在实际孵化过程中，由于胚胎不同发育阶段的代谢强度存在较大差异，代谢所产生的热量显著不同。因此，建议在孵化过程中较好采用变温孵化。在孵化初期(1~5天)，孵化温度为38.4-38.8C;孵化中期(第6天~出雏前5天)的孵化温度为37.8-38.2C ;孵化后期(出雏前4天~出雏)的孵化温度为37.0~37.5C。如果生产规模小，种蛋量少，不可能在孵化机内一次性装满种蛋，进行整机孵化。此时，孵化机内通常装有3-4批种蛋再同时孵化。在孵化机内装有多批种蛋的情况下，常常采用恒温孵化技术。采用恒温孵化时，在孵化的1~24天内，种蛋的适宜孵化温度是37.8C。在孵化后期(25~28天),胚胎发育开始成熟，标志着孵化进入了出雏期。在出雏期，孵化温度应维持在37.0-37.5C之间。
适当的湿度，可使鸭胚受热良好，利于胚胎在孵化中后期的散热，利于雏鸭破壳。在孵化的不同阶段对湿度的要求也不相同，总的原则是“两头高，中间低”。孵化1~9天，因胚胎要形成羊水、尿囊液，相对湿度可设定为百分之六十五~百分之七十;10~26天，相对湿度可设定为百分之六十-百分之六十五 ; 27~28天，为使雏鸭正常出壳，防止绒毛与壳膜粘连，相对湿度宜百分之六十五-百分之七十五。若采用恒温孵化法，相对湿度可设定为百分之六十五-百分之七十。在整个孵化期，湿度调节主要是依靠机内的加湿系统来调控的。在孵化的中后期，除机器内部的加湿系统外，晾蛋及喷水和开关机门也对孵化湿度有一定的影响。
因早期的胚蛋主要通过卵黄囊血普利用卵黄中的氧气，所以若为恒温孵化，在孵化前期可不开或少开气孔;胚蛋发育中期，气体代谢依靠尿囊，通过气孔直接利用空气中的氧气，这时应逐渐加大通风量，以满足胚蛋发育所需的氧气;胚蛋发育后期，开始肺呼吸，耗氧量和二氧化碳排出量迅速增加，所以应加强通风换气，必要时可采取输氧等措施。同时，利用好孵化室的换气扇或天窗等设施，做好孵化室的通风换气工作，以保持孵化室内空气的新鲜。
通风换气和湿度、温度密切相关。通风换气过程会使机内温度、湿度降低，胚蛋内水分蒸发加快;通风换气弱，会使机内温度升高,湿度加大，空气流通不畅。因此，通风与温度、湿度的调节要彼此兼顾。
翻蛋可避免蛋内胚胎与壳膜粘连，可使胚胎各部受热均匀，并增加新鲜空气，有利于胚胎发育。翻蛋还可促进胎膜与营养成分的充分接触，有助于胚胎的运动，保证胎位正常。使用孵化机孵化时，每2小时翻动1次，翻蛋角度不应低于90，般是正负45°。在用摊床孵化时，可人工翻蛋，每4~6小时翻蛋1次，翻蛋角度为180，原着床面经翻转后变为向上面。在孵化过程中务必按时翻蛋。在孵化开始后的前两周内，翻蛋特别重要，能有效防止胚胎与壳膜粘连，提高孵化率。
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