美国各州与中央政府之间自共和成立初期曾有过一场持续的纷争，不管是对于中央的权力或者公民的效忠。
于1828年与1832年，国会通过提高对欧洲工业产品的关税以利北方各州的工业。由于这项关税政策将对倚重对欧洲大量外销农产的南卡罗来纳州及其它南方各州造成经济上之冲击，美国南方农业州担心欧洲各国会报复美国而提高对美国农产的关税，因此强烈反弹。对此南卡罗来纳州议会召开州代表大会，通过《联邦法令废止权条例》，宣布1828及1832年的关税法于该州内无效作废。州议会并通过相关法令以贯彻该项条例，包括授权组织军队与购置武器。为回应南卡罗来纳州的威胁，国会通过了《军力动员法》，而杰克逊总统于1832年11月派遣七艘小型海军船只与一艘武力军舰前往查理斯顿。12月10日，杰克逊致辞反制联邦法令废止权条例的一方。
在内战前夕，美国是由四个截然不同的区域组成的国家：
- 东北部（即今新英格兰）—成长中的工业与商业及相应之人口密度增长；
- 西北部（即今美国中西部）—自由农民于此迅速发展，拜西北条例所赐此处永无奴隶制度；
- 上南方－垦殖农场，但部分区域经济衰退；
- 西南方－雨后春笋般蓬勃发展的棉花经济区。
上南方
这时19世纪最畅销的小说——《汤姆叔叔的小屋》出版。这本反奴隶制小说深刻地描绘出奴隶制度残酷的本质，并认为基督徒的爱可以战胜由奴役人类同胞所带来的种种伤害，这让北方的人民知道奴隶们的辛酸血泪，加速《废奴令》的颁布。小说中关于非裔美国人与美国奴隶制度的观点曾产生过意义深远的影响，并在某种程度上激化导致美国内战的地区局部冲突。
《汤姆叔叔的小屋》，波士顿版
南北战争爆发前，美国宪法为将来政府提供和平辩论的基础，并且能够平衡这个新的国家关系中的利益冲突和矛盾，在数年间，自由州和蓄奴州的数目在妥协中逐渐令参议院得以平衡。1845年最后一个蓄奴州得克萨斯得到承认，五个自由州在1846年到1859年间得以认可，原先是蓄奴州的堪萨斯在先前被拒绝，随后在1861年以自由州加入。随后在北方兴起大规模民主的工业革命和工业化浪潮，旧的两党格局解除，日益激烈和敌对的意识形态导致以往为了避免危机而订立的君子协定（例如密苏里妥协与1850年妥协）越来越不可能（堪萨斯内布拉斯加法案打破这个原则）。同时美南各州保持奴隶制，让北方各州成为新移民优先选择的目的地，以致美北在国会和总统选举优势按照人口规模日益强大。
1850年代党争在本质和强度急剧转变。共和党在1854年成立，当时这个新生政党与林肯都反对自由贸易，以便保护美北新兴的工业。虽然有着小部分北方人支持令南方废除奴隶制度的措施，但共和党仍有能力得到不愿和奴隶竞争的北方人和西部人的支持。共和党赢得很多前辉格党员及担心美国参议院、布坎南政府及最高法院受南方不成比例之影响的北方前民主党员。
同时，棉花的丰厚利润加深南方对种植及奴隶的依赖，南方各州的政治和社会亦被少部分奴隶主（特别是棉农）所把持。
共和党林肯的当选引发南方的脱离。林肯是废奴主义之中的温和派。他承诺尽其所能反对奴隶制度在新领土的扩张（及阻止任何新蓄奴州加入联邦）；但也强调联邦政府无意废除已实行州份的奴隶制度，所以他会执行逃奴法。南方州份则预期会对它们独特的制度敌意增加，并不信任林肯以及其他更为激进主张全面废奴的共和党员。林肯甚至在1858年以《自相纷争之家演说》鼓励废奴主义者通过对奴隶主的经济补偿并组织前奴隶迁离蓄奴州，渐进地以和平手段终止蓄奴制度。
由于林肯胜选总统，蓄奴州失去在参议院的权力平衡，并将会面对在总统府和国会在数十年控制后的持续弱势。南方人也感到不能阻止类似莫里尔关税法的保护主义关税。
在1798年《肯塔基及弗吉尼亚决议案》及1832年举行联邦法危机之前经已辩论，面对关税的威胁，南方以此为由单方面行使州权脱离联邦。
亚伯拉罕·林肯 第16任美国总统（1861-1865）
工厂主和种植园主的冲突来自美国北方的共和党人林肯虽然不是解放黑奴的倡议者，但他认为蓄奴不人道，反对扩大蓄奴，而一向以奴隶来发展产业的南方对此感到强烈反对。然而，北方对于南方此等反人道行为亦产生仇视心理，双方开始出现矛盾。 1860年，林肯当选总统，而林肯在政纲中提及的保护关税及《宅地法》大大削弱了南方奴隶主的利益。这使南卡罗来纳州在1861年旋即宣布退出联邦，而南方各州亦纷纷响应南卡罗来纳州，脱离联邦，并成立美利坚联盟国，推举来自肯塔基州的杰斐逊·戴维斯为总统。两个月后，南方政府开始发动武装起事，北方政府被逼应战，南北战争开始爆发。
1860年美国总统选举后，在林肯入主白宫前，有七个州脱离联邦，1861年2月9日，它们组织建立了一个新的南方政府—美利坚联盟国。在布坎南的轻微抗议下，它们取得范围内联邦城堡和物业的控制权。讽刺的是，在脱离后，反抗的州份减弱对有争议地域的要求，取消北方归还逃奴的责任，并保证它们长期反对的议案和修订得到顺利通过。1861年4月12日内战由联盟国将领皮埃尔·博雷加德向南卡罗来纳州查尔斯顿港的萨姆特堡开火开始。
许多宗派早对蓄奴制度有不同看法, 如果格会向来反对奴隶制。开战前由于南北双方奉行的政策不同，加上第二次大觉醒的影响，使得宗教界也出现严峻的考验，北方的教会不断设法通过对圣经经文的不同诠释，对解放黑奴加以辩护。在南方的教会领袖如：罗伯特·刘易斯·达布尼引用了喀尔文宗的思想，支持奴隶制，和南方脱离联邦的行动提供看似合理的理论依据。因为南北的分歧，使得教会间互不信任、互相抨击，导致教会的分裂。长老会早在1837年早已分裂为美北长老会与美南长老会，除了种族问题，其它的事件使得教派分裂更为复杂化。而卫理宗及浸信会也在这一波风暴中各自分歧为美北卫理宗, 美南卫理宗,以及美南浸信会和美北浸礼会。
奴隶制与“分争之家”到1850年代，奴隶制在美国南部仍然合法，而在北部州则逐渐被非法化，如伊利诺伊州[83]。林肯反对奴隶制和将奴隶制扩展至西部的新领土。为了反对支持奴隶制的《堪萨斯-内布拉斯加法案》（1854年），他重回政治；这一法案废止先前限制奴隶制的《密苏里妥协》（1820年）。伊利诺伊州参议员斯蒂芬·A·道格拉斯将“人民主权论”并入这一法案：他的条款规定定居者可以自由选择是否在新领土上采取奴隶制，而非将这一决定交由国会；林肯反对这一条款。
埃里克·福纳（2010年）对比废奴主义者和美国东北的激进共和党人（将奴隶制视为罪）与保守派共和党人（认为奴隶制的坏处在于其损害白人的利益并阻碍进步）。福纳认为林肯是一个身处中间的温和派，他反对奴隶制的原因是其违反国父们拟定的共和主义原则，尤其是在《独立宣言》中提到的所有人的平等和民主自治权利。
德雷德·斯科特肖像。林肯称最高法院在《斯科特诉桑福德案》中的决定是一项扩大奴隶制的阴谋。
1854年10月16日，在他的《皮奥里亚演说》中，林肯公开自己对奴隶制的反对态度，并一直重申之直至他当选总统。他以自己的肯塔基口音，以强有力的声音发表演说，称堪萨斯法案中有“公开的中立，但我认为它必须是隐藏着真实的传播奴隶制的热情。我不由得憎恨它。我憎恨它，因为奴隶制本身便是巨大的不公。我憎恨它，是因为它使我们失去让我们的共和制在世界上发挥正义影响的资本。”
1854年末，林肯作为伊利诺伊州辉格党候选人竞选参议院议员。当时，参议员由州立法机关选举。在前六轮投票取得领先但始终无法取得过半之后，林肯以罕见的态度指示支持者将票投给立场相近的少数派莱曼·特伦布尔，而后者也最终击败他的对手乔尔·阿尔德里奇·马特森。辉格党已经为《堪萨斯-内布拉斯加法案》所分裂，其局面难以挽回。林肯写到：“我认为我是个辉格党人，但其他人却说并没有辉格党人一说；说我是一个废奴主义者，但我做的却仅仅是反对扩张奴隶制而已。”
于是在旧辉格党、自由土地党、自由党和民主党党员的基础上，林肯推动新的共和党的建立。在1856年共和党全国大会上，林肯在本党副总统候选人选票上排名第二。
1857年–1858年，道格拉斯同总统詹姆斯·布坎南决裂，导致民主党内部产生权力斗争。甚至有一些东部的共和党人都支持他连任参议员，原因是他当时主力反对《列康普顿宪法》，而这一宪法将使堪萨斯州成为蓄奴州。1857年3月，最高法院对《斯科特诉桑福德案》做出裁定：首席大法官罗杰·B·托尼认为黑人并非公民，因此不能从宪法中获得权利。林肯谴责这一裁决，并称它是民主党支持奴隶主权力的政治阴谋[96]。他说：“独立宣言的起草者们本意绝不是‘人人在肤色、体型、智力、道德和社会能力上是平等的’，但他们的确认为‘人人生而平等——在不可剥夺的权利上是平等的，其中包括生命、自由和追求幸福的权利’。”
1858年，州共和党大会提名林肯参选参议院。林肯由马可福音3:25中汲取灵感，发表《分争之家演说》：“若一家自相分争，那家就站立不住。我认为这个政府不能在半奴隶半自由的状态下长存。我不希望这个联邦分崩离析——我不希望这个家灭顶颠覆——但我确实希望它结束分争。它将向两条迥然相异的方向发展。”这一演说描绘在奴隶制争论之下的分立所带来的危险，并激励北方的共和党人。由此，全州的选举也即将展开，州立法机关将选择林肯或道格拉斯作为伊利诺伊州参议员。
战争开始南卡罗来纳州萨姆特堡的指挥官罗伯特·安德森少校向华盛顿要求提供军需，而林肯同意了这一要求，分离主义者们视此为战争行为。1861年4月12日，邦联军队向萨姆特堡的联邦军队开火，迫使他们投降，内战由此开始。史学家阿兰·内文斯称新上任的林肯犯了三个错误：轻视了危机的严重程度、夸大了南方同情联邦的程度，以及没有意识到南方同情联邦的人坚持要求不要入侵。
威廉·特库姆塞·舍曼在林肯就职的当周与他交谈，对他没有意识到“国家正安眠于火山口之上”和南方已经在为战争做准备感到“十分失望”。唐纳德说：“在就职和萨姆特堡走火之间的几个月里，他不停地试图避免冲突，这体现他对‘不洒下第一滴同胞的血’的承诺的坚持；然而他同样承诺堡垒不会投降。这相互矛盾的立场的结果便是邦联必须打响第一枪，而事实上他们也就这么做。”
4月15日，林肯要求所有州派出总共75,000名军人，重夺堡垒，保卫华盛顿，“保护联邦”——在他的眼中，联邦仍然存在。这一要求使各州必须决定立场。弗吉尼亚宣布脱离，作为奖励，邦联定都里士满，虽然里士满距离联邦相当近。北卡罗来纳、田纳西和阿肯色也在之后的两个月投票决定脱离。脱离的意向在密苏里和马里兰十分强烈，但最终没有成行；肯塔基则试图保持中立。
在林肯发出命令之后，军队前往华盛顿保卫首都。4月19日，巴尔的摩控制铁路的分离分子攻击邦联军队。林肯暂停人身保护令，由此巴尔的摩市长乔治·威廉·布朗和其他马里兰州有嫌疑的政客在未被批准的情况下被逮捕和羁押。马里兰州一个分离主义团体的领袖约翰·梅里曼上书首席大法官罗杰·B·托尼，希望他开出人身保护令，并称不经审讯便关押他是非法的。托尼签署人身保护令，由此要求释放梅里曼，但林肯无视这一要求。在这之后和战争期间，林肯受到反战民主党人的强烈抨击，这些人被称为“铜头蛇”。
安德森少校，萨姆特堡指挥官
在萨姆特堡陷落之后，林肯意识到立即行政指挥战争以及制定反叛总策略的重要性。面临着前所未有的政治和军事危机，他作为总司令做出应对，前所未有地运用权力。他扩大自己的战争权力，封锁所有邦联港口，在国会同意之前拨款，并且在暂停人身保护令之后逮捕和关押数千名有嫌疑的邦联同情者。在这些行动上，林肯得到国会和北方民众的支持。除此之外，林肯还需要保证边缘蓄奴州对联邦的同情，并且使战争不要扩展成为国际冲突。
战争使林肯逐渐受到蔑视，并占用了他大部分的时间和精力。从战争一开始，他意识到两党合作对于战争的胜利是必要的，但任何形式的妥协都会使双方不满，例如任命共和党人或民主党人担任联邦军指挥。铜头蛇们批评林肯拒绝在奴隶制上让步；而激进共和党人则批评他在废除奴隶制的道路上走得太慢。1861年8月6日，林肯签署《充公法案》，授权没收并释放被用于邦联战争的奴隶。事实上这一法令作用很小，但它体现了对在邦联中废除奴隶制的政治支持。
1861年8月末，1856年共和党总统候选人约翰·C·弗雷蒙特将军在未经请示华盛顿上级的情况下，宣布在密苏里州实施戒严。他宣布任何被发现携带武器的平民将被送上军事法庭并射杀，此外支持叛乱的奴隶将获自由。弗雷蒙特此前已经因为在军队中的渎职受到指控，并被控欺诈和腐败。林肯否决弗雷蒙特的法令，他认为弗雷蒙特释放奴隶的行为是政治行为，在军事上不是必须的，且也不是合法。在这之后，联邦来自马里兰、肯塔基和密苏里的军人数目上升超过40,000。
1861年末的特伦特号邮轮事件使美国和英国处于战争边缘。美国海军在公海上非法拦截英国商船特伦特号，并逮捕两名邦联公使；英国表示抗议，而美国则欢欣鼓舞。林肯释放这两人，成功避免同英国的战争。一开始由于经验不足，林肯的外交政策主要是不插手，他将外交决策基本交给国务卿威廉·苏厄德。苏厄德对于特伦特事件的最初反应太过激烈，由此林肯找到参议员、参议院外交委员会主席、英国外交专家查尔斯·萨姆纳。
为了学习军事术语，林肯从国会图书馆借得并学习亨利·哈勒克的书籍《军事艺术和科学的元素》。他十分费心地关注华盛顿战争部的电报；密切关注军事的每一个方面，与部长商讨，并根据过去的成绩（以及所在州和政党）任命将军。1862年1月，在对战争部的暴力和低效的控诉之下，林肯撤换西蒙·卡梅隆，任命埃德温·斯坦顿为战争部长。斯坦顿是保守民主党人（1860年支持布雷肯里奇），和许多保守民主党人一样，他后来在林肯任下成为反奴隶制的共和党。
在战争策略方面，林肯认为有两者需要优先考虑：需要保证华盛顿防卫得当，以及积极出战，以满足北方对迅速和决定性胜利的渴求；主要的北方报纸认为应当在90日内赢下战争。林肯每周两次在下午同内阁会晤，玛丽·托德偶尔会要求他乘车，担心他工作得过于辛苦。林肯从参谋长亨利·哈勒克将军（欧洲军事策略家约米尼的学生）处学到控制战略要地的重要性，例如密西西比河；同时他也明白维克斯堡的重要性，并明白击败敌军要比占领土地重要。
“操作‘机器’”：1864年政治漫画，抨击林肯政府。
解放奴隶宣言林肯明白联邦政府废止奴隶制的权力是受到宪法限制的——在1865年前，这一问题被交由州自己处理。他在当选之前和之后都提到，禁止奴隶制扩张到美国新领土将会导致奴隶制的最终灭亡。在战争初期，他尝试说服各州接受“有偿解放”以使他们终结奴隶制。他认为通过这些方式来限制奴隶制会在经济上消灭之，就如国父们所设想的那样。林肯分别在1861年8月和1862年5月拒绝由约翰·C·弗雷蒙特和少将大卫·亨特提出的有地域限制的解放方案，理由是他们没有这样的权力，并且这样做将会激怒忠于联邦的边缘州。
1862年6月19日，在林肯的支持下，国会通过法案禁止在联邦土地上实施奴隶制。1862年7月，《第二充公法案》获得通过，这一法案将解放支持叛乱者所拥有的奴隶。林肯认为国会并没有权力在那些州中解放奴隶，但仍然服从国会签署法案。他认为这样的行动只有总司令在宪法授予的战争权力下才能采取，并且他自己也打算这么做。同月，林肯同内阁成员讨论一份《解放奴隶宣言》的草稿。在草稿中他写到：“根据事宜且必须的军事手段，1863年元月1日起，所有在联盟国为人占有而做奴隶的人们都应在那时及以后永远获得自由。”
林肯私下决定在此时邦联的奴隶制基础必须被摧毁。然而铜头蛇抗辩道解放奴隶的行为将对和平和统一产生阻碍。颇有声望的《纽约论坛报》的共和党编辑霍勒斯·格里利便为之所影响，林肯便在1862年8月22日直接写信驳斥，林肯说，尽管他个人希望所有人都能自由，但他作为总统采取这项措施的主要目的是要维护联邦：
我在这场斗争中的首要任务是维护联邦，而不是保存或摧毁奴隶制。如果我能够维护联邦而不需要解放任何奴隶，我会这么做，而如果我能够通过解放所有奴隶而维护联邦，我会这么做；而如果我能通过解放一些奴隶，不管其他奴隶而维护联邦，我也会这么做。我为奴隶制和有色人种所做的，是因为我认为这么做能够维护联邦；我不做的，是因为我不认为做了将会维护联邦。我已经根据我对公务的理解阐明我的目的；我也不准备对我时常提到的个人愿望，即所有地方的所有人都应自由，做出任何更改。
1862年9月22日，《解放奴隶宣言》正式实施，并于1863年1月1日生效，宣布在不为联邦所控制的10个州解放所有奴隶，但规定在两个联邦已经控制的州之下的例外。在接下来的100天里，林肯使军队和国家为解放做好准备；而民主党则在1862年的小年选举中警告选民解放奴隶对北方的白人可能存在威胁。
在反叛州废奴成为一项军事目标，联邦军队南下，一路解放奴隶，直至邦联领土内的所有300万奴隶都被解放。林肯对《宣言》的评论是：“在一生中，我确信，我未做过比签署此宣言更加正确的决定。”在一段时间内，林肯延续早先为解放奴隶建立殖民地的计划。他在《宣言》内对殖民计划积极的评论，但是这一举措最终失败。在《宣言》公布几日之后，十三个共和党州长在战时州长会议上会晤；他们支持《宣言》，但希望将乔治·B·麦克莱伦将军从联邦军总指挥位置上撤下。
在《解放奴隶宣言》出台之后，将前奴隶召入军队成为一项官方政策。至1863年春，林肯已经准备好大量招募黑人士兵。在写给田纳西州战时州长安德鲁·约翰逊的信中，林肯鼓励他领头招募黑人军人，并写到：“50,000名武装且受训的黑人士兵出现在密西西比河岸上，将能够立刻终结叛乱。”至1863年年末，在林肯的指示下，洛伦佐·托马斯将军已经从密西西比河谷招募20个团的黑人士兵。弗雷德里克·道格拉斯如此评论林肯：“在他身边，我从来没有想起我的卑微出身，或是我那不受欢迎的肤色。”
林肯向内阁提出第一稿《解放奴隶宣言》。1864年作品
蟒蛇计划及联邦封锁，南北全面开战美军司令温菲尔德·史考特订定蟒蛇计划以尽量减少流血之下胜出战争。他的计划是以联邦封锁主要港口来削弱联盟国经济；然后夺取密西西比河以切断南部。林肯接纳计划，但否决史考特反对立即攻击里士满的警告。
1861年5月，林肯对所有南部港口实施联邦封锁，终止联盟国大部分国际船运。违法的船只及货物被掳获而很多时候不被保险所保障。在1861年后期，封锁阻止大多数港口之间的交通，并中止棉花贸易，打击南方经济。英国投资者建造小型快速的走私船从古巴及巴哈马运来军火及奢侈品交换高价的棉花及烟草。[3]被掳获时，走私船及货物被出售而收入归联邦水手，英国船员则获释。封锁引发粮食及其他用品的短缺，加上联盟国征收粮食引致南部恶性通货膨胀及粮食暴动
1862年3月，联盟国海军铁甲舰弗吉尼亚号向联邦海军发动攻击借此打开封锁；初期势不可挡，但次日在汉普顿锚地海战与新型联邦战舰莫尼特号交战。战役不分胜负，这对联邦而言是保住封锁的战略胜利。联盟国在逃走时凿沉弗吉尼亚号以避免被掳，于是联盟国开始建造莫尼特号的复制品。由于欠缺建造高效能战舰的技术，联盟国尝试向英国购入战舰。1865年1月联邦在第二次非瑟堡之役的胜利封锁最后一个南方可用的港口并中止走私。
1861年4月20日，纽约市举行支持联邦的大规模集会
蟒蛇计划及联邦封锁，南北全面开战美军司令温菲尔德·史考特订定蟒蛇计划以尽量减少流血之下胜出战争。他的计划是以联邦封锁主要港口来削弱联盟国经济；然后夺取密西西比河以切断南部。林肯接纳计划，但否决史考特反对立即攻击里士满的警告。
1861年5月，林肯对所有南部港口实施联邦封锁，终止联盟国大部分国际船运。违法的船只及货物被掳获而很多时候不被保险所保障。在1861年后期，封锁阻止大多数港口之间的交通，并中止棉花贸易，打击南方经济。英国投资者建造小型快速的走私船从古巴及巴哈马运来军火及奢侈品交换高价的棉花及烟草。被掳获时，走私船及货物被出售而收入归联邦水手，英国船员则获释。封锁引发粮食及其他用品的短缺，加上联盟国征收粮食引致南部恶性通货膨胀及粮食暴动。
1862年3月，联盟国海军铁甲舰弗吉尼亚号向联邦海军发动攻击借此打开封锁；初期势不可挡，但次日在汉普顿锚地海战与新型联邦战舰莫尼特号交战。战役不分胜负，这对联邦而言是保住封锁的战略胜利。联盟国在逃走时凿沉弗吉尼亚号以避免被掳，于是联盟国开始建造莫尼特号的复制品。由于欠缺建造高效能战舰的技术，联盟国尝试向英国购入战舰。1865年1月联邦在第二次非瑟堡之役的胜利封锁最后一个南方可用的港口并中止走私。
东部战场（1861–1863）东部战场囊括了在阿巴拉契亚山脉以东的军事行动，地理上包括弗吉尼亚、西弗吉尼亚、马里兰、宾夕法尼亚、哥伦比亚特区，以及北卡罗来纳的海岸堡垒及海港。
由于在弗吉尼亚州马纳沙斯小撮邦联军队的猛烈抵抗，在1861年7月，在欧文·麦克道尔少将率领一次向邦联的行军并进行第一次马纳沙斯之役[6]（第一次牛奔河之役），及后被联盟国军将领约瑟夫·强斯顿及皮埃尔·博雷加德击退返回华盛顿。
1861年7月东战场展开马纳沙斯会战。7月21日，北方发起向南方首都里士满进军的攻势，3.5万北方军队排着整齐队形，在军乐声中向里士满进军。由于北军事先大张声势，认为南军不堪一击，加上这一天是星期六，于是许多华盛顿市民、国会议员、记者等身着盛装，携妻带子，提着装有野餐的篮子，有的坐马车，有的随军队步行，像过节一样，前来战地观光，看热闹。
南军2.2万在铁路枢纽马那萨斯列阵相迎。北军在观众的欢呼声中向南军发起攻击，猛烈的炮火把南军阵地笼罩在烟雾中。北军继而跨过布尔河向对岸发起冲锋。不料南军指挥官是名将托马斯·杰克逊，他沉着指挥，击退北军五次冲锋。由于双方军服几乎相同，一时敌我难辨，战场一片混乱，战斗十分激烈。不久，南军9000援军赶到，发起反攻。缺乏训练的北军一触即溃，丢下大批枪枝弹药逃回华盛顿。这一仗，北军损失约3000人，南军损失不到2000人。
这次战役中，南军将领汤玛士·杰克逊得到“石墙”的称号，因为他有如石墙般抵御联邦军队。美国国会被这次失败所惊醒，为了防止更多蓄奴州脱离联邦，同年7月25日通过克里斯坦-琼森声明，声称战争是为保存联邦而不是终止奴隶制度。
乔治·麦克莱伦少将在7月26日接手联邦波多马克军团（他曾当联邦军司令，但其后让亨利·哈勒克接替），战争在1862年正式展开。
在总统林肯强烈要求开始进攻行动下，麦克莱伦在1862年春季由里士满东南方约克河与詹姆斯河之间的弗吉尼亚半岛入侵弗吉尼亚州。虽然麦克莱伦在半岛会战中一度推进至里士满大门，然而在七松之役中，约瑟夫·强斯顿阻止了他的前进，随后罗伯特·李和部下詹姆斯·隆史崔特、约瑟夫·强斯顿在七天战役将他击退。此外，麦克莱伦违反总司令哈勒克的命令，未支援在弗吉尼亚州由约翰·波普所率领的联邦军，令罗伯特·李的联盟国军更易打败为数两倍的敌军，获得北弗吉尼亚会战的胜利
在第二次牛奔河之役的鼓励下，联盟国首次入侵北部，9月5日，李将军率领北弗吉尼亚军团45,000人越过波多马克河进入马里兰州。林肯随后将波普的部队归还麦克莱伦。9月17日，麦克莱伦和李将军在马里兰州夏普斯堡附近安提耶坦之役交战，是美国历史上最血腥的一天。李的军队最后被阻止，在被麦克莱伦歼灭之前撤回弗吉尼亚州。安提耶坦之役被认为是联邦的胜利，因为它阻止李将军的北侵，并让林肯有机会宣布《解放黑人奴隶宣言》。
然而麦克莱伦未能在安提耶坦追击后，因而被安伯洛斯·伯恩赛德少将接替。然而伯恩赛德很快就在12月13日的弗雷德里克斯堡战役落败，他向玛莉高地发动正面进攻却徒劳无功，超过12,000联邦士兵伤亡，战后伯恩赛德被约瑟夫·胡克少将取代。但胡克同样无法击败李将军的军队，虽然数量上与联盟国比较超过2比1，他在1863年5月在钱斯勒斯维尔战役遭到羞辱。在6月李将军的第二次北侵被乔治·米德少将接替。
米德在7月1日至7月3日最血腥的盖茨堡之役打败李将军，并被认为是整场内战的转捩点。在7月3日的皮克特冲锋亦是联盟国军的最后高潮，不单是因为它代表李将军计划向华盛顿施压的终结，而且控制密西西比河的主要据点维克斯堡在翌日被格兰特所指挥的联邦军攻陷。此役李军死伤约28,000人，米德军23,000人。但林肯不满米德未能拦截李的撤退，在米德发动了不具决定性的秋季攻势后，林肯决定转向西部战场。
西部战场（1861–1863）西部战场是指阿巴拉契亚山脉和密西西比河之间的战场，包括亚拉巴马、乔治亚、佛罗里达、密西西比、北卡罗来纳、肯塔基、南卡罗莱纳、田纳西，以及部分路易斯安那。
正当联盟军在东部取得无数的胜利时，然而他们却在最关键的西部失败。联盟军在早期的豌豆岭战役中被联邦军从密苏里州赶了出去。另外，联盟国的李欧尼达斯·波克将军在肯塔基州发动的侵入行动，结果也激怒该州的民众，因此，肯塔基州便成为盟国的敌人。
纳什维尔（田纳西州的首府）也于1862年输给联邦军。自从1862年5月份，密西西比州的第10号岛、密苏里州的New Madrid、田纳西州的孟菲斯和路易斯安那州的新奥尔良几个南方大城市都被联邦军占领，从此，联邦军便可在密西西比州的土地上如“入无人之境”一般。只剩下维克斯堡（密西西比州西南部的城市）在整条河的对岸继续与联邦抗拒。
联盟军的布雷斯顿·布瑞格将军亦在第二次肯塔基州的侵略行动中被联邦军的比尔将军，于血腥的培利维尔战役中被赶走。数月后又在Stone River战役里被William S. Rosecrans的军团于田纳西州打败。但是，联盟军于近田纳西州的边境，佐治亚州里的奇卡牟加战役中取得胜利。因为布雷斯顿·布瑞格将军在这场战役里得到詹姆斯·隆史崔特军团的支援（李将军的东部援军）。尽管联邦的George Henry Thomas军团在那里英勇奋守，最终也只能撤退。
联邦的主要战争策略是来自西部的尤里西斯·格兰特所出的谋略，他曾在这次内战中控制敌军的Donelson和Henry等要塞，和田纳西州的坎伯兰河。巩固联邦政府对于密西西比州的控制，以及开始美国内战的转捩点。而且，尤里西斯将军更把联盟军由田纳西州赶了出去，并向联盟国的“心脏”地点进行入侵，那就是佐治亚州的亚特兰大。
泛密西西比战场（1861–1865）泛密西西比战场是指密西西比河以西、太平洋战场以东的作战地区。
泛密西西比战场的第一场主要战役是1861年8月10日发生的威尔森溪战役（Battle of Wilson's Creek），联盟军在密苏里的斯普林菲尔德击败联邦军。联盟军在后来1862年3月的豌豆岭战役后被驱逐出密苏里州。
于1861年，联盟国在亚利桑那州和新墨西哥州的战役都一直顺畅。而且该地的居民亦很快适应联盟国的条令，更要求联盟国派出军队将当地驻守的联邦军赶走。后来，联盟军便派出Col. John Baylor将军执行任务，并攻占新墨西哥州的一个叫Mesilla的城镇，还活捉几名联邦将领。次年（1862年），联盟军队欲北上夺取联邦的领土，但被由联邦派出的加州援军打败，因此被逼退守亚利桑那州。
Glorieta Pass战役是一场“小规模战斗”，因为在此次斗争里双方各有损伤（联邦有140人死，联盟则有190人死）。但若联盟军继续向北追上，就有可能夺取到联邦的要塞和科罗拉多州的丹佛城。所以，有一名来自得州的市民就发言说“如果没有那些来自派克峰的混账来阻挡我军，可能整个国家都是属于我们的了！”在4月份，加州组织联邦军队，并于Picacho Pass战役中将驻亚利桑那州的联盟军彻底赶走。至于美国的东部，双方的战争已进行将近3年，而西北部的战役亦宣告终结。
联邦曾经在1862年战争快结束的时期，几次欲夺取得克萨斯州、密西西比州和路易斯安那州的领土。因此，这三个州便在河流上进行封锁行动。尤其是得克萨斯州，他几乎占领和封锁所有东部的港口。同时，为了给联盟国有“后门”可逃，得克萨斯州和路易斯安那州的西部地区一直以来都不停地在陆地上，向墨西哥的Matamoros自治市提供棉属植物等庄稼，更派人航行至欧洲各地交换供应，以收买人心。联邦国为了阻止这些行动，决定对得克萨斯州进行侵略，但是每次都失败。
联盟国的胜利例如在：得克萨斯州境内的加尔维斯敦和Sabine Pass战役。这两次战争都把联邦的军队彻底地击退。特别是联邦军灾难般的失败，就是在路易斯安那州西部的红河战役，和知名的Mansfield战役。这些胜利终结联邦军对这些地区的侵略计划，直至到联盟国垮台之后。自从联盟军在东部被困和李将军的投降，内战在未来几个月里依然没有停止。双方的最后会战是在得克萨斯州南部的Palmito Ranch战役。讽刺地说，这是联盟军的“大胜利”。
征服弗吉尼亚1863年时格兰特将军已经控制整个密西西比河流域，将南方分割成东西两个部分，战略格局也从此改变。1864年初，林肯任命格兰特为联邦军总司令。
格兰特在波托马克军团建立了他的司令部，并令威廉·谢尔曼将军指挥大部分西部军队。格兰特理解全面战争的概念，并与林肯和谢尔曼一起相信，只有彻底击败南方军队及其经济基础才能结束战争。这是一场全面战争，不是要杀害平民，而是要夺取粮食和饲料、摧毁房屋、农场和铁路，按照格兰特的说法，“不然就是支持分裂国家和叛乱。我认为这项政策对加速战争结束产生了重大实质性影响。”
格兰特设计了一个协同战略，从多个方向打击整个联盟国。乔治·米德将军和本杰明·巴特勒将军奉命在里士满附近对抗罗伯特·李，弗朗茨·西格尔将军（以及后来的菲利普·谢里登将军）将进攻仙南度山谷，谢尔曼将军将攻占亚特兰大并向大海（大西洋）进军，乔治·克鲁克将军和威廉·艾弗瑞尔将军则在西弗吉尼亚州打击铁路供给线，纳撒尼尔·P·班克斯将军被派去占领亚拉巴马州的莫比尔。
格兰特的军队开始了陆上攻势，目的是让罗伯特·李参与保卫里士满，在那里他们将试图牵制并摧毁南方邦联军队。联邦军队首先试图绕过李并打了几场战斗，包括莽原战役、斯波西瓦尼亚和冷港战役。这些战斗导致双方损失惨重，迫使李的联盟军一再退缩。
巴特勒将军试图从南部包抄李，最终失败。每场战斗都给联邦军带来了损失，但与之前的将军们不同的是，格兰特选择继续战斗而不是撤退。格兰特很顽强，不断向李的北弗吉尼亚军团施压，将他们逼回里士满。当李准备迎接对里士满的进攻时，格兰特出乎意料地向南跨过詹姆斯河，开始了对彼得斯堡的长期围攻，两支军队在那里进行了九个多月的堑壕战。
与此同时，谢尔曼从查塔努加机动到亚特兰大，一路击败了南军的约瑟夫·E·约翰斯顿和约翰·贝尔·胡德。1864年9月2日，亚特兰大被攻陷，这确保了林肯总统的连任。接着富兰克林-纳什维尔会战打响，胡德离开亚特兰大，四处转移，威胁谢尔曼的补给线，并侵入田纳西州。约翰·斯科菲尔德将军在富兰克林战役击败胡德，然后乔治·H·托马斯在纳什维尔战役中大败胡德，有效地摧毁了胡德的军队。
谢尔曼的军队随后离开亚特兰大和补给基地，向一个未知的目的地进军，在他的“向大海进军”中摧毁了乔治亚州大约 20%的农场。1864年12月，他到达了佐治亚州萨凡纳的大西洋海岸。紧随谢尔曼的军队身后的是数千名获释的奴隶。在这场进军中，没有发生重大的战斗。谢尔曼接着向北穿过南卡罗来纳州和北卡罗来纳州，从南部接近在弗吉尼亚的联盟军战线，增加了对罗伯特·李的压力。
由于逃兵和伤亡，李的军队现在比格兰特的少得多。1865年4月1日，在决定性的五叉战役中，联盟军最后一次突破联邦军对彼得堡的控制的尝试失败了。这意味着联邦军完全控制了里士满-彼得斯堡地区的整个外围，将它孤立起来。意识到首都已经失去，李决定撤离他的军队。在水手溪战役战败后，剩余的联盟部队向西撤逃。
南方投降北军在战略以及经济上的优势使得罗伯特·李将军终于于1865年4月放弃南部联盟的首府里士满。这个城市是一个在迂回曲折的补给线上难以防守的地点。虽然里士满已经深沟高垒，城市的补给被谢尔曼占据亚特兰大削弱，并在格兰特包围彼得斯堡及补给里奇满的铁路后完全中断。
北军胜利的态势已经非常明显。1865年4月9日，被格兰特包围的李将军认为胜利无望，在弗吉尼亚的阿波马托克斯镇“麦克林房”向联邦军投降。受降的联邦军表现出了非传统的姿态，出于格兰特本人对李将军的尊敬，以及对南方和平回归和重建的期望，李将军被允许保留自己的佩剑和战马，李将军的军队被释放。
1865年4月14日晚，林肯遇刺，于第二天清晨逝世。安德鲁·约翰逊副总统立即接任总统。与此同时，战场中的上各个联盟军部队在听到李将军投降的消息后，接连投降。1865年4月26日，约瑟夫·E·约翰斯顿将军率领9万人的田纳西军向舍曼将军投降。这被认为是联盟军最大规模的一次投降。5月4日，所有在亚拉巴马和密西西比的联盟军投降。5月9日，约翰逊总统正式宣布叛乱结束。次日，联盟国总统杰斐逊·戴维斯被捕。6月2日，科尔比·史密斯率领联盟军泛密西西比战区部队正式投降。6月23日，切诺基部落领袖斯坦得·瓦提成为了最后一位投降的联盟军将军。最后一场投降发生于1865年11月6日，联盟军战舰线仙纳度号投降。至此，为期4年的战争结束。
南北战争成为了十九世纪首次现代化型态的战争，而铁甲舰、左轮手枪、机关枪和狙击枪也在南北战争中大放异彩。同时南北战争中的战地新闻报导，带动了报业发达，而战争中也首次使用摩斯密码与电报通讯。另外南北战争也使用火车运输士兵和物资与火炮开赴前线。内战消灭了奴隶制，从而为美国的资本主义迅速发展扫清了道路。《宅地法》的实施，加速了西部的开发。因而19世纪末美国一跃而成为世界上最先进的工农业资本主义大国。
