我们都知道遥远的未来地球和太阳都会死亡，人类如此脆弱的生命也一定会走向灭亡。
可要是自己亲身经历整个人类的灭亡那就太可怕了，那时你会尝试在末世救出自己的亲人，让亲人活下去么？萬重一定会尝试的，我相信很多朋友也会。
碇唯正是抱着拯救自己和家人，甚至给人类留下希望种子的决心，倾力投入到SEELE打倒使徒的宏大计划中去，在步步深入的研究EVA战士之后，她发现一个惊人秘密。
根据她的发现，能发挥EVA战士的最大威力，并在人类补完的最后关头给人类留下希望的种子。
一切的关键都在源出莉莉丝的初号机身上。
初号机是将莉莉丝下半身剥离之后制造成的EVA战士
萬重统计了新世纪福音战士TV版 旧剧场版击杀使徒的数据：
去掉第一使徒亚当，第二使徒莉莉丝和第十八使徒人类本身，人类的EVA战士还要消灭十五个使徒敌人。初号机共参与完成十次战斗击杀，其中六次独立击杀使徒，包括：
三次暴走击杀、一次傀儡系统击杀、一次使徒求死（渚薰），一次碇真嗣驾驶独立击杀（第四使徒）。
初号机消灭的使徒数量最多，干掉了最强的第十四使徒，不光干掉了还把使徒当甜点给吃了。
初号机的暴走威力最为强大，怪不得TV版第一话初号机刚刚暴走觉醒，冬月老师就说：赢了！
碇真嗣刚被接到NERV就被要求驾驶初号机，连初号机的毛儿都没摸过，更别提驾驶这玩意儿去生死搏斗了！
可要求就一个：坐上去，别的不用管。
基地上方发生剧烈爆炸，碇真嗣头上掉落钢管，初号机居然自己启动挡住钢管保护了真嗣，碇源堂在上方露出谜之笑容。
EVA初号机为何能自我启动，强大威力从何而来，为什么碇源堂认为初号机比两台EVA都重要？况且初号机只是测试机而已，明日香刚出场时根本就没把初号机放在眼里。
EVA片头中初号机张开六对光翼，象征着堕落天使路西法。
将千丝万缕的线索归结起来，原因只有一个：
初号机内有一个强大而充满爱的灵魂
碇唯
善良、聪慧，乐观有爱，她的家族是日本名门望族，也是秘密且强大组织SEELE中的一员。
我们很难将这个美丽可爱的女性与暴力杀神一般的初号机联系起来，她更像是一个真正的天使，带着光环来到人间，成为拯救碇源堂的希望之光。萬重尝试还原她的经历和想法，再尝试解释为什么碇源堂认为初号机比另外两台EVA更重要。
碇唯是冬月耕造的学生，读大学时遇到六分仪源堂相爱结婚。
碇源堂参加南极发掘亚当科考团带着资料返回的次日，南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，海面水位上升、地轴扭曲。全球性气温下降，经济崩坏、民族纷争、各国战争，世界人口急速减少只剩下原来的一半。
这次被人类称为第二次冲击的灾难证实《死海古卷》的寓言真实可信，源出亚当的使徒将在15年后出现，它们带着与亚当融合毁灭人类再造新生命的使命而来。
亚当和使徒的秘密碇唯家族和碇源堂是知道一些的，但不是全部，他们只晓得为了人类必须击败使徒，随着碇真嗣的诞生，再了解《死海古卷》更多内容与SEELE的人类补完计划之后，看着碇真嗣可爱的脸，碇唯不想再被SEELE欺瞒，不愿让命运被无形之手摆布。她希望自己的儿子真嗣能在第三次冲击到来时活下来，能够逃过人类补完。
问题是
如何才能与几乎不可抵抗的命运抗衡呢？
正义感十足的冬月耕造本来打算曝光SEELE和第二次冲击的隐秘丑闻，在碇源堂邀请下参观了Geirn和箱根地下巨大空间了解到更多亚当和莉莉丝的秘密之后，毅然抛弃原来的想法加入Geirn，和碇唯一起努力与注定发生的最后悲剧做抵抗。
2003年芦之湖一个炎热的午后，碇真嗣还是个胖乎乎可爱的婴儿，冬月耕造与碇唯在树荫下交流想法。知了呱噪个不停，波光粼粼的水面闪亮亮地将阳光送进人们的心里。
此时的冬月耕造和碇唯都已是Geirn机构核心人员，碇唯是EVA战士研发的主力，她决定亲自成为初号机核心启动试验的人类试验者。
冬月耕造劝碇唯，他完整的台词大概是这样的：
虽然参与到SEELE对抗使徒的计划中去，但是我们并不希望放弃生命被拉入最后人类的补完，SEELE已经放弃一切，他们只想按照《死海古卷》的寓言完成自己制定用整个人类补完变为新生命的剧本，成神是他们的意愿，并不是我们的。
我们只需要倾尽全力将使徒击败就可以了，没必要把自己搭进去冒险做试验，SEELE秘密的人类补完计划还有很多未知，我们知晓的《死海古卷》内容也许不是全部。从亚当复制制造的零号机还未成功，从莉莉丝分离出来制作的初号机也只有核心，太多内容仍在理论阶段。
碇唯的回答也许是这样的：
葛城博士的S2理论是正确的，实验S2理论释放亚当能量造成第二次冲击，并非都是葛城的错。一切都按照命运的安排，亚当一定会被发现，第二次冲击注定要爆发，第三次冲击肯定将到来。我们现在所作的也是一样，命运安排我进入SEELE，为了真嗣未来能活下去能够幸福地生活，我愿意做任何尝试，也许可以在最后关头帮助整个人类也说不准呢。
于是在初号机的试验中，碇唯消失了。
碇真嗣亲眼看着妈妈消失，但他还太小，没留下什么记忆。
赤木直子博士用尽各种办法尝试将碇唯从L.C.L（生命之汤）里拉出来，都失败了。碇唯时自愿献祭融入初号机，也拒绝重回人间。她将在这个身体里沉睡，直到儿子碇真嗣14岁那年来驾驶初号机与使徒作战时，才会苏醒。
果然，碇真嗣第一次坐上初号机连抬手迈步的操作都不会就必须迎战使徒，是碇唯代替儿子使用暴走的力量打败第三使徒。
碇真嗣后来与初号机的同步非常顺畅，他独立击败了第四使徒，在迎战第五使徒时零号机才成功启动参与辅助碇真嗣的战斗，而且绫波丽已经与零号机尝试同步磨合了7个月，还经历过一场失控暴走事故，能启动零号机参与战斗实在不容易啊。碇真嗣一坐上初号机就能顺利同步的秘诀是妈妈在EVA中帮助他，保护他。
碇真嗣跟绫波丽、明日香的合作打怪升级还没过甜蜜期，更加厉害的使徒就来了。
碇真嗣驾驶初号机陷入第十二使徒的狄拉克之海的虚数空间里，耗尽驾驶员维持生命的电能之后碇真嗣陷入昏迷，与初号机同步率上升，从EVA灵魂的最深处他听到妈妈的呼唤。
碇唯当然不会让儿子这样被困死，她发挥出初号机真正恐怖的力量。
身体和灵魂都完全融入进初号机的碇唯虽然能救儿子碇真嗣的生命，却不能给他安慰和心灵温暖。从小失去母亲的碇真嗣被父亲当球踢，呼之即来用完就弃，让他本来就柔弱的心灵更受打击，他决定离开第三东京市永不再坐进EVA，也不希望跟父亲碇源堂有任何关系了。
在他即将离开时最强悍的第十四使徒来袭。
二号机被斩首，零号机妄图与使徒一起自爆失败被爆头。
初号机（碇唯）拒绝绫波丽，也拒绝傀儡系统，碇源堂看着满屏幕红色的拒绝毫无办法，只有碇真嗣才能启动初号机。战场上碇真嗣在加持的帮助跟鼓励下重拾勇气，跑回来再次坐进初号机。
初号机成功启动，与第十四使徒扭打成一团，但失去电缆没有能源初号机陷入沉默。
眼看着碇真嗣马上就要跟初号机一起机毁人亡，碇唯再次苏醒，初号机第三次暴走。
击垮最强使徒，鲜血淋淋地生吃使徒刺身，从使徒身上获得S2机关，它有了和使徒一样的无限能源。初号机距离成神只差一步之遥了。
初号机获得S2机关，脱离了SEELE的剧本，但符合碇源堂和冬月耕造的剧本，当然也符合碇唯十几年前的计划。
只要再击败三个使徒，人类就彻底击败亚当一方的使徒威胁，只剩下人类补完最后一关了。
碇真嗣在本次战斗中因为同步率超过400%，肉体融进L.C.L（生命之汤），只有精神信号还能捕捉到，情况和当年碇唯消失一模一样。
碇真嗣的心神在初号机里时散时聚飘忽不定，记忆和身边人的形象不断出现又消失，他回想了很多，对自己的认识更加深入，他觉得自己很伪善，觉得父亲很恐怖，觉得身边的人极为可怕又难以理解。
深层次的潜意识里碇唯利用儿子记忆里美好异性的形象，尽力地帮助和鼓励碇真嗣，孩子，敞开心扉吧。
碇真嗣恍惚中看到了初号机里妈妈的真身形象（下图）。
终于在众人的努力下，碇真嗣从初号机里回来了。
恢复人身的他以为初号机里的精神活动都是梦，或是幻像，可随后赤木律子给了他确定的回答。
每一台EVA里都有一个灵魂，初号机里的灵魂是碇唯，是妈妈的爱让碇真嗣逢凶化吉，也是初号机威力最为强大的原因。
接下来的战况急转直下，明日香驾驶二号机被使徒精神污染攻击，明日香精神崩溃无法再驾驶二号机；
绫波丽驾驶零号机遇到侵蚀型使徒，为了不让碇真嗣被侵蚀拉着使徒自爆，第二绫波丽粉身碎骨。
SEELE送来二号机的替代驾驶员渚薰，可他居然是第十七使徒，人类是幸运的，当渚薰发现最终教条里藏的是莉莉丝而非亚当，他放弃与莉莉丝融合触发第三次冲击，虽然足可毁灭人类但不能创造出属于亚当的新生命，作为具有自由意识的使徒，他做出最为意外的选择，他决定让碇真嗣杀死自己。
至此，人类终于逃过被使徒毁灭的命运。
SEELE、碇源堂、冬月耕造和碇唯的第一阶段目的都成功实现了。
SEELE改编原来的剧本，利用初号机完成人类补完计划，但初号机里有一个SEELE不能控制的灵魂：碇唯。
SEELE攻击屠戮NERV总部，用EVA量产机带着初号机升上天空，正式开启人类补完仪式。
意图自己成神的碇源堂被自我意识觉醒的第三凌波丽拒绝，并且夺走他右手里的亚当。碇源堂把初号机当作唯一重要的EVA原因只有一个，他要在成神后将初号机里的碇唯重新复活出来。碇源堂的秘密可见另一篇解谜文章。
人类补完最后的决定权被碇唯从SEELE手中偷走，转交给碇真嗣，在最终步骤里，如果碇真嗣放弃一切，人类成神，完成补完；如果碇真嗣还带着希望，那么同样怀着生存希望的人类，还能重回人间。
碇真嗣经过内心痛苦挣扎，他决定接受妈妈碇唯的意见，这个世界虽然对自己不友好，虽然自己对这个世界也不了解，人和人之间有那么多的误解，幸福在何方？我不知道，但我希望能够带着疑问和挣扎，继续活下去。
被巨大能量吸入黑之月的人类灵魂只要有活下去的心，只要希望活下去，就都能恢复人形。纵然这个星球已经变为一片血海但只要还活着，就是天堂。
碇真嗣借此机会完成自己脆弱心灵的补完。
EVA初号机里的碇唯呢？
她也找到了自己归宿，她已与初号机完全融为一体，她不光拯救了人类，带着朗基努斯枪在宇宙里漂泊的初号机可以永远地活下去，她未来的命运将和莉莉丝一样，在遥远未来飘到不知哪个星球上，再次创造属于人类的新生命。
再见了人类，
再见了，碇真嗣。
