中国与阿拉伯地区在宋金元时期保持着密切的交往，阿拉伯国家多次通过进贡方式向中国输入药物。据不完全统计，自宋太祖开宝四年（971）至南宋孝宗乾道三年（1167）的196年间，大食进贡凡49次，其中明确记载有药物的10次。
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宋朝世界地图
在《宋史》的“外国列传·第六”记载大食国进献的药物或可供药用的物品有白龙脑、蔷薇水、象牙、乳香、腽肭脐、龙盐、眼药、舶上五味子、舶上褊桃、白砂糖、千年枣、珍珠、琥珀、犀角及无名异等。中国与阿拉伯的海上贸易方面也有大量的药物交流。宋代药物进口的品种繁多，来自阿拉伯地区的药物有犀角、乳香、龙涎香、木香、安息香、金颜香、脑子、没药、硼砂、珍珠、芦荟、阿魏、苏合香等数十种。
乳香
龙涎香
腽肭脐
琥珀
没药
进口的数量也相当多，根据《宋史·食货志下》载：“大食蕃客罗辛贩乳香直三十万缗。”北宋时，集中于广州的阿拉伯香药主要通过水陆运输，经大庾岭进入江西，再转运京师汴梁（今河南开封）；
南宋时则主要通过海路运至临安（今杭州）。阿拉伯药商也广至各地贩药，不但在广州、泉州，而且在扬州、洪州（今南昌），甚至在河南、山东等地也都有他们的足迹。除了大食国外，宋时尚有麻罗拔、施曷（均在阿拉伯半岛南部）、奴发（阿拉伯半岛东南岸的佐尔法）等国家也向中国输入大批香料药物。
宋朝海上对外贸易图
阿拉伯地区传入的药物，在宋金元时期的一些本草专著如《嘉祐本草》《本草图经》《证类本草》《本草衍义》《汤液本草》中均有收录。除了药物输入外，一些阿拉伯地区的治疗方法也在我国流传。
《本草图经》
《证类本草》
《本草衍义》
《汤液本草》
如《太平圣惠方》卷三十二的眼科方中载有“大食国胡商灌顶油法”，方用“生油二斤，故铧铁五两（打碎捣洗），寒水石一两，马牙硝半两，曾青一两”，上述药物“以绵裹，入油中浸一七日后”，可治“脑中热毒风，除眼中障翳，镇心明目”。
阿拉伯等地输入的药物及其制剂有的已成为当时防治疾病的常用药物，
如《诸蕃志》卷下记载：“苏合香油，出大食国，番人多用以涂身，闽人患大风者亦敷之。”宋真宗时，丞相王旦气羸多病，真宗曾赐其药酒一瓶，并苏合香一两，同煮饮服，效果很好。
在阿拉伯医药传入中国的同时，中医药在宋代也外传阿拉伯地区。据《宋会要辑稿》记载，宋代经市舶司由大食商人外运的中国药物近60种，包括人参、茯苓、川芎、附子、肉桂等7种植物药及朱砂、雄黄等矿物药。这些药材除了运至阿拉伯地区外，一部分被转运至欧洲各地。
人参
茯苓
朱砂
《马可波罗游记》中记述了中国药材外运的情况：在马拉巴看到大批的中国船只，装载着大宗中国产的药材，同其他货物一起，被阿拉伯人运往亚丁港，再转运到亚历山大里亚等地。书中还记载了传入阿拉伯地区的药物有姜、胡椒、大黄、麝香、肉桂等。
波斯人阿布·曼苏尔穆瓦法克（Abu Mansure Muwaffaq）约于975年所著的《国药概要》一书，记述了肉桂、土茯苓、黄连、大黄、生姜等中国药物。波斯医生拉什德·阿尔丁·阿尔哈姆丹尼1247—1318）主编的《伊尔汗的中国科学宝藏》一书，介绍了许多中医学内容，并提及中国医家的名字。
到了元代，中国与阿拉伯地区的医药交流更为兴盛。当时把在伊斯兰国家流行的以阿拉伯医药为主体的医学称为回回医药。由于元代传入更多的阿拉伯医药，所以形成了回回医药与汉医药并重的局面。
1263年元朝聘请阿拉伯名医爱薛（Fnant Isaioh）为御医，在朝廷设立西域医药司、京师医药院、广惠司、大都与上都回回药物院及回回药物局等专门机构，还翻译阿拉伯的医学著作《回回药方》等。
此时阿拉伯地区的药物仍通过使节和贸易输入中国，如丁香、豆蔻、苏木、麝香、水银、硫黄、大风子、肉桂等。元代的医书如《饮膳正要》《瑞竹堂经验方》等均收录有阿拉伯的医方，如舍利别（即糖浆剂）、阿刺吉酒等。
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