电影开篇，幽静广阔的太空中，一艘飞船正在远方缓慢前进。突然收到一段附近行星的信号，船员决定前往探查。（这一段其实是致敬了1979年上映的《异形1》）
登陆后很快有船员被一种“黑水病毒”寄生。病毒吸干宿主成长为异形，然后开始攻击剩余船员。
危机时刻，仿生人大卫出现解救了众人。原来这里是前作《普罗米修斯》中人类造物主-工程师所在的星球。大卫带着大家前往安全地。
当众人以为平安的时候，船员们依旧相继死亡，幸存者才意识到原来都是大卫的阴谋。是他发送信号将执行“拓殖”任务的船员吸引到已经被“黑水病毒”感染、变成“死亡星球”的“工程师母星”。再引诱船员们成为“黑水”的母体，“进化”成“异形”，完成他对生命进阶的实验。
在经历了九死一生后，女主角终于解决异形回到“契约号”上，继续中断的行程。
但这只是另一场悲剧的开始，大卫已经潜入了飞船，将异形的胚胎带上了“契约号”，准备飞向人类拓殖宇宙的新星球。
简单概括的话，《异形：契约》的剧情是：
一个人类创造的生化人用人类造物主创造的“黑水”消灭了人类的造物主然后创造了异形准备利用人类创造自己的造物的故事。
看起来是不是很绕？《异形：契约》讲的就是这么一个看起来很绕的东西。
总的来说，《异形：契约》中规中矩，非常一般，远没有《异形1》经典。
异形后续系列被赋予了过多的哲学意义，尝试探讨造物者与被造物之间的关系。失去了《异形1》所营造的太空恐怖氛围。一直以来《异形》系列吸引观众的的就是这种太空情景下的幽闭恐惧。
观众记忆中的异形是纯粹的猎杀者，完美的进化体，最冷酷的生物兵器。它存在的意义就是为了杀戮，而不是生化人的乖宝宝。
但现在的异形已经被赋予了过多杀戮以外的其他意义，背离了原本的道路。
探讨造物者与被造物关系的电影已经太多，契约不过是其中普通的一部。这类电影这么多，一部《契约》又特殊在哪里？
,
