后发酵又称二次发酵，是蘑菇培养料堆制新工艺。采用后发酵技术，葬菇培养料堆制分为二个阶段：第一阶段称“前发酵”，堆制方法与一次堆制常规相同，但堆制时间短，通常只有13天，翻堆3次。第二阶段称“后发酵”或“巴氏消毒”，需加温一定时间（60℃左右 6-10小时，48--50℃4-6天），使培养料进行第二次升温发酵，所以又称“二次发酵"。后发酵技术在国外已采用多年，1978年张树庭教授把它介绍到国内，目前，菇房条件较好的栽培地区，结合当地能源状况已普遍推广应用，并取得增产20%一40%的效果。
培养料通过后发酵，由于高温性放线菌等有益微生物的充分繁殖，可形成大量菌体蛋白及各种维生素和氨基酸，供蘑菇菌丝吸收利用；能杀灭有害微生物和残存在培养料中的幼虫和虫卵，减少病虫害，可少用或不用农药，降低蘑菇产品的农药污染；经升温处理，培养料的游离氨被蒸发，可避免播种后氨对菌丝的抑制作用，有利菌丝恢复定殖；能显示出增产效应；一般可增产20%-40%，蘑菇的品质好，一级菇比例增多，还可加快蘑菇生长，菇床转潮快。
国外蘑菇培养料后发酵在专用隧道中进行，具有很好的保温保湿性能。堆养料在隧道中堆成2米高的长条，由底部吹入空气和蒸汽，透过培养料，达到顶壁返回，可以循环利用，可使培养料受温均匀，并有仪器对后发酵全过程进行自动监测。我国目前采用的后发酵技术，是根据后发酵原理并结合我国国情而设计的，过去以室内后发酵为主，现在推行的还有室外后发酵技术。
采用室 内升温法进行后发酵，菇房不宜过大，以60--100平方米为宜，要具备-一 定的密封条件。前发酵按常规堆制，翻堆3次，所有辅料在第1-2次翻堆时加入。前发酵时间约13--14 天。后发酵采用煤炉、火道坑干热加温，培养料含水量需调至70%--75%；若采用锅内蒸汽加温，含水量调到65%--70%。培养料进房前应按常规对菇房进行彻底消毒，并将门窗、屋顶缝隙全部密封。培养料进房要快，集中堆放在菇房宋架的中间三层。因顶部床架后发酵后料易偏湿，底层温度常不足后发酵不彻底。进料宜选晴天。
后发酵升温有多种方法：在福建南部蘑菇产区，多用废汽油桶装水横卧室外灶上，烧煤或柴、用电亦可，发生蒸气用导管进入室内。每100平方米菇用油桶2--3只。此法升温快，受热均匀，但耗能大。在江、浙-带，是当培养料进房堆温升高后，再将10--12只旺火煤火炉放在菇房过道及地窗口附近，以便添煤，炉火上置铝锅加水产生蒸气，热能利用率高，但加热不均匀，培养料易干燥。
后发酵的关键技术在于温度的控制。温度控制可分为三个阶段进行：一是升温期，又称巴氏消毒期，从45 ℃开始加温至60--62℃。料偏生的60--62℃保持6-8小时；料偏熟的保持2-4小时，通过巴氏消毒，消除和减少了前发酵未杀死的有害杂菌和虫卵等。二是持温期，又称控温发酵期，是后发酵主要阶段，其目的是为喜温细菌，放线霉、喜温霉菌创造适宜生长环境，促使大量繁殖。料偏生的维持在4--7天，偏熟的维持2--4天。三是降温期，视料的生熟度及有益微生物生长情况而开始降温。
待温度降至45℃时，开门窗通风，降料温至30℃以下，抑制这些有益微生物的过度生长。采用上述工艺时，在加温期应注意定时通风换气，每隔3--4小时通风一次，每次4-5分钟；在控温期要通入一定新鲜空气，防止出现厌氧发酵。后发酵的培养料进房时含水量应比播种时高10%--15%，则在70%--75%之间，如含水量不足，在点火前用pH8--9石灰澄清水喷雾调整；后发酵结束，要检查培养料含水量，如含水量不足，用石灰澄清水调至60%一62%。
培养料按常规堆制，前发酵只翻堆2次，间隔时间为4天、3天，然后隔3天进房，含水量要求65%--70%。培养料上床铺20厘米厚，稍加平整，关闭门窗，尽量密封。2-3天后料温回升到45℃，开始通入蒸气加温。使料温升至58--60℃，保持8小时，后慢慢降温至50℃左右，保持3天，料中产生大量白色粉末状菌落时，即可通入大量蒸气量，将温度升至60℃左右，保持8小时，后即停止加温。此法不同之处是先控温，后巴氏发酵。然后徐徐降温至28℃，翻料整床后，即可播种。
此法特点是充分利用太阳能和自身发酵的热能进行后发酵，可节约能源，不受菇房条件限制，方法简便，料质同样能达到室内后发酵标准。其工艺过程如下：
按常规建堆翻堆3次（15--18 天），依次加入所需辅料，于第4次翻堆时将原长方形料堆改为圆简形料堆进行后发酵。建堆场所应选离菇房较近、清洁，排水方便的向阳场地，地面最好水泥地坪。建堆前先将地面冲洗干净，再浇淋5%浓石灰水。在地面用石块或砖堆码成圆形堆基，堆基高约33厘米，直径约2米（视堆料量可随之增大），堆基间留空隙20一25厘米，以利通气。石块上每隔10厘米左右放横杆，中心处要留直径30厘米空隙，以便安放花眼竹笼。然后在横杆上纵向铺小竹条，使呈网格形，以便铺料。
建圆堆前调含水量68%-70%，以手紧握有5--6滴水为适宜（北方干燥地区可调至70%--72%），pH7.5-8.然后将培养料抖松建堆。边建堆边插竹木棍作控温孔，其方法是将直径10--15厘米的竹木棍，在花眼竹笼至圆锥边缘之间等分成二圈，再以二圈的周长等分竖插若干根竹木棍，呈品字形相互交错。然后逐层堆料至圆堆边高1.2米，顶高1.8米左右，直径2米，边垂直，顶呈龟背形的圆堆，每堆可种33平方米。堆完后，拔去竹木棍，所留空隙即排气控温孔；中心花眼竹笼仍置中间至散堆进房，以利堆中透气。然后在圆堆顶和周围先喷一次2%-3%浓石灰水，待渗吸数分钟后，再喷o.5%敌敌畏液，喷毕用薄膜围紧堆周围，接头处用泥浆封闭严实。薄膜外用麻绳围捆2--3道，圆锥顶用稻草覆盖，切勿用薄膜盖顶。
室外后发酵与室内基本相似，仍可分为三个阶段，巴氏消毒期放在前后均可。其温度控制和调节，主要是利用排气控温孔的开启和闭塞。在巴氏消毒期，可用草把闭塞几个排气控温孔；堆温升至60--62℃，进入控温发酵时，再开启几个排气控温孔，保持料温在50--55℃，保持时间之长短，视培养料的生熟度而定。如料温难以上升，可用大草把暂时闭塞花眼竹笼的中心孔：哪边料温过高，哪边就多开启几个孔，促使料温平衡。降温时，去掉薄膜和顶部草帘，待料温徐徐降到45℃后，即可进房。如果是老菇房，进料后要再熏蒸消毒一次。
采用上述后发酵技术，圆堆底部含水量要比上部偏千些；前发酵的料要偏生，后发酵进房的料也要偏生一些；在后发酵期间如下大雨，堆顶要临时加盖薄膜，雨止即取掉。
室外长方形 堆式后发酵，其后发酵原理和优点均与圆简式基本相似。因堆形不同，其升温与持山性能均较前者稍差，且边料略多，可因地制宜采用。根堆形结构和方法，室外长方形堆式后发酵可分为以下三种：床架式预先在选好场地上建基架，底脚先用砖石垫好，以南北方向各分三行堆砌，底脚高30厘米、宽1.2米、长度不限。在底脚上纵横交错放置约12厘米直径的竹木棍，上面再铺小竹条，以防漏料。将第4次翻堆后的培养料调含水量70%一72%。pH7.5--8.抖松后上基架建堆。
边建堆边插预留排气控温孔的木棍，孔距约60厘米，行距约30厘米，呈品字形交叉。建堆后拔去木棍，建成宽1.2米，边高1.2厘米，顶高1.4米、上下垂直，顶部呈龟背形的料堆。然后在料堆外围距堆表20厘米左右插竹片作支架，上面距堆顶35厘米，支架上覆盖薄膜，薄膜四周着地处要用泥浆或砖石压实，两端可以启闭，以便通气及调节温度。在料堆北端薄膜棚架内的地面上，设一备用小土灶，以作料温不够时加温补充热源时用。后发酵阶段的控温方法与室内后发酵原理相同；其温度调节方法则与圆筒式相似。凹形模式这是一种就地式长方 形堆简易后发酵方法。
在料堆的堆基上挖3条凹式直向通道，通道上设梅花形控温孔，当中一条通风道较大，宽约25厘米，深30--35 厘米，长度要比料堆长1米。通风道上横放小竹条，以防漏料。料堆两侧要挖两条比通风道低的排水沟，并要和通风道相连，以利排水。；凸形模式用砖砌成凸形通气道3条、通气道上竖放排气控温孔筒，同样要设四周的排水沟以利排水。其控温方法参前述方法进行。
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