乾隆三年，清朝废浙江总督，改浙江巡抚，由闽浙总督兼辖，并沿为定制。清朝督抚制度沿袭明朝，虽然经过上百年的摸索，但到乾隆时，仍在调整。这种调整对后来闽浙总督和浙江巡抚的职权和地位有很大影响。
以最初设立的官职级别来说，全国总督都是高于巡抚。雍正以后，闽浙总督挂兵部尚书衔，兼都察院右都御史，官阶由正二品升为从一品。
而浙江巡抚也按照惯例，挂兵部侍郎衔，兼都察院右副都御史，官阶由从二品升为正二品。从级别来说，自然是总督大于巡抚。但它们之间并非上下级关系，总督和巡抚都是省级官职，地位相同，只是在许多事情上巡抚要受到总督节制。
虽然闽浙总督所处理的事务一般偏向于军事，浙江巡抚偏向于民事，但因为都有执掌军政大权的权力，所以两者之间，不可避免在职权上会有一些重叠。
这种情况下，闽浙总督会比浙江巡抚更有话语权。因为清朝设立总督的本意就是为了能够调节几个省份或地区的资源，能够比朝廷更快做出反应。
顺治皇帝在任命陈锦担任闽浙总督时说得很明白：“兹以浙闽要地，控制需人，特命尔总督浙江福建等地方军务兼理粮饷。尔其居中调度，严叱文武官吏，浚修城池，操练兵马，检阅器械，整顿战船，积聚粮饷，议察奸宄（gui)。”
也就是说，总督在某些情况可以直接调动巡抚做事。比如遇到战乱时，闽浙总督可以出具公文，不经兵部，直接调动浙江巡抚麾下直接管辖的那支绿营军队。
但是，正如前文所言，闽浙总督与浙江巡抚同属省级机构，他们之间不是上下级关系，而是合作关系。浙江巡抚未必要对闽浙总督百依百顺。如果他对闽浙总督不满，可以直接向皇帝反应情况。当然，同理的话，闽浙总督也能这么做。
它们之间这种特殊的关系，主要是因为清朝赋予总督和巡抚极大的权力后，又对它们很不放心，担心这些手握军政大权的封疆大吏在地方会跟朝廷叫板对抗，甚至起兵造反。
所以，清朝就在设立御史监察以外，又让地方的官员对总督、巡抚进行监察掣肘，尤其是雍正让四品官员都有权秘密上奏折后，这种效果更为明显。
对于闽浙总督和浙江巡抚来说，它们之间的地位，并未只看职权所规定的范围，还要看自身能力和是否得到皇帝支持。这一点非常重要。如果得到皇帝支持，浙江巡抚的意见能比闽浙总督更受重视，权力得到隐性增长。
而且，在清朝历史的发展中，浙江巡抚相对于闽浙总督，权力地位不断接近。乾隆末年，浙江海上盗贼作乱，劫船杀人，按照惯例，浙江内的绿营军除了由浙江巡抚直接管辖部分的绿营军外，其余绿营军的调动，都需要得到总督调令。
闽浙总督自定制后都是驻地福建，在过去交通不便的情况下，闽浙两地来往不便。尤其是遇到战事突发的情况，浙江巡抚如果靠请示打仗，很多时候都会延误战机。乾隆五十四年，乾隆皇帝特地颁布诏书，浙江巡抚如果遇到一般军营事务，仍需与闽浙总督商议。
但是如果是战事突发，浙江巡抚可一面先行办理，一面奏闻总督。嘉庆年间，朝廷再颁诏令，地方上那些兼任提督的巡抚，可以节制辖区绿营军。而浙江巡抚向来挂提督衔。
不过，到了道光年间，朝廷才有明文正式规定，浙江巡抚可以节制辖区内的绿营军，遇到事情的时候，只需提前跟提督打招呼就可以。
咸丰年间，地方叛乱四起，朝廷赋予地方巡抚剿匪的专权。同治年间，地方巡抚又逐渐掌握绿营军官升迁调补的权力。也就是说，在清朝历史的发展中，浙江巡抚已经逐渐拥有基本摆脱与闽浙总督的军事权力。
虽然名义上受到节制，但实际却能掌握实权，几乎跟总督没有差异。这一点在光绪年间中法战争中体现非常明显。中法战争时，浙江绿营军队都是由浙江巡抚刘秉章直接统辖作战。
不过，浙江巡抚虽然在职权上基本可以跟闽浙总督相抗衡，但其整体地位和职权，跟闽浙总督相比，仍有一定的差距。
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