中央院辖市（即直辖市），首次析出四川省，重庆亦是继南京、上海、天津、青岛、北平后第六个中央院辖市，辖区范围大致为今重庆主城区，即渝中区、九龙坡区、沙坪坝区以及江北区、南岸区，而北碚市（今重庆北碚区）为中央行政院和临时政府所在地。
战时首都时期（直辖市时期）
1937年10月29日，蒋介石在国防最高会议上作《国府迁渝与抗战前途》讲话，明确提出迁都重庆，以四川为抗日大后方，继续抗战。30日国民政府决议迁都重庆。
1937年11月，中华民国政府颁布《国民政府移驻重庆宣言》，定重庆为战时首都、远东指挥中心。国民政府主席林森，遵循迁都大计，交代属下的文官、参军两处干员，清点好中华民国印信旗幡等重要器物，连夜登船，先离南京而首途重庆。重庆正式成为战时首都。
1940年9月6日，国民政府发布命令：“川省人民，同仇敌忾，竭诚纾难，矢志不渝……兹特名定重庆为‘陪都’。”
定都令下 闻风而动
国民政府迁渝初期，称为移驻重庆。经重庆市参议会议长康心如等人提议，行政院多次审核，1940年9月6日，国民政府明定重庆为陪都。《国民政府明定重庆为陪都令》宣称：
“四川古称天府，山川雄伟，民物丰殷，而重庆绾毂西南，控扼江汉，尤为国家重镇。政府于抗战之始，首定大计，移驻办公。风雨绸缪，瞬经三载。川省人民，同仇敌忾，竭诚纾难，矢志不渝，树抗战之基局，赞建国之大业。今行都形势，益臻巩固。战时蔚成军事政治经济之枢纽，此后自更为西南建设之中心。恢闳建置，民意佥同。兹特明定重庆为陪都，着由行政院督饬主管机关，参酌西京之体制，妥筹久远之规模，借慰舆情，而彰懋典。此令。”
1941年6月5日，重庆市渝中区公共防空大隧道中，躲避日军地毯式战略轰炸的7764名市民窒息死亡，史称“大隧道惨案”。1941年12月至1945年，重庆成为大韩民国（流亡政府）临时驻地。
1945年，中日战争结束，国民政府还都南京。在其后的制宪国大中，以法律形式规定重庆为中华民国永久陪都。
国共内战时期
1945年抗日战争胜利后，为避免内战、争取和平，国民政府与中国共产党在重庆进行了为期43天的和平谈判，史称“重庆谈判”。
1946年2月10日，在重庆较场口举行“庆祝政治协商会议成功大会”时发生骚乱事件，李公朴、施复亮遭到殴打，郭沫若、陶行知、章乃器和新闻记者及劳协会员等六十余人也被打伤。中国共产党称之为“血案”、“惨案”，而国民政府方面则称之为“较场口事件”。
1949年9月2日，重庆发生火灾，延烧十八小时，死亡近万人，全市建筑损失大半，国民政府声称中国共产党纵火，史称“九二火灾”。同月九日，南岸大火，焚毁八十余家。1949年10月11日，总统令宣布政府将于10月15日第二次移渝办公。1949年11月1日，中国人民解放军攻占重庆的南泉战役打响。1949年11月27日，中国国民党中央直接授权中统对关押于渣滓洞、白公馆的400多名政治犯进行“最后解决”，史称“11.27事件”。
新中国 第一次直辖时期
1949年11月30日，中国人民解放军进入重庆，随后成为西南军政委员会驻地，为西南大区代管的中央直辖市，而当时西南大区驻地亦设在重庆。
1952年6月，经过2年的突击式修建，连接成都市与重庆市的成渝铁路完工，这是中华人民共和国时期修建的第一条铁路线。
1952年北碚市改设为重庆市第六区。1952年8月7日中央人民政府委员会第17次会议决定恢复四川省。
1954年7月，西南大区、川东行署区撤销，川东行署区首府北碚市并入重庆，重庆市则从直辖市降为省辖市，并入四川省。
1959年1月，四川省江津专区的巴县、綦江县，涪陵专区的长寿县划归重庆市。
1964年，北部湾事件爆发，三线建设开始，重庆成为三线建设核心城市。
文化大革命期间，尤其在1969年至1972年，重庆地区出现武斗，市区工业受到严重破坏，部分街道被夷为平地。发生在九龙坡区几个军工企业间的“杨家坪武斗”轰动全国。
1976年1月，四川省江津地区江北县归入重庆市，将绵阳地区的潼南县划入江津地区。1981年，江津地区更名为永川地区。
1983年，四川省永川地区八个县并入重庆市，重庆成为中国第一个享有省级经济管理权限的计划单列市。
1992年，重庆辟为沿江开放城市。
1996年四川省行政区划调整：将万县市、涪陵市和黔江地区委托重庆市代管。
直辖挂牌
1997年（1）设立重庆直辖市，撤销原四川省重庆市。（2）重庆直辖市辖原四川省的重庆市、万县市、涪陵市、黔江地区所辖行政区域。（3）重庆直辖市设立后，由国务院依据宪法和有关法律的规定，对其管辖的行政区域的建置和划分作相应的调整。（1997年3月14日第八届全国人民代表大会第五次会议通过）。重庆直辖市简称"渝"(国务院1997年4月18日批准)。
2010年2月，在住房和城乡建设部编制的《全国城镇体系规划》中，重庆被确定为国家中心城市。
2011年国务院把重庆定位为四大国际大都市（北京、上海、重庆、广州）之一。
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