清朝皇帝、后宫自皇后为首的诸妃嫔以及还未成年皇子都住在紫禁城。清兵入关之后，就居住在明代北京皇宫，清朝初期皇帝即住在乾清宫，这是按照明朝的旧例，明朝有十四个皇帝都是住在乾清宫。乾清宫是后三宫(乾清宫、交泰殿、坤宁宫)的首殿，在乾清门内，建于永乐十八年(1420)，顺治帝、康熙帝均在此居住并处理日常政务，《日下旧闻考》有“乾清门之内为乾清宫，皇帝召对臣工，引见庶寮皆御焉。宫广九楹，深五楹，正中设宝座，左右列图史璇衡彝器。”
值得一提的是，乾清宫也是清代大行皇帝停灵之处，另外雍正朝后开始建立秘密立储制度，密旨也是藏于乾清宫的正大光明匾额下。雍正初亦居于此宫，之后移居养心殿，此后清代列为皇帝都在养心殿起居，该殿西暖阁“三希堂”则为处理庶务之所，一直到清亡。慈禧太后垂帘听政也在此殿。
坤宁宫为汉族宫殿建筑之精华。属于北京故宫内廷后三宫之一，坤宁宫在交泰殿后面，始建于明朝永乐十八年(1420年)，正德九年(1514年)、万历二十四年(1596年)两次毁于火，万历三十三年(1605年)重建。清沿明制于顺治二年(1645年)重修，十二年(1655年)仿盛京沈阳清宁宫再次重修。嘉庆二年(1797年)乾清宫失火，延烧此殿前檐，三年(1798年)重修。
与明代不同的是，清代的坤宁宫按满洲旧俗正门开在偏东位置(或与游牧族东向拜日信仰有关)，并将该殿扩大。其西暖阁被改为祭神场所，冬暖阁即为皇帝大婚的洞房，康熙、同治、光绪均在此大婚。清朝时期，真正在坤宁宫中住过的皇后就只有几位，分别顺治帝废后孝惠章皇后，康熙帝孝诚仁皇后、孝昭仁皇后等。
清朝妃嫔们按等级分别居住在其他的宫殿中。比如西六宫，即故宫后三宫西侧的永寿宫、翊坤宫、储秀宫、太极殿、长春宫、咸福宫，著名的慈禧太后在为兰贵人时即在此生下同治帝。另外西六宫中咸福宫一般是品位较高的皇贵妃的寝宫，乾隆帝晚年也曾居于此处。与此相对，后三宫东侧为东六宫，即景仁宫、承乾宫、钟粹宫、延禧宫、永和宫、景阳宫。康熙皇帝就生于景仁宫。承乾宫原来是东宫贵妃的寝宫，但清朝皇后一般都是不住坤宁宫，而是承乾宫。钟粹宫也曾住过皇后。另外康熙出生的景阳宫后来在顺治朝被改为藏书之地，后殿被辟为“御书房”。
而清朝皇子们的住所，皇子出生后多随生母居于东、西六宫，直到五、六岁时，离开生母寝宫，居于乾清宫东西侧的东、西五所。成年受封后，再由内务府在宫外分配居所。
,
