上文讲到，信长花费六年时间平定了美浓，以尾张、美浓两大平原粮产地为基础迈出统一日本之路。足利义昭在越前举行元服礼，由朝仓义景担任加冠役。本名义秋，但由于“秋”字不吉利（秋临近冬有凋零之意），改名义昭。因朝仓无心上洛，在明智光秀的介绍下，义昭前往美浓寻求织田信长的帮助。天降一个制霸近畿的机会信长自然大喜过望，同时十分欣赏感谢明智光秀。两人的宿命开始交织在一起。
早在永禄五年（1562），松平元康接受了织田信长的求和，信长邀请元康前往尾张的清洲城缔结盟约。信长并将养女雪姬嫁给武田信玄的四男武田胜赖，藉此与美浓国相邻的武田信玄缔结同盟。但雪姬于产下武田信胜后逝世，为此织田信长让嫡男织田信忠与武田信玄六女松姬约定婚约以保持友好关系，此作法也应用至周围各势力以巩固本国内外。彻底解决了东线之忧。
永禄十一年（1568）九月，信长发兵拥义昭上洛，途中得到北近江浅井氏势力的支持进京。采取对抗态度的南近江战国大名六角父子，遭织浅联军的猛攻。六角氏有力支族箕作氏被丹羽长秀成功策反，六角氏无奈撤退，观音寺城遭攻陷。六角父子逃亡伊贺，带领残军展开反抗织田信长的游击战。
织田大军开始上洛
执中央政治牛耳的三好义继、松永久秀等人惧织田信长的实力而选择臣服。其它隶属于三好三人众的势力多数逃亡至阿波。至此，从三好长庆以来，执掌中央政治的三好松永政权面临织田闪电般的上洛仅半个月就垮台。十月中旬，朝廷封足利义昭为征夷大将军，同时叙从四位下参议兼左近卫权中将的官位。
义昭立即下令将对暗杀义辉持纵容态度、怂恿天皇封足利义荣为将军的近卫前久流放，并让二条晴良复任关白之职。又将自己的偏讳授予管领细川昭元、畠山昭高，以及关白家的二条昭实，用来巩固自己的统治。同时在山城国设置守护，掌握了兄长义辉所拥有的山城国御料所。
信长对义昭的作法嗤之以鼻，义昭受公家思想影响认为只要掌握高层就可以坐稳将军之位。殊不知乱世之中财力人才才是基础，信长将矛头指向拥有大量钱粮的宗教势力本愿寺，以及拥有优越贸易往来的堺港。强令本愿寺负责军费开支同时将堺港的税收霸占。
堺港工商业非常发达，摄津国、河内国和和泉国三国的商人都会集中这里做买卖，故它是一商业城市，更重要的是由于临海成为了良港，所以它还是明日勘合贸易的中心。凭借着大量的财富，当地商人势力崛起，加之十数年幕府控制力羸弱，堺慢慢发展为一种新型的自治城市。
繁荣的堺港
当地的工商业头目在战国时代为避免受到战争波及，组织了“会合众”以自治的形式管理此地，并依靠雄厚财力在城市的四周建立了城墙和护城河。以维持堺的独立自主，不隶属任何领主。被当时来到日本的西方传教士称为像威尼斯一样的自治城市。
通过堺港织田家与明朝、南蛮（西方）进行贸易，不仅给织田信长带来了经济上的利益，先进的实用科学，如数学、地理学、医学、天文学、造船术等也传入了日本，也使日本人大开眼界。尤其是火器的大量购入，改变了战术和城池的建造。
信长为了确保家臣与士兵的俸禄不会短缺，同时为了防止地方诸势力拥兵自重，构成内部不安定的因素，开始采取“检地”，就是缩小诸势力的领地，透过固定对诸势力援助的方式，使这些诸势力逐渐降低其主体性，不但增加了自己的收成，也降低了境内发生暴动的可能性。
同时，虽然织田家包括信长本人都是信仰法华宗，但在对一向一揆、延历寺的政策以及在安土城的石壁上采用地藏菩萨、墓石等事，都显示出其内心并没有将宗教放在心上。日本的寺院拥有广大的庄园，织田信长在施行土地测量之后，将多出来的土地与予没收。寺院如果反抗，他即将其庄园全部没收，赐给他的部下。逐渐走向中央集权国家。换言之，织田信长的对手除了战国武将之外，他还要阻止借助宗教而兴起的诸势力。
织田信长并非否定宗教，而是考虑将其视为天下布武事业的一环，将现存宗教与政治分离、或政治上的宗教统一。安土城内安置了一个信长化身称为“梵山”的大石，将其做为御神体（神圣的物体或神的化身），并要求家臣、领地人民去膜拜。
织田家管控近畿后，这些政策自然侵害了本愿寺与堺港豪族等利益。本愿寺显如表面顺从内心开始等待推翻织田信长的良机。足利义昭提议让信长担任副将军之位，但却遭信长谢绝，关白、太政大臣也被信长拒绝。即所谓的三职推任，到底信长为何继续无官的状态？但这一切都随着本能寺之变而成为谜团了。
此时，开始对伊势的侵攻，永禄十一年（1568年）神户具盛投降，织田信长将三男织田信孝送往神户氏为其养子。永禄十二年（1569年），织田信长和伊势国司北畠具教开战。趁织田信长率领织田军主力返回美浓的空隙时，三好三人众与斋藤龙兴等美浓浪人众共谋袭击足利义昭御所所在的六条本国寺（六条合战）。织田信长在大雪中堪称神速的行军，仅用两天援军就抵达京都。而在织田信长抵达前，由于浅井长政援军与明智光秀的奋战击退了三好斋藤军。
呼应三好军的入江春景于高槻城遭织田信长进攻。入江春景投降后，信长不再原谅其背叛而处刑之。同时信长要求堺市再交出两万贯的矢钱（军费）给织田家。同年，信长为限制足利义昭的幕府将军权力，订立了称为“殿中御掟”九条的掟书（公布法或公定法）之后又追加了七条昭告天下，并让足利义昭承认这项命令。但因此事使得足利义昭与织田信长的对立已然成形。
信长扫平近畿三好残军后攻打北条具教，在兵力劣势下接受信长开出的条件而投降。该条件是“织田信长次男织田信雄作为具教嫡男北畠具房的养子”。至此伊势国为织田氏所支配。足利义昭眼见织田势力越发强盛，信长又无视将军漠视天皇。只好秘密致信武田家、朝仓家、比叡山延历寺、石山本愿寺等，组成了第一次信长包围网。同时堺港自发组织了四千人的队伍加入讨伐织田。浅井长政因老盟友朝仓氏也背离了织田信长，并在信长攻打朝仓时突袭其后，在秀吉军奋战殿军后信长狼狈逃回岐阜。
你足利义昭不是以幕府将军的名义命令各方大名讨伐我么？我就让出面调停，毕竟此时，无论是幕府将军还是天皇，都是傀儡，但天皇终究在名义上还是比幕府将军大的。而正亲町天皇也是特别识相，只要织田信长给点钱粮，就答应了织田信长的要求，出面发出和谈敕命；这些势力就算胆子再大，再不把天皇放在眼里，但如果公然违抗天皇的敕命，就会成为国家公敌。
这就是日本版的“挟天子以令诸侯”，战国时期，天皇虽早就没有了实权，但仍受到大名们的庇护，由此才能维持“万世一系”。尤其是天皇在不断地被“神化”后，对底层百姓格外好使，简直就是“一向一揆”的克星。织田信长正是靠着正亲町天皇的帮助，顺利地度过了一次又一次的危机。为打破窘境，信长奏请正亲町天皇颁布敕令。
天皇颁布敕令
因天皇敕令而成功与浅井、朝仓军和解。此时据大久保忠教所记载的“三河物语”中，提到织田信长对朝仓义景的说法是“天下是朝仓大人所有，我将不再妄想”。但等信长次年缓过劲后在近江姊川河原，联合德川家康（松平元康）军与浅朝联军对战，史称姊川之战。会战中织田军一度因浅井方的先锋矶野员昌突击陷入苦战，幸有德川的军队击破朝仓军后对浅井进行夹击，终于击溃浅朝联合军。此战后有铁炮名人杉谷善住坊试图暗杀织田信长未遂。
反织田势力在近畿与织田家作战失败后逃入了京都附近的日本佛教圣地比睿山，织田信长下令杀死了山上数千的僧侣、妇孺老人，后放火烧掉仍持续抵抗的比睿山延历寺。意图借此威慑周边反对势力，此暴行激起本愿寺显如大怒下称信长为佛敌，致信各大名一起讨伐织田信长。（信长如此暴行也有可能为爱将森可成、重臣坂井政尚与弟弟织田信治的战死报仇。）
元龟三年（1572）七月，织田信长嫡男织田信忠初次出阵。生母为侧室生驹吉乃，为织田信长正室浓姬的养子，因此被视为嫡长子。同年十月，武田信玄呼应足利义昭的出兵邀请，终于开始上洛。三万大军开始侵攻织田领地的东美浓与德川领地的远江。织田、德川军开始抵抗。武田军秋山信友进攻东美浓的岩村城时，城主景任病逝，其遗孀岩村殿（信长的叔母）将织田信长五男坊丸收为养子，并立织田胜长为城主抵抗来军。秋山信友对岩村殿使出连婚的谈和条件，岩村殿开城投降并和秋山信友成婚，把坊丸做为人质送往甲斐，令东美浓大半落入武田的支配。
同时德川军于一言坂之战为武田军大败，接着连远江、三河诸城都一一陷落，战况逐渐对德川军不利。信长为挽救战况，派出由佐久间信盛、平手泛秀率三千援军（织田家多面作战能拿出三千支援已经是极限了）到三河，并致信家康不要出战，但家康以为自己可以对付信玄没有采纳防御战法，在十二月远江三方原之战中，织田、德川联军被武田军大败，平手泛秀战死。
武田信玄大败德川、织田援军
武田军继续西上，从远江开始进攻三河野田城，而将军足利义昭则在三好义继及松永久秀等人协助下举兵呼应武田信玄的上洛行动。两面受敌的织田信长为解决困境，经正亲町天皇出面（发出敕令）与足利义昭和解。四月十二日，当信玄一举上洛之时突然病死于信浓国驹场（今长野县下伊那郡阿智村），武田军带回信玄遗体返回甲斐。
天正元年（1573），武田撤军后信长对正亲町天皇提出让位的要求。但正亲町天皇并非是个言听计从的人物，加上当时织田信长掌握近畿不稳，在各地又有强敌环伺，天皇拒绝后即明快地不再要求。有说法是正亲町天皇自己提出退位而向信长征求意见《御汤殿上日记》，作者认为并不矛盾应是天皇察觉出信长之意，以退为进来试探敲打信长。关于信长与天皇的关系，是相互对立和扶植。
天正三年（1575）底，织田信长叙任权大纳言，任右近卫大将。信长让出织田家家督之位给嫡男织田信忠，同时也让出美浓尾张等领地于名义上隐居。但信长仍然处于执行织田家政治军事实权。次年初，于琵琶湖湖岸开始亲身指挥建筑安土城。天正四年（1576年），织田信长打破对北畠亲子人身安全的承诺，北畠具教与次子长野具藤一同被杀，北畠具房数年后在幽禁中死去。织田信长对伊势的神户具盛亦采同样的政策。神户氏接受织田信孝成为神户家养子后，神户具盛被软禁。
天正七年（1579年），建成了五层七重且豪华绚烂的安土城。据言安土城内部极为通风。耶稣教会的传教士在寄回母国的信上赞叹：“即使欧洲也没有如此豪华的城堡”（当时明朝为世界中心，欧洲还在学习咱们）。织田信长把岐阜城让给织田信忠，并迁入其新筑于南近江（今滋贺县）的安土城。信长就以此为据点开始迈向一统天下之路。
