[1]病例介绍，我来为大家科普一下关于alk抑制剂最新研究进展?下面希望有你要的答案，我们一起来看看吧!
alk抑制剂最新研究进展
间变性淋巴瘤激酶（ALK）是已被证实的非小细胞肺癌（NSCLC）分子靶点之一。对于晚期ALK融合阳性NSCLC患者，ALK-TKI是首选的治疗方案，可以显著延长患者的生存。然而，在靶向药的治疗过程中，肿瘤细胞不可避免会发生克隆演化并导致耐药。其中，神经内分泌（Neuroendocrine, NE）转化是耐药原因之一
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。目前，NE转化的研究主要集中于EGFR突变的肺腺癌，对于ALK融合阳性肺腺癌NE转化的机理目前仍然缺乏系统性研究。广东省人民医院、广东省肺癌研究所杨衿记教授（通讯作者）研究团队发表了一项研究，通过基因组和转录组学的分析，探究1例ALK融合阳性的肺腺癌治疗后转化为神经内分泌癌的分子机理，揭示ALK-TKI耐药的潜在作用机制。
病例介绍
患者女性，58岁，无吸烟史，于2018年5月被诊断为IVB期肺癌，伴有双肺、骨和肝转移。左侧锁骨上淋巴结活检（标本T1）的病理结果提示腺癌，免疫组化（D5F3克隆）提示为ALK蛋白阳性。NGS基因测序显示为ALK与SYNE1非经典融合（图2A）。患者一线接受克唑替尼治疗，疗效部分缓解（PR），无进展生存期（PFS）仅为6个月。进展后患者接受了肺部活检（标本T2），检测到原有ALK融合，但没有检测到克唑替尼耐药突变。患者继续使用克唑替尼，但2个月后出现头晕头痛的症状，MRI显示出现脑转移。患者拒绝更换治疗方案，因此继续使用克唑替尼治疗。3个月后患者再次出现疾病进展，行腰椎穿刺收集到脑脊液，脑脊液中没有发现肿瘤细胞，NGS液体活检发现ALK-SYNE1融合。由于该患者的心电图结果显示QTcF超过470毫秒，SAF-189s的临床试验入组筛选失败，随后她接受了SAF-189s的同情给药治疗，PFS接近8个月。肿瘤发生进展后，患者未进行再次活检，接受了阿来替尼治疗，疗效为疾病稳定（SD）持续约5个月。随后患者发生所有已知病灶进展，且肿瘤标志物NSE显著上升。患者再次接受了右侧锁骨上淋巴结活检（标本T3），病理提示为小细胞肺癌（SCLC）和大细胞内分泌癌（占比分别为30%和70%），免疫组化提示ALK阳性，PD-L1阴性。T3 NGS结果检出了原始的ALK融合，并检出了之前样本未检测出的新突变。患者随后接受卡铂/依托泊苷治疗，并继续使用阿来替尼，颅内和颅外病灶均部分缓解。8个月后患者出现昏迷，MRI提示严重颅内进展，脑脊液中检出可疑肿瘤细胞，脑脊液NGS检测结果为最初的ALK融合和新的基因突变。患者随后使用洛拉替尼治疗约1个月，但疾病迅速恶化，最终在检测到NE转化后的11个月后去世。
图1 病例的临床病史
NE转化前后的基因组分析
为了深入研究NE转化前后的基因变化，我们利用WES对T1、T2和T3样本进行测序。三个样本检测出共有突变，提示他们在克隆演化上是相关的。相对T1和T3，T2拥有的共有突变和拷贝数变异更少（图2B和2C），可能为组织间的异质性所致。RB1/TP53突变在转化前后均未检测到，T3样本中检测到CDK4扩增、CDKN2A缺失和CDKN2B缺失（图2C），提示CDK4可能是潜在的治疗靶点。此外，肿瘤新抗原负荷在NE转化后显著更高（图2D）。克隆演化分析表明ALK-SYNE1融合在基线诊断时就存在，并持续存在于NE转化过程中；克隆演化过程中未出现获得性ALK耐药突变，但经ALK-TKI治疗后出现了RHOA和RHPN2突变的亚克隆（图2E）。NE转化后，活化诱导胞嘧啶核苷脱氨酶（AID）/催化多肽样载脂蛋白B mRNA编辑酶（APOBEC）的高突变特征未见明显变化（signature 2），但错配修复相关突变特征（signature 15）显著增加（图2F）。
图2 NE转化的基因组特征（A）NGS检测的ALK-SYNE1融合（B）WES检出的基因突变谱和T1、T2、T3共有突变的韦恩图（C）肿瘤基因的拷贝数变异（D）预测的肿瘤新抗原负荷（E）此病例中ALK抑制剂耐药的克隆演化（F）基于96个三碱基类型的突变谱和每个特征的相对贡献值绘图
NE转化前后的转录组分析
我们通过RNA测序分析T1和T3基因表达谱的差异，结果表明T3相对T1，其Notch和PI3K/AKT信号通路的基因显著上调，而与淋巴细胞活化和NF-kB信号通路相关的基因显著下调（图3A）。基因富集分析显示，与同源重组、MMR和Notch信号通路相关的基因在T3中显著富集（图3B），这一结果也与TCGA数据库中的结果一致。此外，T3富集的生物学过程包括DNA复制、细胞周期和神经元投射发育，而T1相关的生物学过程主要包括适应性免疫反应，淋巴细胞活化和补体活化（图3C）。由于差异表达基因和富集通路都与免疫应答相关，我们进一步使用CIBERSORT对转录组数据进行了免疫反褶积分析，结果发现T1有更高水平的CD8 T细胞浸润和NK细胞激活，而T3有更显著的M2巨噬细胞浸润，这一结果在TCGA数据库中得到进一步证实。这一结果也提示在NE转化过程中肿瘤免疫微环境由活跃向抑制转变。
图3 NE转化的转录组特征（A）T1和T3的差异表达基因火山图（B）T1和T3的差异富集通路（C）T1与T3差异富集生物过程的基因本体分析（D）T1和T3免疫细胞浸润水平的差异（E）：TCGA数据库中免疫细胞浸润水平的差异。
讨论和启发
肺腺癌的NE转化是靶向治疗耐药的原因之一，在EGFR突变肺腺癌中有较多研究。针对EGFR突变肺腺癌NE转化的研究表明，TP53和RB1的基因变异组合可能是NE转化的特征性分子标志之一[2]。根据既往ALK融合阳性肺腺癌NE转化的案例报道，4例接受TP53 RB1检测的患者中，仅有1例检出了TP53 RB1的基因变异组合[3-6]。在本病例中，也没有检出TP53 RB1的基因变异，但出现了与RB1处于同一通路的细胞周期相关基因的变异，包括CDK4拷贝数扩增和CDKN2A/CDKN2B拷贝数缺失，提示CDK4有可能成为NE转化的潜在治疗靶点。此外，EGFR突变肺腺癌的SCLC转化中，AID/APOBEC相关突变过度激活[2,7]，本病例中并没有看见类似的情况，但出现了MMR相关的突变特征增加。在基因表达方面，NE转化后细胞周期和DNA修复基因的表达上调，而同源重组和MMR信号通路基因的上调与SCLC的高增殖能力一致。通常认为Notch通路的抑制是SCLC转化的先决条件[8-9]，但本病例中转化后出现了Notch的显著激活，这可能是因为Notch信号在SCLC中既可抑制肿瘤又可促肿瘤，在转化过程中处于被抑制状态，在转化过程后期上调。此外，M2巨噬细胞作为肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制亚型，转化后出现显著富集，说明转化后的肿瘤微环境呈免疫抑制状态。
本研究通过病例的基因组和转录组测序系统性探索ALK融合阳性肺腺癌的NE转化机制，并提示ALK融合阳性肺腺癌的NE转化机制可能与EGFR突变肺腺癌的不同。
通讯作者杨衿记教授点评
通讯作者
杨衿记 教授
主任医师，博士生导师，博士后合作导师
中共广东省人民医院纪委委员
肿瘤中心党总支书记
肿瘤中心主任
肿瘤学教研室主任
肿瘤中心肺一科主任
广东省医师协会肿瘤内科医师分会主任委员
中国临床肿瘤学会（CSCO）理事
杨衿记教授：ALK
融合基因是继EGFR突变后发现的重要分子肺癌靶点，被称为“钻石突变”。ALK-TKI靶向治疗效果较好，但获得性耐药限制了其临床疗效，而NE转化是其TKI耐药的重要原因之一。EGFR突变肺腺癌经TKI治疗后出现NE转化研究相对较多，而ALK融合阳性肺腺癌TKI治疗后的NE转化目前仅有一些案例报道，而本研究是第一个通过对转化前后样本的基因组和转录组测序，揭示NE转化分子机制的研究，具有重要的意义。研究结果表明这一病例并没有出现EGFR突变肺腺癌NE转化常见的RB1/TP53基因变异组合，提示ALK融合阳性肺腺癌NE转化的机制有可能与EGFR突变肺腺癌不同。此外，研究发现转化后检测到细胞周期相关基因变异和通路激活，包括CDK4拷贝数扩增和CDKN2A/CDKN2B拷贝数缺失，提示CDK4/6抑制剂有可能作为潜在的治疗方案治疗因NE转化耐药的肺腺癌患者。通过结合基因组和转录组测序的系统性研究，可以更加深入理解ALK融合阳性肺腺癌NE转化的分子机制，并为未来有效治疗因NE转化耐药的肺腺癌患者提供诊断和治疗依据。
作者简介
第一作者
黄婕 博士
南方医科大学与美国MD Anderson Cancer Center联合培养博士
广东省人民医院肺癌研究所医生
致力于小细胞肺癌转化研究、免疫治疗耐药研究。研究成果发表于J Thorac Oncol、Mol Cancer等专业杂志。获得2018年CSCO“35 under 35”青年肿瘤医师风采比赛最具潜力青年肿瘤医师奖
共同作者
张仕灵 硕士研究生
南方医科大学
广东省肺癌研究所
主要研究方向：
转化型小细胞肺癌治疗
参考文献：
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