同治元年，任武在陕甘二省策划陕甘回乱，任武请铁匠们打造兵器，并派教徒们在陕西各地购竹子，用来做兵器的杆子，导致陕西的竹子全部被教徒们购净，后来，教徒们就去山上砍竹，他们由于越界砍竹，与汉民爆发冲突，后来又发生了团勇诛杀回谍事件，任武便以此为借口，发动了残酷的陕甘回乱。
《华县志》记载：自回族在圣山砍竹，州牧濮圭又右汉左回，堂谕云：‘汉伤回民，十以一抵，回伤汉民，一以十抵。’快班头秦英，回族也，忿忿下堂，谋变愈急。嗣后华山团长白祥生，合渭邑团长张映兰，缉诛回民十七人于麦田。诛回谍于白泉铺，回民纷纷北渡，秦家寨，也家滩焚烧一空，遂有回民大祸。
任武先在关中发动叛乱，关中各地的叛军纷纷响应，一时间关中各地百姓惨遭叛军屠戮；清政府得知关中的惨烈情况后，派张芾去安抚叛军，结果张芾有去无回，被任武大卸八块，任武取出自己伪造的一张写有“秦不留回”的帖子，说是在张芾的轿子里发现的，并派人将帖子上的四个字传遍陕甘二省。
陕甘二省的叛军首领们纷纷响应任武，马化龙占据金积堡，马正和占据董志原，马占鳌占据河州，马文禄占据肃州，马桂源、马本源占据西宁，陕西被白彦虎和任武的叛军占据，陕甘二省各地叛军大肆屠戮无辜百姓，企图建立属于他们的回教国。
《临潼县志》记载：1862年到1869年七年间，30余万人遇难，渭河南北无一村一人幸免。
《富平县志》记载：在1855年的时候整个县城有46579户人家，统计起来人数大约是在25万人左右，但是到了1876年的时候再次统计的结果是仅剩下28543户人家，人数也变成了12万人左右。
《三原县志》记载：陕甘回乱之前，三原县的人口在十六万人左右，在陕甘回乱被平定之后仅剩下了四万人左右。
《高陵县志》记载：高陵县在陕甘回乱之前的人口将近七万，陕甘回乱被平定后再次统计，高陵县的人口已损失了多一半。
《渭源县志》记载：屠毒生灵以数万计，满城官民皆死之。残杀一日，辄死百姓数万，血流成渠，尸积如山，伤心惨目。
《平凉县志》记载：将官死节者百余，士民死者数十万。
陕甘回乱造成陕甘二省大量无辜百姓丧命，而且二省几乎完全被叛军占据，面临着脱离华夏版图的危机，清政府安抚叛军无效，只得出兵征剿叛军；第一个率军征剿叛军的是满族将领胜保，胜保率军与任武叛军打了一仗就败了，但却谎称打了胜仗，但被慈禧识破，最终落得被革职下狱并在不久后被赐死的下场。
胜保被赐死后，慈禧派达斡尔族大将多隆阿率军平叛，有勇有谋、能征善战的多隆阿在不到一年的时间里就基本上平定了陕西的任武、白彦虎叛军，任武被对他积怨已久的手下杀死，白彦虎则带领部分叛军逃到董志原。
后来，多隆阿在清理陕回叛军的残余势力时头部受了重伤，在养伤期间因伤势过重殉职。
多隆阿殉职后，民族英雄左宗棠接替多隆阿，率军肃清了陕回叛军；左宗棠肃清陕回叛军后开始向甘肃进军。
左宗棠石像（今日头条：品读历史与名著）
此时，沙俄趁左宗棠率军平定陕甘回乱，无暇顾及清朝西北边疆的机会，逼迫清政府签订了《中俄勘分西北界约记》，占据了44万平方公里的华夏土地，后来又通过续约占据了7万平方公里的华夏土地。这是陕甘回乱对晚清西部的间接影响之一。
陕甘回乱对晚清西部的另一个间接影响是阿古柏占据南疆、北疆，陕甘回乱的叛乱势力波及到了南疆、北疆，导致南北疆也爆发了回乱，其中南疆的叛军引狼入室，他们将中亚浩罕汗国的“屠夫”阿古柏请到了南疆，想与阿古柏结盟，结果阿古柏将南疆叛军屠尽，占据了南疆，并北上占据了北疆的大部分地区。后来，沙俄扶植阿古柏在南疆全境和北疆大部建立了“洪福汗国”，企图在“洪福汗国”稳定后将其吞并，使南北疆成为沙俄的土地。
另外，英国趁左宗棠平定陕甘回乱、无暇顾及西南的机会，加紧了将西藏划为其势力范围并逐渐吞并的步伐。
左宗棠先后平定了董志原、金积堡、河州、西宁、肃州的叛军，其中在董志原一战，左宗棠以八万大军击溃了马正和与白彦虎的二十万叛军，马正和被杀，白彦虎带领残余叛军逃到金积堡；金积堡叛军被左宗棠率军平定后，白彦虎带领残余叛军逃到了西宁，金积堡叛军首领马化龙被凌迟处死；河州叛军首领马占鳌主动归顺了左宗棠，因此得以保全势力；西宁叛军首领马桂源、马本源和肃州叛军首领马文禄皆伏诛，白彦虎在马桂源、马本源伏诛后带领残余叛军逃到了南疆，投靠了阿古柏。
至此，左宗棠成功完成了平定陕甘回乱的壮举，左宗棠为了平定陕甘回乱共计用了十年时间，付出了三十多位将领战死的代价。
左宗棠塑像（今日头条：品读历史与名著）
左宗棠平定陕甘回乱后，通往南北疆的道路被打通，左宗棠的下一步计划就是收复被阿古柏占据的南北疆。
当时的清朝大臣绝大部分都主张放弃南北疆，只有左宗棠据理力争，诉说南北疆对华夏大地的重要性，并劝说慈禧，终于使慈禧同意了左宗棠西征复国土的主张。
左宗棠再次率军西征，左宗棠采用先收复北疆，然后再收复南疆的作战方针，他的爱将刘锦棠将被阿古柏派到北疆驻守的白彦虎击败，不久，北疆被左宗棠率军完全收复；南疆的阿古柏在听说北疆被左宗棠率军收复后，自知大势已去，而他已经无路可走（此时中亚浩罕汗国已经被沙俄吞并），于是便服毒自尽了，白彦虎带领残余叛军逃到了沙俄境内，他们的后代就是如今中亚的东干人。
左宗棠平定陕甘回乱、收复南北疆，成功粉碎了沙俄企图吞并南北疆并逐渐东侵将甘肃、青海、陕西、蒙古先后吞并的野心，同时也使英国暂时放弃了将西藏划为其势力范围并逐渐吞并的野心；因此，左宗棠不仅挽救了陕西、甘肃（当时的甘肃包括今宁夏全境、青海东北部和新疆东南部）、南疆、北疆，同时也挽救了华夏大地的半壁江山。
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