1948年改称“总统府”。 1949年4月23日，中国人民解放军解放南京，24日凌晨攻占总统府！
明朝时期，这里确是汉王府。在汉王府之前，还有一段插曲：当年陈友谅在鄱阳湖被朱元璋打败，其长子被擒获，次子陈理仓皇继位。在朱元璋兵临武昌城下时，陈理宣布投降，被送到南京。朱元璋赐号为“归德侯”，并为其建造了宅院，称为“归德侯府”。后来朱元璋担心陈理谋反，又把他送到遥远的北方高丽。
朱元璋死后，明成祖朱棣封其次子朱高熙为汉王，他本来应该到云南去赴任，但朱高熙觊觎皇位，不愿去那里，于是便赖在南京，住进归德侯府，这样归德侯府被改称了“汉王府”，并将汉王府的西园以朱高熙的“熙”字命名为“熙园”。朱高熙自持助父靖难有功，对哥哥朱高炽成为太子不满。明成祖觉察其心怀叵测，遂革其爵位，派其到山东惠民驻守，命其思过。于是朱高熙就搬出了汉王府。
明成祖死后，1424年明仁宗朱高炽任命沐昕掌管南京后军都督府，沐昕是朱棣的女婿，1403年被封为驸马都尉，曾驻守云南。当沐昕从云南赶来赴任后就住进了原来的“汉王府”，后来便称为“沐昕府邸”。
明朝灭亡后，清政府在南京设立两江总督署，管辖南方江南省和江西省，这里又扩建，成为两江总督府。
如今的熙园湖内有一个石舫，称为“不系舟”，是1746年两江总督尹继善为迎接乾隆皇帝南巡而修建的。唐太宗李世民说过：水可载舟亦可覆舟。尹继善造了石舫，风吹浪打不动摇，让水载舟但不能覆舟。寓意大清江山坚如磐石，因此受到乾隆皇帝褒奖。（北京颐和园也有一艘石舫，也是风吹浪打不动摇，但是，太平天国运动和孙中山领导的辛亥革命还是让大清江山动摇了，翻船了）。
1853年太平天国军队占领南京，两江总督府迁往扬州、上海、苏州、安庆等地。洪秀全将这里的宅院扩建成金碧辉煌的天王府。
新落成的天王府曾意外遭遇火灾，损失惨重。 湘军攻破天京后，把巍峨的天王府又付之一炬。曾国藩在此按照礼制要求又重建了两江总督府（林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督）。
1911年武昌起义成功，孙中山领导的辛亥革命推翻清朝统治。两江总督署人马撤出，1912年熙园里的一栋小楼成为孙中山的临时大总统府。
民国元年（1912年）1月1日，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建中华民国，定1912年为民国元年，并成立中华民国临时政府。同年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府。
民国二年至民国十六年（1913年至1927年），这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。
民国十六年（1927年）4月，南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。
民国十七年（1928年）10月，国民政府实行五院制，辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。（至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长）。
民国二十七年（1938年）3月28日，梁鸿志等人在南京成立日本傀儡政权中华民国维新政府。
民国二十九年（1940年）3月，维新政府和另一傀儡政权中华民国临时政府并入汪精卫南京国民政府（汪伪政权的正式成立，表明汪精卫集团完全沦为日本侵华的工具。国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院）。
民国三十五年（1946年）5月，国民政府还都南京后，仍为国民政府所在地。东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。
民国三十七年（1948年）5月20日，蒋介石、李宗仁在行宪国大分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。
1949年4月23日，中国人民解放军解放南京，24日凌晨攻占总统府，南京解放。南京解放后，总统府一直作为机关办公场所。
1982年2月，南京总统府以太平天国天王府名义列为全国重点文物保护单位。自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建中国近代史博物馆。
2003年3月，中国近代史博物馆建设工作完成，并正式对外开放。
2004年，南京总统府被评为国家AAAA级旅游景区。
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